地说“：我与安长史商议在三月六日邀吴曦去拜庙，会合勇士刺杀他。”李好义说“：吴曦行时就清理路，他的扈从有千人，事情一定难成功。听说他在熟日祭祀东园，谋取他应该在这时候。”杨源同意。李好义希望见安丙一面来确定真假。杨源说“：我今天先对安长史说这事，明日在伪，让长史问你的祖先就是。”杨源把这事告诉安丙，第二天，李好义在伪见安丙，向他施礼。安丙说：“从前我与你父亲是同僚，杨省富有才略，早晚要委以职事。”他们杀吴曦的计划就确定了。

杨君玉先委托他的同乡白申草拟诏书，文辞不符合训诫的话，杨源更改了它，照例盖上合江仓的红印。杨源、李好义担心事情，就在开禧三年二月二十九日，天没亮时，李好义率他的下冲伪，杨源拿着诏书、骑着，自称是朝廷使臣，吴曦的寝室，吴曦开门想逃，李贵抓住并杀死了他。吴曦的卫兵开始还抵抗，听说有诏书就都退去。杨源、李好义迎接安丙宣读诏书，用吴曦的示众。三军推举安丙权四川宣抚使，杨源权参赞军事。安丙向朝廷奏功，把杨源排在第一，皇上下诏杨源补为承事郎。

杨源对安丙说：“吴曦死了，贼胆已破，关外四州是蜀的要害，应该乘势收复。”李好义也这么说。安丙担心军中没有现成的粮草，杨源极力讲不夺取四州，必有后患，自己请求为随军措置粮运。于是安丙分别派李好义收复西和州，张林、李简收复成州，刘昌国收复阶州，孙忠锐收复大散关。不久诏命杨源升为朝奉郎，差遣为通判，兼任四川宣抚使司参议官。安丙一向讨厌孙忠锐，听说孙忠锐在大散关失守，传檄召他回来，想废掉他，安丙先命令杨源同朱宁一起率两千人去策应。杨源到凤州，趁孙忠锐来迎接之机，在帐幕后埋伏壮士，突然来杀了孙忠锐和他的儿孙揆。安丙就以孙忠锐附会吴曦，献贺表为罪名上告给朝廷，并且自己等待治。

先前，奖谕诛叛贼的诏书到达沔州，杨源对人说“：诏命中没一个字提及杨源，怀疑有掩盖我功劳的人。”不久传来授予王喜节度使的消息，杨源更加不平。这时赵彦呐因在夔州杀死禄禧而得到州通判的官职，杨源说：“杀禄禧给通判的官职，杀吴曦也给通判吗？”杨源用书函谢安丙说“：鲁仲连写信劝燕将撤守，帮助齐国收复了聊城，不受齐王的封爵，我十分敬慕他的尚行为；陶渊明不为五斗米折腰，弃去彭泽令的官印而归隐，成就他的清风亮节。”他又派人到朝廷诉说自己的功劳，又怂恿兴元都统彭辂给韩。。胄写信，彭辂明里答应，暗中报告了安丙。有人说杨源和他的下米福、车彦威谋划作，安丙命令王喜审讯他们，米福、车彦威都获罪。正将陈安又告发杨源集结敢死士关，想烧沔州州治，等安丙来就杀了他。安丙综合以前的事，就想除去杨源，但没什么确凿的证据。

恰好杨源在凤州给金国凤翔都统使送去檄书，其中的话像是用了间谍，并自称是宣抚副使而用参议官的印盖在上面。金国给安丙送檄书。杨源正和金人作战，在长桥失败，安丙就给杨源写信让他回来，杨源怀疑。梁泉主簿岳成，是杨源推荐他当随军拨运的，他来见杨源，支持他回去，杨源相信了他。

这时彭辂已到沔州，六月二十八日，杨源回到幕府，安丙密令彭辂抓杨源。杨源一都不知，以为他是来拜见自己，谈完话，彭辂起告辞，杨源送他到客舍。武士拉住他的衣服，杨源还呵斥他们，但已被驱逐到下。杨源大喊“：我有什么罪？”安丙隔着屏障派人对他说“：你为什么诈称是宣抚副使？”下令把他押送到阆州监狱。杨源说“：我一时使用间谍，他时一定有替我讲明这事的。”安丙给他送去酒菜，杨源说“：我一无愧，死也不遗憾；只是有个妹妹没嫁，希望宣抚想着这事。”二十九日，杨源的船到达大安龙尾滩，将校樊世显把船叫上岸，杨源知将被杀死，就指着这块地对他说：“这是一块好的葬之地。”樊世显说“：哪有这事？”船行了数步，樊世显对杨源说：“宣参渴了很久，难不喝杯酒？”杨源推辞。又说：“宣参着枷锁已很久了，何不稍微松一下？”杨源没来得及回答，他左右的人就拿利刀砍他的，有一寸多没砍断，于是就以杨源是自杀的向宣抚司报告。以后数日，安丙下令埋葬他。

杨源死后，忠义之士都替他惋惜，听说的人都泪，剑外士人张伯威祭文悼念他，言辞十分悲切。杨源的属吏李在政府，听说后说：“唉，杨源他死啦！”安丙因人情汹汹，上章辞职。杨辅也认为安丙杀杨源一定会招致变，请求用刘甲代替安丙。当初，杨源和李好义同官军联合，安丙秘密反正的计策，各不相知，联合杨源于李好义的是李坤辰，而联合李好义于安丙的是杨源。杨源给刘光祖写信，讲述了安丙酬答的话，被刻成书竞相传播，安丙已不兴，再加上谗言不断，终于积成此祸。