，苏轼请求恢复原有的制度，朝廷同意了。没过一年，朝廷以兵尚书的职务召苏轼京，兼任侍读。

这一年，哲宗亲自到南郊祭祀，苏轼担任卤簿使，引导圣驾太庙。有十几辆打着红伞的车和十多辆打青盖的车抢争路，不躲避皇帝的仪仗队。苏轼派御营巡检使询问他们，竟是皇后和大长公主。当时御史中丞李之纯任仪仗使，苏轼说：“中丞的责职应当是严肃政纪，不能不把这件事报告皇帝。”李之纯不敢说，苏轼在车中把这件事报告了皇帝。哲宗派使臣捧着书信骑告诉太皇太后，第二天，下诏整肃皇仪卫，自皇后以下都不得迎接接见。不久苏轼升任礼兼端明殿、翰林侍读两学士，任礼尚书。丽派使臣请求朝廷给他们一些书籍，朝廷沿用成例全同意了他们的请求。苏轼说“：汉朝东平王请求朝廷赐给他诸及《太史公书》，朝廷尚且不肯给予。现在丽所要求的书籍，远远超过了汉东平王的请求，难可以给他们吗？”朝廷没有接受他的意见。

元。。八年，宣仁太后去世，哲宗亲政。苏轼请求外任地方官，以两学士的份知定州。当时国家大计方针即将发生变化，苏轼没能向皇帝辞行。已经上路赴任时，苏轼上书说：“天下治，由于下情上达的路是畅通还是堵所决定。天下大治时，普通百姓的意见都能自由通达朝廷；等到天下大时，即使是皇帝的近臣也不能将自己的意见给皇帝。陛下即位已经九年了，除了执政大臣、台谏官外，不曾与大臣们接。现在陛下刚开始亲自理政务，应当把了解下情、清除阻作为急务。我每天侍奉在中，现在正要去戍守边境，却不能见陛下一次就动了，何况疏远的小官们想要把自己的意见报告给陛下，那就更困难了。然而我不敢因为不得与陛下答对的缘故，不报效自己的愚忠。古代的圣人将有作为的时候，必然先在暗而观察明，在静止而观察动态，那么万的情形，全摆在面前。陛下的智慧超人，年龄正当盛年，我希望陛下虚心循理，一切不要有所作为，暗自观察各事的利与弊，以及大臣们的邪与正。以三年为期限，等得到实际情况，然后顺应事采取措施。要使有了作为之后，天下没有怨恨，陛下也不后悔。由此看来，陛下有所作为，只担心太早，不担心稍迟，这已是很明显的了。我恐怕急功好利的大臣们，就要劝陛下轻率地有所改变，因此呈了上述意见，冒昧地企望陛下留神，则是国家宗庙的福运，天下的大幸。”

定州军政败坏松弛，兵士们骄惰不服教诲，军校们蚕士卒的粮和赏赐的财，前任地方官也不敢把他们怎么样。苏轼把贪污的军官发到远恶的地方，修缮营房，禁止饮酒赌博，这样军中衣服粮稍稍充足了一些，于是用战法署约束士兵，士兵都畏服他。然而军校们害怕不安，有卒史拿着赃控告他的长官，苏轼说：“这件事我自己理是可以的，听任你告状，会在军队中造成混。”立即把他判决放，于是大家才安定。

适逢天大检阅，将校官吏们很长时间废除了上下级的名分，苏轼命令全旧有的规章制度，主帅穿平常的服装到帐中来，将校官吏穿军装供给使令。副总王光祖自认为是老将，觉得这样耻辱，假装生病不来。苏轼叫来书吏，让他起草奏章，王光祖惧怕而来参加阅军，检阅结束，没有一个怠慢的人。定州的人说：“自从韩琦走后，一直到今天没有见过这检阅礼了。”与契丹和平已久，边兵已不能用。只有边境一带的弓箭社与敌寇相邻，因战自卫，尚可称锐。已故宰相庞籍守卫边境时，因当地风俗立法。年代久远法令弛废，又被保甲法所阻挠。苏轼上奏朝廷免除保甲法和两税折变、摊派，没有得到朝廷的答复。

绍圣初年(1094)，御史弹劾苏轼执掌内外制命的时候，所起草的制词诰命，是讥讽指斥先朝。于是苏轼以本官知英州，不久降一官，苏轼还没有到达英州，被贬为宁远军节度副使，安置在惠州居住。苏轼在惠州居住了三年，心境淡泊而没有什么怨恨不快，人不论聪明的和愚笨的，都得到他的心。又被贬为琼州别驾，在昌化居住。昌化，旧儋耳郡地，不是人所能居住的地方，药、调补品都没有。开始时苏轼租赁官屋居住，官吏还说不可以，苏轼于是买地建房，儋耳百姓搬砖运土帮助他。苏轼独自和小儿苏过相，以著书为乐，常常和当地的父老乡亲往，好像要在这里终老一生。

徽宗即位当皇帝，苏轼迁移到廉州，改任舒州团练副使，又迁徙到永州。经过三次大赦，苏轼于是提举玉局观，恢复为朝奉郎，元。。年间以来，不曾因为每年的考课要求升官，所以他的官职停止在此。建中靖国元年(1101)苏轼在常州逝世，终年六十六岁。

苏轼与弟弟苏辙，以父亲苏洵为老师学习写文章，而他们文学才能得自天赋。苏轼自己曾说“：写文章好比行云，开始时没有一定的形态，但是文章要常行在它所应当行的时候，止在它不可以不停止的地方。”即使是嬉笑怒骂的辞句，也都可以写下来诵读。苏轼的文章广大沉光芒四，雄视百代，自有文章以来，也很少有像他那样的文章。苏洵晚年读《易》，撰写《易传》没有完成，命苏轼继承他的遗志。苏轼撰写成《易传》，又撰写了《论语说》；后来居住在海南，撰写《书传》；又有《东坡集》四十卷、《后集》二十卷、《奏议》十五卷、《内制》十卷、《外制》三卷、《和陶诗》四卷。同时代的文人如黄、晁补之、秦观、张耒、陈师，还没有被社会所了解时，苏轼对待他们好比朋友同辈，不曾以老师的资格自居。