易月的制度，中实行三年丧服制。君主丧服如古代，但臣下还是依照汉代制度，所以十二天而为周年祭，一个月而又为周年祭，二十四天而为三年满，二个月又为三年满。既以日为之，又以月为之，这于礼制无所依据。古代二年而三年满，隔月而脱下孝服。礻覃，是除丧服的祭名，不是丧服的类。现在却为之穿浅丧服三天后脱下，这是不遵守成规定法的礼制。丧服既除，到葬礼时又穿上，附祭于先庙后即是吉祥，仅仅八个月而就纯粹吉祥，无所不佩带，这又是礼制之没有浸。每月的初一、十五，大臣们穿着上朝的衣服来到殡，这是以吉服临丧；人主穿丧服在上，这是以先帝的丧服作为人主的私丧，这二者都是礼制所不安的。”

哲宗即皇帝位，提祖禹为右正言。吕公著执政，祖禹因女婿的嫌疑辞谢，改为祠员外郎，再次辞谢。被任命为著作佐郎，修《神宗实录》检讨，升任著作郎兼侍讲。

神宗已经二周年祭，祖禹向宣仁太后上疏说“：现在吉祥才开始，服御一新，奢侈节俭的端倪，都是由此开始。凡是可以心悦目的，不应该比以前更厉害。皇帝圣未定，见节俭则节俭，见奢侈则奢侈，所以训导成德，举止应该有制可依。现在听说奉宸库取珠宝，使用黄金，其数量很多，恐怕无限度增加，希望在没有发生之前予以制止。崇俭敦朴，辅养圣，使目不视，耳不听声，不符合礼仪的不说，不符合礼仪的不动，那么学问日增，圣德日隆，这是国家无疆的福运。”照过去的旧例，孝服脱下后应开乐置宴，祖禹认为因脱下孝服而开乐置宴，就像脱下孝服而庆贺，不是君不得已而脱下孝服的意思，这不可以。

夏天暑暂时废除讲读，祖禹说：“陛下今天学与不学，关系到今后国家的治兴衰。如果好学，那么天下君称慕，希望立在朝廷，以正直之事奉陛下，辅佐德业，而致于太平；如不学，那么小人都动心，致力于为邪说谄媚，用以窃取富贵。而且大凡人之增长学问，没有不是在年少之时，现圣质日长，几年之后，恐怕会没有像今天这样专心，私下替陛下可惜。”升任起居郎，又诏试中书舍人，都没有接受。吕公著去世，召拜右谏议大夫。首先上疏论人主正心修的要旨，请太皇太后每天以天下之勤劳、百姓之疾苦、大臣们的邪恶正直、政事的得失，开导皇帝之心，把这些明明白白存于心中，使今后众说不能迷惑他，小人不能用。

蔡确已经获罪，祖禹说：“自从乾兴年以来，不窜逐大臣六十多年，一旦实行，传四方，无不震惊耸动。蔡确离开相位已很久，朝廷中大多不是他的党羽，间或有偏见异议的，如果一切都认为是依附蔡确而将他们除去，恐怕刑罚失中，而且人情不安。”

蔡京镇守蜀州，祖禹说：“蔡京小有才能，不是正直之士。如果使他镇守成都，他回来，当会让他执掌朝政，不应推重助长。”当时执政大臣打算在新法旧法中有所创立。祖禹认为朝廷既然已察觉王安石新法是不对，只应恢复祖宗旧制，如果于新旧之间，两用而兼存之，那么纪纲会败坏。升任给事中。

吴地发大，诏令拿百万斛米、二十万缗钱赈济救灾。谏官认为报告灾情的人是妄言，请求加以验证考实。祖禹封回其奏章，说：“国家本，仰给于东南。现在一方赤，呼天赴诉，开向上要吃，以解脱朝夕之急。上奏灾情即使稍有夸大，正当略而不问。如果稍加惩责，恐怕今后没有人敢说话了。”

兼任国史院修撰，为礼侍郎。论选择监司守令说“：祖宗划分天下为十八路，设置转运使、提刑狱，收乡长、镇将的权力全归于县，收县的权力归于州，州的权力归于监司，监司的权力归于朝廷。上下相维，轻重互相制约，建置的方法，最为适宜。付给监司一路，付给守臣一州，付给令宰一县，都是与天分土而治，这难不可以选择吗？祖宗曾有考课制度，专门察访各路监司，置簿书在中书，以稽考其大要。现应委托吏尚书，取应为知州的，分条别列功绩情况上报三省，三省召见考察，如果其人可以任用，就次序列表任用。到任，就令监司考他的课绩，一年之后，可以比较优劣而行退升降。这样就得人必多，监司、郡守得人，县令没有才能，不是所要担心的。”