元。。元年(1086)，司光再次得病，诏命他朝会时行再拜礼时，不舞蹈。当时青苗、免役、将官之法还存在，而西戎之议没有决定。司光叹气说“：这四患不除，我死不瞑目。”他写信给吕公著说：“我把托付给医药，把家事托付给儿，只有国事未有所托，今天把它给您。”于是论免役法的五大害，请求径直降下诏书废除它。使诸将之兵都隶属各州县，军政事务委托太守、县令一起理。废除提举常平司，把所事务归于转运使、提刑狱理。边地之计以与西戎讲和为好。说监司多为新的年轻人务必会苛刻急于求成，令在郡守中选择举荐近臣，而在通判一级中荐举转运判官。又建议立十科荐士办法。这些都被朝廷接受。

司光被任命为尚书左仆兼门下侍郎，免朝觐，准许乘坐轿，三天到省中一次。司光不敢承受，说：“不见君主，不能够办公治事。”诏令他的儿司康扶他朝应对而说“：不行拜礼。”于是废除青苗钱，恢复平常粜籴法。两虚位听任司光去。辽、西夏派使者来，必定询问司光的起居情况，辽、西夏国君敕命其边吏说：“中国用司为宰相，你们不要轻易制造事端，轻开边隙。”司光自见言听计从，打算以殉国，于是亲自理各事务，不舍昼夜。宾客见他虚弱，列举诸葛亮少事烦的例作为劝戒，司光说：“人的生与死，是命中注定的。”工作更加努力。病情危急，他已失去知觉，谆谆不倦像梦中呓语，但都是有关朝廷、天下的事情。

这年九月司光去世，终年六十八岁。太皇太后听到这一消息非常哀痛，与哲宗立即亲临吊唁，明堂礼成都不予庆贺，赠太师、温国公。赠以一品礼服，赠送七千银、绢帮办丧事。诏令侍郎赵瞻、内侍省押班冯宗护送灵柩，归葬陕州。谥号为文正，赐碑为《忠清粹德》。京师人民罢市前往吊祭，卖衣祭奠，在里巷间相聚号哭护送灵车。及到下葬时，哭者就像痛哭自己的亲人一样。岭南封州父老乡亲，也相率备办祭祀，都城中以及四方各地都绘其像以祀，吃饭时必须祝祷。

司光孝友忠信，恭俭正直，安居有法度，任事有礼仪。在洛时，每次前往夏县扫墓，一定去看问他的哥哥司旦，司旦年近八十，司光像事奉严父般事奉他，像保护婴儿般保护他。司光从小到老，讲话从不言，他自己说“：我没有过人之，只是平生所的，从没有不能对人说的事情。”诚心于自然，于是天下人敬仰信服他，陕州、洛之间都为他的德所化，有什么事得不好，就说“：司君实会不知吗？”

司光对质淡泊无所喜好，而对学问无所不通，只是不喜好释、老之学，他说：“释、老的微言大义不能超儒学，它们荒诞不经我不相信。”司光在洛有田三百亩，妻死时，卖掉田产来办丧事，他一直到死都是衣薄。

绍圣初年，御史周秩首论司光诬蔑诽谤先帝，于是全废除他们实行的法令。章。。、蔡卞奏请掘坟斫棺，哲宗不同意，于是命令削除他的赠官谥号，推倒所树立的石碑。但章。。觉得不解恨，于是追贬司光为清远军节度副史，又贬为崖州司参军。徽宗即位，复贬为太太保。蔡京专权擅政，又降为正义大夫。蔡京撰写《党碑》，令各州郡都刻石成碑。长安石工安民承担刻字任务，他推辞说：“我是愚蠢之人，本不知立碑的用意。只是像司相公这样的人，海内称赞他为人正直，现在说他邪，我是不忍心刻字。”长安府官吏大怒，打算加之以罪，安民哭着说：“徭役我不敢推辞，求求不要刻安民二字于石碑之末，恐怕得罪于后世。”听见此话的人到惭愧。

靖康元年(1126)，恢复司光的赠官谥号。建炎中，飨哲宗庙。

吕公著字晦叔，寿州人。从小嗜好学习，以至废寝忘。父亲吕夷简对他重惊异，说：“今后必定为王公辅臣。”恩补奉礼郎，登士第，召试馆职，没有赴任。为颍州通判，郡守欧修与他结为讲学之友。后来欧修使契丹，契丹主询问中国学问德行之士，首先答以吕公著。判吏南曹，仁宗奖许他淡于名利，赐给五品官服。被任为崇文院检讨、同判太常寺。寿星观营造真宗神御殿，吕公著说：“先帝已经有三神御殿，但不停地建立，岂不是祭祀没有丰厚父庙之义。”官知制诰，三次辞谢不受君命。改任天章阁待制兼侍读。

英宗亲政，加吕公著官龙图阁直学士。正议论追崇濮王，有的打算称呼皇伯考，吕公著说：“这是真宗所以称呼太祖，怎么能施于王。”等到下诏称亲，而且分赐讳号，吕公著又说：“称亲则有二个父亲的嫌疑，王讳可以避于上前，不应与七庙同讳。”吕诲等人因论濮王离开朝廷，吕公著说：“陛下即皇位以来，纳谏之风没有彰扬，而且多次贬退谏官，何以风示天下？”英宗没有听从他的意见。吕公著于是请求补外任，英宗说：“学士为朕所重，怎么能够离开朝廷？”吕公著不停地请求，任蔡州知州。

神宗即皇帝位，召吕公著为翰林学士、知通银台司。司光因论事被解除御史中丞的职务，回到经幄。吕公著封还这个诏命说：“司光因举职赐罢，这是为有言事职责的人不能尽其言。”诏令以告示直接付给。。门。吕公著又说：“制命不由门下省，那么封驳的职责，因我而废弃。希望治我的罪，以端正纪纲。”神宗示谕他说“：之所以放司光的原因，是依赖他劝学而已，不是因为言事的缘故。”吕公著不停地请求，终于解除知通银台司的职务。