，大家都到境危险，曾肇却安然地面对这一切。

曾公亮死，曾肇为他写行状，神宗读后很欣赏。迁他任国史编修官，升吏郎中，迁右司，担任《神宗实录》一书的检讨。元。。初年(1086)，升任起居舍人。不久，担任中书舍人。

曾肇认为叶康直任秦州知州时事不当并批评他，执政官惊奇曾肇居然不先上告，御史趁机攻击他。曾肇提辞职，范纯仁对大臣们说：“如果好人得不到宽容的环境，像我们这类人就不能在这儿呆了。”极力替曾肇辩护，曾肇才没有受到罚。

门下侍郎韩维弹劾范百禄，太皇太后认为韩在诬陷范，让韩任邓州知州。曾肇说“：韩维替朝廷辨别好人、坏人，评价人与事的是非得失，不能凭主观想象认为他错了就赶走他。”拒绝替皇帝起草命令。谏议大夫王卖见因为批评了胡宗愈，皇上想调他去州，曾肇说“：皇上把大臣当心腹，把台谏官当耳目，两者相辅相成，不可偏废一个。目前王卖见批评执政官就被放逐，这就是怜心腹而堵耳目了。”哲宗醒悟过来，就加任王卖见为直龙图阁。

太皇受册命，诏令照仁宗时章献皇后的样，让太皇在文德殿办公。曾肇说“：天圣初年(1023)，机要大臣们决定让皇太后去崇政殿受册封，仁宗特地改为让太后在文德殿受册封，这是临时措施，不足为训。目前皇上您要照仁宗的样，以充分表达您尽力尽孝的诚意，可说已无以复加了。我私下以为，太皇应该在此时特地下诏向天下人宣传皇上您的孝心，然后表达他的谦逊德，照仁宗天圣时期大臣们的意见，只在崇政殿受册封。那样，您的孝心更明白，太皇的德行更贵了。”坤成节时祝太皇寿，皇上想让百官列队于崇政殿。曾肇又说“：仁宗天圣三年(1025)，近臣们列队于殿廷，百官则只在东门拜献贺表。天圣九年，才到会庆殿。现在承蒙太皇的圣德，不肯与章献皇后一样，就应该采用天圣之年的办法。”都被采纳了。

四年(1089)，发生旱，官府仍讲究天饮宴。曾肇同彭汝砺一起上书说：“目前正闹天灾，正是君臣们敬畏天命谨慎从事之时，他们却一块儿大吃大喝，歌舞升平，恐怕无力补救天灾了。”第二天，皇上就下令停止宴请。蔡确被贬斥到新州，曾肇事先同汝砺约好，一起为蔡辩护。恰好碰上曾肇改任给事中，汝砺只好独自上书，一些人认为曾肇卖了朋友汝砺，曾肇也懒得辩解。以宝文阁待制的份任颍州知州，又改任知邓、齐、陈州和应天府。

七年(1092)，回京任吏侍郎。曾肇在礼院任职时，开创了皇上亲自祭祀北郊的先例。这年又该郊祀了，曾肇决捍卫以前的观。结果还是合祭天地，乃自我弹劾，改任刑侍郎。仍要求降职，于是下放知徐州，又调任江宁府。哲宗亲自当权后，改用元老旧臣，旧臣们多次称赞曾肇熟悉礼制，于是召他回京。曾肇说“：人君虽然天生的优良品质，也必须依赖于前后左右的大臣们得力，把他们当作立政之本。应该在此时心选忠诚、端正、善良之士，放在边，以便咨询、讨论、顾问。这比禁、亲近宦官女人，所得的好要万万倍。”皇上边的近侍贵们讨厌他的这番话，调他任瀛州知州。同其兄曾布调换了一个地方。当时又追究《实录》中的诽谤讥讽问题，曾肇被降到滁州。不久恢复集贤殿修撰之官衔。历任知泰州、海州。徽宗即位后，又被召回京师任中书舍人。

四月初发生日，皇帝应当下诏广泛征求意见。曾肇将皇帝的旨意全面地写了他起草的诏令中，诏令下达后，意见书络绎不绝。章。。很反，想找理由除掉曾肇，徽宗不听。元。。年间遭迫害的大臣，都蒙恩请回来录用了，曾肇经请求后将死者的名单都造好，写了悼词，哀悼这些冤魂。人们读了他写的悼文后都动得哭了。迁任翰林学士兼侍读。谏官陈馞、给事中龚原因为说错了话而犯罪，没有人敢为他们说话，曾肇却而，极力为之辩解。当时不少人认为元。。、绍圣时的执政者都有失误。其兄曾布传达皇帝的命令，令曾肇替皇上起草诏书，将这一意见晓谕天下。曾肇拜见皇上说：“陛下想建立公正的制度，消除朋党门之争，必须预先分清楚君、小人，赏善罚恶，不能有所偏废。”全面详细地阐述了这一意见。不久诏令就从这一主张中产生了。曾布升任宰相时，恰好碰上该曾肇起草委任状。宋朝的学士中弟弟替哥哥起草委任状的，只有韩维、曾肇两人，士们都引以为荣。

建中靖国元年(1101)，太史上奏书，说四月又有日。曾肇奏说“：接连几年正位置发生日，灾异很显然。陛下简朴、清净无为的程度是否比前低？声犬等奢侈的好，是否有时在心中蠢动？忠臣臣、贤人不肖之徒的分别是否还不彻底？奖惩是否还有不当之？左右小臣，阿谀奉承，阻碍别人的意见，假借您的名义提人，老百姓有冤屈无申诉。这些都应该反省检查，自责自勉，以免再发生天变。”说完泪如雨下，皇帝采纳了他的意见。

其兄曾布任宰相，曾肇因此照亲属间相互回避的有关规定，不能任谏官，改任龙图阁学士、提举中太一。不久，任陈州知州，历知太原、应天府和扬定二州。崇宁初(1102)，被削职，贬任和州知州，又徙岳州，接着贬为濮州团练副使，安置在汀州。四年(1105)，回到州而死，死时六十一岁。