。纯仁认为新法不便，戒州县不要匆忙实行。王安石恼怒纯仁阻止，于是让说纯仁坏话的人派使者去收集纯仁的私事和过失，但得不到任何证据。使者于是以其他事情把传话的人鞭打了一顿。纯仁的属官兴地对纯仁说：“这一件事足以堵对您的诽谤，请报告给朝廷。”纯仁既不奏使者之过，亦不反驳传言者之非。后来纯仁还是因为没有治僚佐燕游，被降为和州知州，并徙邢州。还没到任，加直龙图阁、知庆州。

经过朝廷对，神宗说：“你的父亲在庆州有威名，现在可以说是世职。你跟随你父亲很久，兵法一定熟，边事也一定熟。”纯仁揣慕神宗有功名之心，于是回答“：我是儒家，没有学过兵法，先父守边时，我还很年轻，也记不得什么，而且现在事势也有不同。陛下使臣下修治城垒，养百姓，不敢推辞。若开拓边疆，侵攘土地，希望跟帅臣商议。”神宗说“：你的才何所不能，只不过不肯为我尽心罢了。”于是赴任庆州知州。

秦中正患饥荒，纯仁擅自发常平仓粟赈贷。他的僚属请示须呈请朝廷后才能如此，纯仁说：“若待批准则等不及了，我会独自承担责任的。”有人指责他发常平仓所保全的百姓人数不真实，有诏遣使实。正值秋天大丰收，老百姓兴地说“：范公实在使我等活了下来，怎么能忍心牵累范公呢？”昼夜争着把粮粟输还。等到使者到来时，已经无所欠负。。。、宁两地间有丛冢，使者说“：所谓保全百姓人数不实之罪，在此得到证明。”打开冢墓收集骸骨上报。朝廷命本路监司究，结果是前帅楚建中所封。朝廷究治楚建中之罪，纯仁上书说：“建中守法，申请救济的间隙难免有饿死的，已经因罪被罢。今由于究治臣下罪过而累及建中，是一罪受两次罚。”楚建中还是受了赎铜三十斤的罚。环州古逮捕熟羌判为盗，放南方，经过庆州时呼叫冤枉，纯仁认为既是古属下小吏，不应是盗贼。古回避罪过而诉讼，诏令御史到宁州治理此事。纯仁被执，百姓万余人阻于路上，着泪，以至不能成行，有的还自投河(表示抗议)。狱定以后，古以诬告被贬斥；而纯仁以其他过错，被黜为知信军。

不久改移齐州。齐州民俗凶悍，人们以偷盗抢劫为常事。有人说“：对此从严治犹不能平定，你若宽大治理，恐怕会不胜其烦。”纯仁说：“宽于，若而猛，则不能持久；猛而不久，去治理凶悍之民，这是采取玩耍的办法。”有西司理院，械系的囚犯经常爆满，囚犯都是些屠贩盗窃而以狱督促还债的人。纯仁说“：这些人何不使保外而输纳呢？”通判说“：此类人释放了，又闹事，官司往往待他们犯病死在狱中，这是与百姓除害。”纯仁说“：法律上不至于判死罪，却以情杀之，难合理吗？”把他们都叫到下，教训他们自新，并释放了他们。一年之后，盗贼比前年减少了大半。

请求罢职，被任为提举两京留司御史台，当时耆贤大多在洛，纯仁及司光，都好客而家中贫困，相约为真率会。只吃脱粟一样饭，喝几杯酒，洛中以为事。后来为河中知府，诸路看到保甲法妨碍农功，论救十分用力。录事参军宋儋年突然死了，纯仁派弟吊丧，小殓时，发现宋儋年鼻有血。纯仁怀疑他死得不正常，调查后得知宋儋年之妾跟小吏通，趁宴会时把毒药放在鳖中毒死了宋儋年。纯仁追问鳖在第几次喝酒时，并说：“哪里有已经中毒而能喝到终席的呢？”经过再次拷问，才知宋儋年向来不吃鳖，所谓置毒药鳖中者，乃是其妾与小吏想为将来翻案打下伏笔，以逃避死罪。实际情况是宋儋年喝醉酒后回来，其妾置毒药于酒中而杀掉了他。于是正治其罪。

哲宗登基，纯仁再次任直龙图阁，知庆州。召为谏议大夫，因为避亲的嫌而辞却，改任天章阁待制兼侍讲，升为给事中。当时宣仁皇太后垂帘听政，司光主持政事，将尽改熙宁、元丰法度。纯仁对司光说“：改掉其中过份者即可。至于差役一事，应当仔细讲究而慢慢实行。否则，更加成为老百姓的祸害。希望你虚心以接纳各不同建议，不必谋自己；谋自己，则谄谀之人得以乘间而迎合。役法恐怕难以更改，可以先在一路实行，看结果到底怎样。”司光不听，反而更加固执。纯仁说“：这样的话就使得人不能说话了。如果为了讨好你而得到你的喜，怎么不在年轻时迎合王安石以致富贵呢？”又说：“熙宁问自首之法，既已改了，有司立文太，四方死者比较旧时有数倍之多，恐怕不符合先王宁失不经，也不枉杀无辜之意。”纯仁向来与司光志向相同，等到临事规正，大致如此。以前，古因诬告纯仁而被罢黜。至此时，纯仁又推荐他为永兴军路钤辖，并推荐他知隰州。每每自己反省“：先辈与氏上世有很情谊，纯仁不肖，引起氏孙讼告，哪用去讨论其中是非曲直。”

元。。初年，升为吏尚书，隔数天，又任同知枢密院事。起先，纯仁参与了关于西夏的讨论，他主张罢兵弃地，让西夏归还所掠汉人，执政大臣考虑了很久没有决断。至此乃重新讨论，纯仁又请求归还一汉人即予西夏十缣。事都照着办了。边境上把鬼章俘虏了并押到朝廷，纯仁请在边上诛杀以谢边民，没有被接受。议事者想把鬼章的儿也招来，收复河南故地，因此赦免死罪而不杀。后来又加官，纯仁再次争论不能加官。而鬼章之也终究没有归附。

元。。三年，拜尚书右仆兼中书侍郎。纯仁在位，专以博大开启皇帝心意，以忠笃改变士风。章。。得罪罢去，朝廷因其父亲年老，将他安置在比较方便的郡府，既而此事中止。纯仁请求避开其过往之罪而恤其私情。邓绾为淮东帅，言官贬斥他没完没了，纯仁说“：我曾被邓绾诬奏而被黜退，今日所陈说却是为邓绾说话，降职时不应把人家的过失记录得太。”宣仁皇太后赞许地采纳了。于是下诏：“前日希求附合之人，一并不予追究。”

学士苏轼以发策问被言官围攻，韩维无故罢门下侍郎被调外职。纯仁奏言苏轼无罪，韩维尽心国家，不能因谮言罢黜他的官职。待王觌议事不合皇帝之意，纯仁担心朋党将越来越严重，与文彦博、吕公著在皇太后帘前辩论，没有结果。纯仁说：“朝臣本来无党，但善恶邪正，各以类分。彦博、公著都是历朝旧臣，怎能雷同欺上。过去先父与韩琦、富弼同柄庆历之政，各举所知。当时谣传指为朋党，三人相继调外任职。造谤的人公开相互庆祝说‘一网打尽’。这事离今天并不远，希望陛下引以为戒。”并因此畅言前世朋党之祸，并录欧修《朋党论》呈。

汉军知军吴厚傅致蔡确安州《车盖亭诗》，以为诽谤宣仁皇太后，报告朝廷。谏官把蔡确置于典宪而追究，执政大臣赞成谏官，只有纯仁与左丞王存认为不可。讨论来讨论去没作定论，听说太师文彦博贬之于岭峤，纯仁对左相吕大防说：“此路自乾兴以来，荆棘遍地几乎七十年，我等开启此路，恐怕将来自己也不免重蹈此辙。”吕大防遂不敢言。待蔡确贬新州的诏令下来，纯仁在宣仁皇太后帘前说：“圣朝应宽厚为怀，不可以言语文字之间暧昧不明之过，诛杀窜大臣。今天的举动应考虑到是将来的法度，此事不应开个不好的。而且以重刑去恶，好比猛药治病，若太过份，难免有所损害。”又同王存对哲宗行谏诫，回来后又上疏，大略说“：就像父母有不听话的儿，虽天地鬼神不能宽容，而父至亲，理起来应以恕为主。若使之必死之地，则恐伤恩。”但蔡确终于还是贬谪新州。