。夏人侵犯边境，朝廷治将吏罪，纯仁自己引咎求贬。秋天，有诏贬其官一等，徙河南府，再徙颍昌。

召还后，又拜官右仆。因廷谢恩的机会，宣仁皇太后在帘中告谕说：“有人说你一定会先用王觌、彭汝砺，你应当与吕大防同心协力。”纯仁对答说：“王、彭二人实在为士人之望，我终不敢保位而蔽贤，望陛下加考察。”纯仁将要朝的关，杨畏不兴，曾经说了一些不好的话，纯仁不知。至是，大防约杨畏为佐助，想把他任为谏议大夫。纯仁说“：谏官应该用正直的人，杨畏不可用。”大防说“：是因为杨畏曾说你的坏话吗？”纯仁到此才知杨畏说过他的坏话。后来杨畏背叛吕大防，凡有能用来陷害吕大防的事，无所不用其极。宣仁皇太后病重，召纯仁说：“你的父亲范仲淹，可谓忠臣。在明肃皇后垂帘时，唯劝明肃尽母；明肃死后，唯劝仁宗尽。你应仿效。”纯仁哭着说“：我一定尽忠。”

宣仁皇太后死，哲宗亲政，纯仁请求避位。哲宗对吕大防说：“纯仁有时望，不应该离去，你可为我挽留。”并且促使纯仁见，问纯仁说：“先帝行青苗法到底怎样？”纯仁回答说“：先帝民之意本来很，但王安石立法太过份，以赏罚激励，因此官吏急切，以致害民。”退而上疏，大要以为“青苗不能实行，实行终难免扰民”

当时，用重要大臣，都从廷中直接命令，侍从、台谏官，亦多不经过讨论晋升。纯仁说“：陛下刚开始亲政，四方都拭目以待，天下的治，也本于此。舜举皋陶、汤举伊尹，不仁者远去。纵使不能尽如古人，亦应考虑一下天下优秀的人才。”又有一些小人一个劲地攻击宣仁皇太后垂帘时事，纯仁奏曰：“太皇保佑天，功绩和诚心，幽明共鉴，议论的人不恤国事，是多么浅薄。”于是把仁宗禁止谈论明肃皇太后的垂帘事的诏书呈上，并说：“希望陛下仿照实行，以戒绝浅薄之俗。”

苏辙论殿试策问，引用了汉昭帝改变武帝法度事。哲宗大发雷霆，说：“怎么能以汉武比先帝？”苏辙走到殿下待罪，众官不敢抬。纯仁从容说：“武帝雄才大略，史无贬辞。苏辙用他比先帝，不是诽谤。陛下亲政刚开始，退大臣，不应如诃叱仆一样。”右丞邓甫越次而说“：先帝法度，被司光、苏辙破坏殆尽。”纯仁说：“不是这样，法本没有弊端，有弊就当改。”哲宗说：“大家都说秦皇、汉武。”纯仁说：“苏辙所论，事与时而已，不是说人。”哲宗因此才稍微息怒。苏辙平日与纯仁观大多不同，至是乃拜服和谢纯仁说“：您老人家是佛地位中人。”苏辙终于落职为汝州知州。

台省官员说苏轼发布吕惠卿告词，讪谤先帝，被黜官知英州。纯仁上疏说：“熙宁法度，都是吕惠卿附会王安石建议，不符先帝民求志之意。至垂帘之际，才用言官，只不过是行贬窜，已经八年之久。言官多是当时御史，何能畏避不纳忠诚，今却有此奏，岂非察势观风吗？”御史来之邵检举士敦在成都铃辖职内不法之事，并论及苏辙所贬谪之地太近。纯仁说：“来之邵为成都监司，士敦有过失，自应察纠发。苏辙参政多年，来之邵已当御史，当时亦无纠正，今乃继着有此二奏，其情可以推知。”

纯仁凡引荐人材，一定以天下公议为凭据，所引荐的人也不知是由纯仁所举。有人说：“当宰相，怎能不笼络天下士，使他们知于自己门下？”纯仁说“：只要朝廷用人不失正直之人，何必使他们知于我的推举？”哲宗既召章。。留相，纯仁请求辞职，于是以观文殿大学士加右正议大夫知颍昌府。廷辞别，哲宗说：“你不肯为我留职京内，虽然在外任职，于时政有什么看法，应详悉报告，不要只说些表面的东西。”徙河南府，又徙陈州。初，哲宗曾说：“贬谪之人，大多像永遭废弃。”纯仁上前致贺说“：陛下有念及此，是尧、舜的用心。”

不久，吕大防等被窜岭表，正值明堂大颁赦令，章。。在此以前就说：“吕大防等几十人，应终不使迁徙。”纯仁听说后到忧愤，想斋戒后上疏申辩。他的亲属劝止他不要怒皇上，万一被远斥，也非年老之人所适宜。纯仁说：“事至于此，没有一人敢说，假若皇上之心由此而有所回转关系就大了。否则，即使我死了，又有什么遗憾的。”乃上疏说：“吕大防等年老又患病，不习土，炎荒不是久之地，又忧遭不测，何能自存？我曾与吕大防等共事，多被排斥，陛下也曾亲见。臣下之激切，只是仰报圣德。向来章。。、吕惠卿虽遭贬谪，不超乡里居住。我以前曾有建议，蒙陛下开纳。陛下因一蔡确的缘故，经常引起内心悲痛。如今赵彦若已死在贬所，将不止一蔡确。希望陛下诚心裁断，把吕大防等引赦令之例予以释免。”奏疏上报，抵章。。之意，诬为与吕大防同罪，罢职知随州。

第二年，又贬为武安军节度副使，安置在永州。当时患病失明，闻命后兴地上路了。有人说他是好名才至如此。纯仁说“：七十之年，两目俱丧明，万里之行，岂是我所希望的？但我之君，若不尽忠，而避好名的嫌疑，那就没有为善之路了。”每每告诫弟不要小有不平之心，听到诸埋怨章。。，纯仁一定要发怒加以制止。从江赴贬所，船翻了，诸扶纯仁，衣服都了。纯仁回顾诸说“：这难也是章。。所致吗？”既到永州，韩维被责贬均州，韩维的儿申诉韩维执政时与司光多有不合，得以免行。纯仁之想以纯仁与司光议役法不同为请，纯仁说：“我因为司光推荐，以至宰相。过去同朝论事不合是可以的，你等以过去的言论作今日之事的借，则不行。有愧心而生存，不如无愧心而死。”其这才停止求请。

在永州居住三年，徽宗即位，钦圣显肃皇太后共同听政，当日就授纯仁光禄卿，分南京，居邓州。遣内监到永州赏赐茶药，谕示说：“皇帝在藩邸，太皇太后在中，知公在先朝言事忠直，今虚相位以待，不知病如何，用什么人医治？”范纯仁叩首谢恩。被升为右正议大夫、提举崇福。不数月，以观文殿大学士、中太一使诏令回朝。诏令中说“：岂唯尊德尚齿，昭示优；庶几鲠论嘉谋，日闻忠告。”纯仁因病捧诏而哭“：皇上果然要用我，我死有余责。”徽宗又遣内监赐茶药，促他京朝觐，并表示希望接见之意。