书言说此事的人也少了。到这时候，韩琦乘机言说：“皇位的继承人，是天下安危之所在。以前祸的现，都是由于决策没有早决定下来。陛下年岁已，还没有皇太，为什么不选择宗族中的贤能者，来为国家考虑呢？”仁宗说：“后将有人分娩，暂且等等。”结果又生一女。

一天，韩琦携带《汉书-孔光传》以读，说：“成帝没有后代，立其弟之。成帝并不是贤明的君主，还能如此，何况陛下呢？希望陛下以太祖之心为心，就没有什么不可以的了。”又与曾公亮、张日弁、欧修极力言，正好司光、吕诲都有所请求，韩琦读他们的上疏，还没有来得及开封，仁宗就说：“朕有这个意向很久了，谁能作为继承人呢？”韩琦惶恐地对答说“：这不是臣下的所能议论的，应当由陛下自己选择决定。”仁宗说：“中曾收养二个男孩，小的很纯洁，但最近不太聪明，大的可以。”韩琦请问他的名字，仁宗告诉韩琦他的名字为宗实。宗实，是英宗的旧名。韩琦等极力称赞此事，于是议论决定了。

英宗为濮王守丧，建议起任知宗正。韩琦说“：决定了要办的事，不能中途停止，陛下决断不应怀疑，希望从中批圣旨。”仁宗不打算让中人知，说：“只要中书行文就足矣。”诏令下达后，英宗决辞谢。仁宗又问韩琦，韩琦应对说“：陛下既然知英宗贤能而选为继承人，如今英宗不敢上担当，是由于见识远大，贤能的缘故。希望决起用他。”英宗服丧完后，还决卧床不起。韩琦说“：知宗正的任命刚一发，朝外人士都知英宗一定成为皇太，还不如正其名。”于是下诏立英宗为皇太。第二年，英宗即位，以韩琦为仁宗山陵使，兼门下侍郎，封卫国公。

韩琦已经辅佐策立英宗，门下亲戚宾客，有的闲谈中谈及策立之事，韩琦一定严肃地说：“这是仁宗的英明决断，为国家考虑，皇太后内助之力，臣有什么参予呢？”英宗突然得病，太后垂帘听政。英宗病重，动作有时反常，对宦官尤其缺少恩。左右之人多不兴，于是互相谗言离间，两于是有了仇恨。韩琦与欧修在太后帘前上奏言事，太后痛哭泪，地叙说事情的由来。韩琦说“：这病十分难治，病好，是不可能的。儿患病，母亲能不宽容吗？”欧修也详细言，太后意气逐渐缓和，过了一段时间就不再言说此事了。以后数天，韩琦单独见英宗，英宗说：“太后对我无恩。”韩琦对答说：“自古以来圣明的帝王，人数不少。但唯独说舜是大孝，难其余的全不孝吗？父母慈而儿孝顺，这是正常之事不足称；惟父母不慈，儿不失去孝顺，才值得称。只担心陛下之事不能办到，父母岂有不慈的。”英宗大受动并得到启发。到疾病痊愈时，韩琦请求皇帝乘车祈雨穿上白衣服去，人心才安定，太后执政，授予韩琦右仆，封为魏国公。

夏人犯大顺，韩琦建议停止岁赐，断绝双方的和市，派遣使者向夏人问罪。枢密使文彦博责难他，有的列举宝元、康定之事，韩琦说：“谅祚，是一位狂童，没有元昊那样的智谋计略，但边防军队大大超过以前。严厉地责问夏人，一定折服。”不久谅祚上表致谢，英宗对韩琦说：“完全像所预料的一样。”英宗卧床不起，韩琦询问起居情况，并上言说：“陛下很久不亲自上朝，希望尽早设立皇储，来安定社稷。”英宗称赞，立即召学士起草制定，立颍王。

神宗即位，韩琦授职司空兼侍中，为英宗山陵使。韩琦执政三朝，有人担忧他专权。御史中丞王陶弹劾韩琦不赴文德殿为跋扈。韩琦请求离职，神宗为此将王陶贬职。永厚陵复土，韩琦不再中书任职，决辞去官位。授职镇安武胜军节度使、司徒兼侍中、判相州。朝言对，神宗着泪说：“侍中一定要辞去，今天已经降制了。”赐予兴坊住宅一区，提他的儿韩忠彦为秘阁校理。韩琦辞去两镇之职，就只兼任淮南之职。

正遇谔擅自攻取绥州，西边境开始扰，改任永兴军判官，经略陕西。韩琦说“：边境守臣随意妄为，抛弃盟约埋下动的祸，希望召集二府立即决断此事。”韩琦朝辞谢，曾公亮等正上奏言事，希望与韩琦一起言事。神宗召见他们，韩琦说：“臣下从前是朝中官员，应当与他们共同议事。如今，是守卫之臣，不敢再参预闻听。”又说：“王陶指责臣下跋扈，如今陛下将陕西用兵之权授予臣下，又有像王陶一样弹劾臣下的人，这样臣下将会成为灭族之人。”神宗说：“侍中还不明白我的意图吗？”韩琦起初说绥州不应当攻取，不久夏人诱杀杨定，韩琦又说：“敌人既然如此，绥州如今不能放弃。”枢密院用韩琦开始的言论责难他，韩琦地叙述了其中的理由，最后终于保住了绥州。

熙宁元年(1068)七月，再次请求从相州告归。河北地震，黄河决，调任大名府，充任安抚使，允许自己决断事情。王安石任宰相时，派遣常平使散发青苗钱，韩琦极力上言此事。神宗拿他的上疏给宰相大臣们看，说：“韩琦是真正的忠臣，虽然人在朝外，仍不忘记朝廷之事。朕起初认为对老百姓有利，没想到会这样祸害老百姓。况且坊郭怎能实行青苗，却也行实施这一办法呢？”王安石气愤地上奏说“：如果是顺从他们的愿望，即使是坊郭又有什么害。”第二天，声称有病不上朝。在这时，新法几乎废除，王安石又任宰相，更加决地持自己的意见。韩琦又恳切地上奏，王安石将其上疏给条例司，让其他官员上疏行驳斥，刊石颁行天下。韩琦更加恳切地申辩，最后仍不依从。这样韩琦请求解除四路安抚使，只兼一路，王安石想阻止韩琦，立即允许了他的要求。熙宁六年(1073)，回到京师任相州知州。

契丹派遣使者要索求代北之地，神宗亲自书写诏书询问韩琦，韩琦上奏说：