尽心侍奉太宗。

太宗即位，升为御龙直指挥使。随太宗征讨太原时，太宗命他带领两班弓箭手，合围攻城。讨幽蓟时，太宗令车队人打还京，留琼与军中鼓手殿后，当时六班扈从都没跟上，只有琼最先率所跟上，太宗很兴，特别劳他。太平兴国四年(979)，升天武都指挥使、领西州刺史。第二年，改任神卫右厢都指挥使，兼任本州团练使。皇帝乘车巡阅大名的军队，命琼与日骑右厢都指挥使朱守节都任京城内巡检。因犯错误，降级任许州步军都指挥使。

当时许州的数十个亡命骑兵，在知州臧丙游城郊时，谋威劫迫导从举行叛。琼获悉此情后即告诉臧丙，劝他还城，并亲自率领随从将士数十人，带着弓箭单骑追捕叛兵，至榆林村，才追上他们。叛贼村后民舍，登在墙抗拒。外号青脚狼的叛贼首领正搭弩将琼，琼了一箭便将他击毙，于是将他们全捕送到许州城。臧丙上奏此事。正好朝廷将要北伐，便召琼回京，授任步军都军，兼任蓟州刺史、楼船战棹都指挥使，率船千艘赶赴雄州。后又建筑易州城。班师回京后，任天武右厢都指挥使，兼任本州团练使。

端拱初年，升任左厢都指挥使，改兼富州团练使。这年秋季，任单州防御使，后改贝州署。当初任地方官时，琼与范廷召、王超、孔守正等一同受命调京师。数月后，范廷召等都复任军职，琼悒悒不乐。当时王承衍镇守贝丘，公主常常，颇知皇上对琼很厚，王承衍因此每每宽他。端拱二年(989)，召还京师。先例，廉察以上的官吏朝，才有茶药赏赐，到这一次却特例赏赐琼。三月后，升朔、易二州帅臣，诏授琼任侍卫步军都指挥使，领归义军节度，而范廷召等辈才开始加授观察使，不能跟琼相比。后又任并州步军都署。当时潘也在太原，旧制规定，节度使兼任军职者位居上，而琼却因为潘是老臣，特上表请让自己位居其下，被允许。当时守兵中有人因为仓廪粮米陈腐而谣言惑众，琼知后，一日巡各营，士兵正在聚餐，他因此取饭自吃，并对众人说：“今边线无警，你们坐在这里饱酒，应该知福。”众人的议论于是息灭。改任镇州都署。至年间(995～997)，就地改任保大军节度，仍旧带兵。

宋真宗即位，琼加官彰信军节度，充太宗山陵署，后又复任并代都署。咸平(998～1003)时，契丹犯边，契丹王母的车帐到达狼山大夏。皇上亲自巡视河朔，派杨允恭驰往边关，令琼率所土门，与石保吉在镇、定二州会合。后来傅潜因犯逗留不前的罪，便令琼代替他。撤兵后，复还本职。转运使上报琼的功绩，皇帝下诏褒奖。

咸平三年(1000)，换还京，因手伤不能持笏，特诏许执木见，并授任殿前都指挥使。先前，范廷召、桑赞所带边防士兵临敌后退，谏官请求将他们治罪。皇帝以此事征求琼，琼答：“兵违将令，依法当杀。但陛下去年已免了他们的罪，今天怎能又去治罪呢？而且又正要派兵屯守各路，在这时候改变原来的决定，臣恐怕人心会疑惑畏惧。”于是作罢。

景德年间(1004～1007)，皇帝乘车北巡。当时前军已与敌人接战，皇帝要亲临战阵，有人劝皇上南回，琼则说：“敌军已疲惫，陛下应亲往前线，以督勉将士，杀敌成功。”皇上很兴，当天亲临澶渊。第二年，因为停战，简兵卒，凡守边十年以上的补军校之职，年老的退为本班剩员。琼上奏说“：此非激励将士之，宿卫边疆，岂不劳苦吗？”从此，凡戍边八年的也可补军校了。