银就登科第离去，僧仁雅急送信到河，才讨回贿银。常德方获得这封索贿信，把它告诉御史中丞赵昌言，赵昌言把它奏告真宗。逮捕祁睿等人后，又请求逮捕王钦若的属吏。

祁睿本是亳州的小吏，虽然跟随王钦若很久，而其名字仍隶属亳州。王钦若于是说：“过去我家没有祁睿，僧惠秦也不在我的门下。”真宗正厚待王钦若，命令邢籨、阎承翰等人在太常寺另外审讯。任懿改说他妻的哥哥张驾认识知举官洪湛，曾一起造访洪湛的家。当初只把银托付二僧，不知他们所送达的主考官员是谁。邢籨等人于是诬告洪湛接受任懿的贿银，洪湛刚好使陕西回朝，而官司已经办好。这时张驾又死了，祁睿又逃得不知去向，王钦若因而得以持说祁睿是科举之事结束后才雇到家里的，其他仆多为刚召募的，不认识僧惠秦，所以该案都没有证据。洪湛坐罪削籍，儋州，而王钦若于是免罪。正好洪湛代理王旦知贡院，任懿已试第三场，等到官府查收洪湛的赃，家里没有，就把洪湛借梁颢的银缴纳官府，洪湛遂死在贬所。人们知洪湛受冤，而王钦若依仗权势，没有人敢说。

景德初年(1004)，契丹侵，真宗将亲征澶渊。王钦若亲自请求北行，他以工侍郎、参知政事判天雄军，提举河北转运司，真宗亲自设宴送他前往任职。王钦若平素与寇准不和，等到回朝，他累次上表愿解去参知政事，罢为刑侍郎、资政殿学士。不久又判尚书都省，修纂《册府元》，有褒奖赞扬的地方，王钦若把自己的名字写在首位向皇帝谢恩，在现差错有所责问时，王钦若告诫属吏要他只说是杨亿下面的人的，他所作所为大都是如此。年中，他改任兵侍郎，升为大学士、知通银台司兼门下封驳事。起初，王钦若罢职，真宗为他设置资政殿学士以他，寇准把他的等级定在翰林学士下面。王钦若向真宗诉说，真宗又为他增加“大”字为大学士，其等级承圣旨定为上等。王钦若又以尚书左丞知枢密院事，修纂国史。

大中祥符初年(1008～1016)，王钦若任封禅经度制置使兼兖州通判，任天书仪卫副使。此前，真宗曾梦见神人说：“赐天书于泰山。”就悄悄告诉了王钦若。王钦若于是说，六月甲午日，木匠董祚在醴泉亭北边看见黄的绢书在草地上，上面有字不认识。皇城官吏王居正看见上面有御名，报告了这事。王钦若得到天书后，备办着威严的仪式捧着它走到社首，跪着授给宦官，宦官捧着它飞驰献真宗。真宗来到芳园恭迎天书，真宗拿所献上的《天书再降祥瑞图》给百官看。王钦若又说到大山下两次梦见神人，希望增建庙；等到至威雄将军庙，其神像像梦中所见到的一样，于是请求在庙中建亭。封禅之礼完成，王钦若升任礼尚书，受命作《社首颂》，升任尚书。他随真宗祭祀汾，又任天书仪卫副使，升任吏尚书。次年，王钦若任枢密使、检校太傅、同中书门下平章事。最初，学士晁迥草拟诏书，因错误削去官职，皇帝下诏仍令他带吏尚书职。圣祖降，加任检校太尉。王钦若的住宅在太庙后面的空地，他说时开路喝斥影响太庙自己心中不安，于是真宗在定安坊改赐给他宅第。大中祥符七年(1014)，他任同天书刻玉使。

知节同王钦若在枢密院，一向厌恶王钦若，议论政事意见不同。恰逢泸州都巡检王怀信等人上奏平蛮之功，王钦若很久还没批决，知节于是当面诋毁王钦若的短，两人在真宗面前争辩。及促论功行赏，王钦若遂擅自授王怀信等人以官职，因此获罪，王钦若被罢免枢密使，逢一日、五日朝见皇帝。改任刻玉副使、知通银台司。后又升任枢密使、同平章事。王钦若向皇上献玉皇尊号，升任尚书右仆、判礼仪院，为会灵观使。有蛇现在拱圣营，在此地建祥源观，命王钦若总领理。不久升任左仆兼中书侍郎、同平章事。次年，任景灵观使，检阅《藏》，得到赵氏神仙事迹四十人，把他们画在走廊上。大中祥符九年(1016)，商州捉得士谯文易，他积聚有禁书，能以法术驱使六丁六甲神，亲自说曾王钦若的家，得到王钦若所赠送的诗。真宗以该事问王钦若，王钦若辞谢不知此事，于是王钦若以太太保衔外任判杭州。

宋仁宗赵桢为皇太，亲自以王钦若为东老师的名义保请他归朝，又任资政殿大学士。真宗诏令王钦若每天去资善堂为皇太侍讲。正好辅臣兼任三少，王钦若以自己官品请求调换他职，被授职司空，不久授任山南节度使、同平章事、判河南府。王钦若与宰相丁谓不和，以疾病请求到京城就医治疗，朝廷没答复。王钦若叫儿王从益传文河南府，带病回到京城。丁谓说王钦若擅离职守，命御史中丞薛映到他住宅追究。王钦若惶恐认罪，被降职为司农卿，分南京，削夺王从益一级官职。

宋仁宗登帝位，王钦若改任秘书监，被起用为太常卿、濠州知州，以刑尚书衔知江宁府。仁宗曾作书法飞白，恰巧王钦若有奏折到，仁宗就大书“王钦若”三字。此时，冯拯生病，皇太后有再次拜王钦若为宰相之意，就拿着仁宗所书三字的纸放在盛汤药的盒里，派宦官携带着赐给王钦若，且宣示召见他。至国都门却没有人知。朝见后，再授王钦若为司空、门下侍郎、同平章事、玉清昭应使、昭文馆大学士、监修国史。