皇帝的心意是想召用寇准，于是回答说：“陛下思念寇准一也没忘记他，听说寇准每天放纵喝酒，不知他是否也想念陛下？”太宗默默无语。第二年，太宗召寇准任参知政事。

自唐朝末年起，少数民族民有些住在渭南边，温仲舒任秦州知州，把他们赶到渭以北，设立堡栅用以限制他们的往来。宋太宗看到温仲舒的奏折后不兴，说：“古时羌人尚且与汉人杂居于伊、洛，这些少数民族人易冲动难以安抚，一旦爆发，将会严重地困扰我关中。”寇准说“：唐朝宋王景不奖赏边地战功，终于取得开元时的太平。边疆地区的官员希望求取战功以致酿成祸害，很值得警戒啊。”太宗于是命寇准使渭北，安抚这些少数民族，而调温仲舒到凤翔。

至元年(995)，寇准任给事中。当时宋太宗在位很久，冯拯等人上奏请求立太，太宗发怒，贬冯拯到岭南，朝廷内外无人敢作声。寇准刚从青州被召回，见太宗，太宗的脚伤得很厉害，亲自撩起衣服给寇准看，并且说：“你为何迟来呢？”寇准回答说“：我没得到陛下的召见不敢回到京城。”皇帝说“：我那些儿哪一个可以继承帝位？”寇准说“：陛下替国家选择储君，与妇人、宦官商量，是不可以的；与亲信大臣商量，也不适宜，希望陛下选择所能符合天下意愿的。”皇帝低思考了一会儿，屏退边随从，说“：襄王可以吗？”寇准说“：知莫若父，皇上考虑后认为他可以，希望上决定下来。”太宗就让襄王任开封尹，改封为寿王，于是立他为皇太。太朝见太宗后回去，京城的人拥呼雀跃说：“真是年轻的天呵。”太宗听说这事不兴，召见寇准说：“人心很快归属太，想把我放在什么位置呢？”寇准再次拜贺太宗说“：这是国家的福气呵。”太宗告诉后嫔妃，中的人都前来祝贺。太宗再，延请寇准喝酒，喝得很醉才散。

至二年(996)，在京城南郊举行祭，朝廷内外官员都升官职。寇准平素所喜的人大多得任御史台三省清闲要职，他所讨厌的不相知的人降低一档升职。彭惟节职位向来居于冯拯之下，冯拯转任虞员外郎，彭惟节转任屯田员外郎，但在奏章排列官衔中，彭惟节仍在冯拯之下。寇准发怒，在公堂贴告示告诫冯拯不要扰朝廷制度。冯拯愤慨极了，说寇准擅权行事，又逐条列上岭南官吏授职不公几件事。广东转运使康戬也上奏说：吕端、张洎、张昌龄都是寇准所引荐的，吕端对寇准有恩，张洎能曲意奉承他，而张昌龄敬畏他又弱，不敢与他抗争，所以寇准能任凭自己的意志，扰法纪。宋太宗发怒，寇准正好主持太庙祭祀事宜去了，便召见吕端等人责问。吕端说：“寇准刚自任，我们这些人不想多争，担心有伤国。”于是再拜请罪。到寇准见回答皇帝，皇帝说起冯拯的事，寇准为自己申辩。皇帝说：“如果在殿廷辩论，有失执政大臣的面。”寇准还是争辩不止，又拿中书省的官员名册在皇帝面前论是非对错，皇帝更不兴，因而叹息说：“鼠雀尚且懂人意，何况人呢？”于是罢其宰相职，任命寇准为邓州知州。

真宗登皇帝位，寇准改任尚书工侍郎，咸平初年，调河任职，又任职同州。咸平三年(1000)，寇准去京城朝见，走到阌乡时，又被调至凤翔府任职。真宗巡幸大名，召见寇准到行营，升任刑，代理开封府知府。咸平六年(1003)，他升职兵，任三司使。当时把盐铁、度支、合为一使，宋真宗命令寇准裁决定夺，于是他用六个判官分掌这些事，使机构的繁简开始适中。

真宗很久就想任寇准为宰相，担心他刚直，难以独自担当。景德元年(1004)，就让毕士安为参知政事，过一个月，一起任命毕士安和寇准任同中书门下平章事，寇准以集贤殿大学士份，职位在毕士安之下。这时，契丹军侵宋境内，放纵动的骑兵到、祁之间掠夺，稍有不利就退去，徘徊而没有战斗的意图。寇准说“：这是敌人使我方习以为常而放松戒备呵。请训练军队任命将领，选择锐之兵据守要害之地防备敌人。”这年冬天，契丹军果然大举侵。报急的文书一夜共来了五次，寇准不采取行动，饮酒谈笑自如。第二天，同僚把事情告诉了真宗，真宗十分惊骇，问寇准情况。寇准说：“陛下想了结这事，不会超过五天。”于是请真宗亲征澶州。同僚大臣害怕，想退，寇准制止了他们，命令他们等候皇帝起驾。真宗恐惧亲征，想回内。寇准说：“陛下后的话，我不能见到，国家的大事也就完了。请不要回而采取行动。”真宗于是商议亲征的事，召集群臣询问制敌策略。

不久契丹兵包围了瀛州。一直侵犯到贝、魏州，朝廷内外震恐惊骇。参知政事王钦若，是江南人，请求真宗去金陵；陈尧叟，是蜀人，请求真宗去成都。真宗问寇准，寇准知王、陈两人的谋划，于是表面装作好像不知，说：“哪个替陛下这计策的，其罪可死。现在陛下神武，将领大臣团结协作，如果陛下大驾亲征，敌寇自然会逃去。这样，我们奇兵打敌人的战略布置，用守消磨敌人的士气，敌疲我逸之势，我们预计可得胜利。怎么要放弃汴京跑到遥远的楚、蜀之地去，所在之军心离散，敌寇乘机长驱直，国家还能保存吗？”于是请真宗亲征澶州。