代希宪行省职务。后来查明此系诬告，又召希宪还京师，拜中书平章政事。一日半夜忽召希宪，谈及赵奏疏希宪引荐王文统的事时，希宪说“：臣曾对陛下说过，对王文统臣只闻其人，未识其人。”世祖说：“朕也还记得此事。”希宪在中书省整顿纲纪，裁减冗官，兴利除害，建立各项制度，国事井井有条。还建议革除原蒙古功臣孙视下为婢，视都邑官吏为皂隶僮仆的旧习俗，建立官吏的考升黜制度。臣阿合领左右，总全国财赋。其党徒相互攻击，中书省臣僚畏其权势，不敢追究。希宪查明其事，朝廷杖击阿合，将其所揽政务分归有关机构理。世祖谕希宪曰：“官吏目无法纪则必贪，民失业而逃亡，生产不好则政府财政匮乏，朝廷长期为此担扰。自卿为相，朕无此忧了。”希宪答谢说“：陛下如同尧舜而臣未能以皋陶、稷、契的为臣之辅佐圣上治理国家，疚愧。今日国家只是稍有治理，还有许多事未能办到。”他极力劝谏世祖，切不可让宦官政。

有人弹劾丞相史天泽，说他亲党满布天下，权威日盛，无法无天，不可控御。世祖诏令撤掉史天泽职务，听候审讯。希宪言：“天泽久为陛下效力，陛下知其为人，故委以重任，他带兵理政，成绩卓著。陛下知人善任，才以他为相。今有小人说他的不是，陛下应细加考察，看是否真有肆意横行不遵法纪之事。今日陛下信任我，所以我才敢于这样说；如有一天有人弹劾我，是否也被怀疑。臣等在朝为官，陛下如此好疑，我们怎能自保。既罢天泽之职，亦当罢臣之职。”世祖听后许久才说：“卿暂退去，朕再想想。”次日，帝召希宪说：“我想过了，弹劾天泽却无证人。”这件事就如此了结。以后，有人诬告四川帅钦察，世祖在未查明真象前就令中书速遣使去决钦察，希宪再次劝谏清事实再理。经查实钦察无罪，幸得免死。希宪每次向皇帝奏议国家大事，总是言词激切。世祖说：“卿在王府为我效力时，有许多事还让我几分，如今我为天，为何反而不听从了呢？”希宪回答说“：王府事轻，天下事重，若对陛下随声附和，天下将受其害，非臣不知自。”

朝廷刚举行封赠国师礼之后，世祖命希宪受戒，希宪拜谢说：“臣已受孔戒了。”帝问“：孔也有戒？”对曰“：为臣当忠，为当孝，这就是孔之戒。”

至元五年(1268)始设置御史台，继设各提刑察司。当时阿合总揽财政，质问希宪：“政务由诸路办理，钱谷之事付转运司，今设御史台、提刑司牵制，叫他们如何办事？”希宪回答说：“立御史台和察司是自古以来的制度，其职责是内劾邪，外察越轨行为，考察民间疾苦。其于国政有益则莫大于此。若不设台察，上下专横，恣意贪暴，国事能有成就吗？”阿合哑无言。七年，希宪患病，帝派遣医生三人诊视，医生说须用砂糖药引，家人到寻求，阿合送去二斤，希宪拒收，还说“：即使此果能治好病，我也绝不靠人的赠送来救自己的命。”世祖闻之，遣人送去砂糖。

至元十一年任命希宪为北京省平章政事。十二年帝急召希宪回京，命他抚治荆南，并有授三品以下官职之权。希宪带病赴任，右丞阿里海牙率领属官于江陵迎接，荆人大为惊骇。希宪到任后立即下令严禁剽劫，通商贩，兴利除害，兵民安居乐业。希宪还收留宋朝故宣抚、制置二司幕僚中能事者二十余人，因材任用。这些人赠他珍宝玩，希宪拒绝，并告诫说：“你们是宋朝故官，若任用你们，当念我朝圣恩，尽力报效。今你们送我这些东西，我取之不义，若是官，收受如同盗窃，若系取之于民，那就是犯罪，你们应当慎重。”下令：对被俘军民，杀者以杀平民论罪；俘虏患病而被抛弃者，许人收养，病愈后原主人不能再据为己有；凡买卖妻室儿女者，判以重罪，所卖之钱官府没收。决开江陵护城河放，得良田数万亩，分给贫民耕。开沙市粮仓，以粟米二十万斛赈济公安县饥民。大兴学校，选任教官，购置经书，并亲自到课堂勉励诸生努力学习。希宪在荆南的政绩，影响远，西南民族及思、播二州之田、杨两姓，还有宋重庆制置赵定应等，都来请降。江陵人说：“皇帝遣廉相镇荆南，不仅人蒙德化，连昆虫草木都得其恩惠。”十四年，希宪因病久治不愈，召还京都，江陵人民哭泣挽留。走后，江陵人画像建祠，以为纪念。五月希宪还至上都，两袖清风，随之只有琴、书而已。

希宪还京后，世祖诏征扬州名医王仲明为他诊视，病稍愈，能扶杖而起。太祖大喜说：“卿得良医，故病渐愈。”希宪说“：医生用良药为臣治病，若臣能自己小心谨慎，就会痊愈，但若臣自己懈怠不堪，虽良医亦无益。”这是借此事来谏劝皇帝。朝廷设立门下省，世祖意让希宪来主持门下省事，结果却为阿合所阻。十六年希宪复受命领中书事，但病情日重，皇太来探望，并问为政之，希宪说：“皇帝治国最重要的是用人得当，用君则治，用小人则。臣今病势加剧，听天由命而已，而十分担心的是当前大专政，小人附和，误国害民，这才是国之大病，希望殿下力劝皇上屏除臣，否则国病日重，无可救药。”