数次征调他们都立有功劳，将他们剪除掉不是长久之策。因此，四川的抚官员一致主张招抚。朝廷讨论后命令对杨应龙行勘查，杨应龙表示愿意到四川去接受审查，而不愿到贵州。

二十年(1592)，杨应龙到重庆接受审讯，法律他应当被斩首，他请求愿二万金赎罪。御史张鹤鸣正辨别审问他的罪状，碰到倭寇大举侵朝鲜，朝廷广征天下的军队，杨应龙便上奏朝廷，愿带五千军队前去征讨倭寇以替自己赎罪。皇帝下诏释放了他。他率军队已经启动发了，不久下面的官府上报说杨应龙已罢兵不了。巡抚王继光，严厉提审调查此事，杨应龙抗命不。张时照等人又到朝廷上奏此事，王继光对杨应龙用兵的提议便被通过。二十一年，王继光到重庆，与总兵刘承嗣等人分兵三路向娄山关发，屯驻在白石。杨应龙假装约定日期投降，而带领苗族土兵占据关隘冲击官军。刘承嗣兵败，其下被杀死杀伤一大半。碰到王继光被定罪罢官，官军即撤兵，丢弃的辎重几乎都被抢光。贵州的军队前去协助剿，也无功而返。这时，四川新上任的巡抚谭希忠与贵州的镇巡官和巡抚再商量剿事务，御史薛继茂主张招抚他。杨应龙向朝廷上书自白，派遣其同党携带金京城行贿，将原奏者何恩绑到綦江县。

二十二年(1594)，兵侍郎邢。。总督贵州事务。二十三年，邢。。到达四川，察觉永宁、酉都有杨应龙的姻亲，黄平、白泥等地则长期以来对杨应龙有仇大恨，觉得应该剪除杨应龙的余党。于是他便发檄文给杨应龙，只要他前来认罪，可以不死他。此时正好又碰上西宣安疆臣替其父亲安国亨请求举行抚恤典礼，兵尚书石星写下手札示给安疆臣，要他到杨应龙那里促杨应龙到官府认罪，便可赦免杨应龙的罪行。安疆臣便带着手札前往播州招抚杨应龙。此时，七姓大族害怕杨应龙去后得以赦免罪行，因为四方的亡命之徒都逃窜、藏匿在该地区，倚仗杨应龙的反叛从中取利，因此，对朝廷官府过往的驿卒和文书，总是设置障碍阻拦。邢。。便传文给重庆知府王士琦，让他到綦江促杨应龙到安稳听候审讯。杨应龙派其弟弟杨兆龙到安稳，建好馆舍，储备好粮，到郊外叩迎接王士琦，礼仪隆重地向他敬献猪羊等礼，并说：“杨应龙已将下面的罪魁祸首绑缚起来，在松坎等待判罪。杨应龙之所以不敢到安稳来，就是害怕坠安稳的仇人所设下的无法预测的灾祸之中。请求阁下到松坎去接受杨应龙的认罪。”王士琦说“：松坎以往也是上奏勘查之地。”便一个人骑前往。杨应龙果然双手反绑着立于旁，见到王士琦后哭着请求免己死罪，情愿帮朝廷收执其他罪人，献上罚金，让自己享受安国亨的境遇。安国亨，也是以往遭到攻讦，因对自己的罪行到害怕而不自己的地界的人，所以杨应龙引用他的例来比照自己。王士琦为此向邢。。请示，邢。。答应了杨应龙，杨应龙便将黄元等十二人绑缚起来献给官府。官府验明以后，将黄元等人抵杨应龙的死罪，判杨应龙输送四万金帮助采伐树木以赎自己的罪，革去杨应龙的官职，让他的儿杨朝栋代理他的职务，他的次杨可栋留在官府追赎其父的罪行，黄元等人在重庆闹市被斩首，总督将此事理结果上报朝廷。此时倭寇还没有消灭净，兵想对杨应龙缓一手以专事东方的倭寇；朝廷也因为杨应龙以往积有功劳，就同意了总督的理结果，在松坎设置同知来治理该地，任命王士琦为川东兵备副使，负责弹压、治理该地区的事务。

杨应龙获宽大理后，对所犯的罪行更不思悔改。不久，杨可栋在重庆去世，杨应龙就更加痛恨官府。他敦促官府将其儿的尸送回来归葬，没有结果。官府传文书给他，要他完赎罪的金钱，他大言不惭地说：“我的儿能活过来，银就送到。”他带兵驱赶一千多僧人替他儿招魂；分别派遣土目据守关隘。他还以优厚待遇招抚各地苗人，将苗人中的健壮者称为手；播州百姓中家底稍殷厚些的，财产都被他没收以供养苗族人。苗族人全都愿意死力为他效劳。

二十四年(1596)，杨应龙带兵残害了余庆，抢劫了大阡、都坝地区，对草塘、余庆二个司和兴隆、都匀各卫所实行焚烧抢劫，还派其同党包围黄平，杀戮了重安长官全家，其势又大为旺盛。二十五年，动抢劫了江津和南川，兵临合江索讨他的仇人袁升，将袁升用绳缒到城墙下车裂而死。此时，兵备王士琦被调派去征讨倭寇，杨应龙便统领苗兵大肆劫掠贵州洪、坪、新村等屯。之后，又侵犯湖广的四十八个屯，阻驿站通。他还刺探原先上奏要求惩罚他的仇人宋世臣和罗承恩的下落，知他们带着家属隐藏在偏桥卫，便攻破该地，在城中大肆搜索，杀戮他们的父母，他们的妻女儿，其行为非常悲惨残酷。

二十七年(1599)，贵州巡抚江东之命令都司杨国带领三千士兵剿杨应龙，争夺三百落。贼人假装败北，将官军诱三百落全歼灭，杨国等人全战死。江东之为此被罢官，以郭章代理江东之的职务，起用李化龙节制四川、湖广、贵州等地的军事，调拨东征的刘纟廷、麻贵、陈瞞、董一元等将领南征。此时杨应龙乘大军还未集结，带兵犯綦江。綦江城内新招募的士兵还不满三千人，贼兵八万人掩杀过来时，游击张良贤带兵与杨应龙展开巷战，结果战死，綦江陷落。杨应龙尽杀城中百姓，把尸投江中后把江面都盖满了，江也全被血染红。杨应龙还勾结九地区没有汉化的苗人和黑脚苗人协助自己，屯兵官坝，声称要伺机攻四川。不久，他又带人焚烧了东坡、烂桥、湖南、贵州等地的路标。