李贤因他是同乡，把他引荐为庶吉士，后授予编修官，行侍讲。任满九年后，应当晋升学士。有人对大学士万安说：“像焦芳这不学无术的人，也是学士吗？”焦芳听说后非常愤怒，说：“这肯定是彭华在离间我。我如当不上学士，就要将他刺杀在长安中。”彭华害怕了，便向万安说明，焦芳于是升为侍讲学士。原先，诏令修纂《文华大训》，给东太讲解。此书都是彭华等人所编写，焦芳羞于没有参与，所以每次讲时，便故意挑病，在众人中大声宣扬。翰林们都崇尚文采，唯独焦芳鄙而没有学识，又个狠，动辄对别人行诽谤，所以人们都害怕而躲避他。尹。。被罢免时，焦芳因为与他的儿尹龙相勾结，被贬为桂府同知。焦芳知这是于彭华、万安两人的主意，更对他恨之骨。

弘治初年，焦芳调任霍州知州，升四川提学副使，再调任湖广。不久，升任南京右通政，因亲丧回家。守孝期满后，授为太常卿兼侍讲学士，不久升任礼右侍郎。他恨刘健压制自己，便每天当众谩骂他。刘健的批文不合他的心意，便提笔抹去，不禀报尚书。不久调吏，转任左侍郎。文升任尚书，焦芳经常对他行诽谤和侮辱，还暗中勾结言官，让他们抨击那些自己素来不喜以及地位在自己之上的人。他又上书提御边的四条意见，企望能被采纳，但被谢迁压了下来，所以他尤其恨谢迁。每提到余姚、江西人，因为谢迁和彭华的缘故，焦芳常破大骂。焦芳既然已一再忤逆廷臣，又想锐意取，于是便与阉官相勾结，以巩固自己的地位，日夜图谋逐刘健、谢迁，取代他们的位置。

正德初年，尚书韩文说财税不足。廷臣意见认为理财无奇术，唯有劝皇上节俭。焦芳知左右有人窃听，便大声说“：百姓家尚需要费用，何况皇上！谚语说‘没钱就捡旧纸’。现在天下拖欠隐漏的租税不知有多少，为何不去检查追索。而只说要削减国家开支？”武宗听后非常兴。正好文升辞职，于是升焦芳为吏尚书。韩文将要率九卿弹劾刘瑾，奏疏应当首列吏之名，便将此事告诉焦芳。焦芳偷偷地把这一计划漏给了刘瑾，刘瑾于是驱逐了韩文以及刘健、谢迁等人。而焦芳得以本官兼任文渊阁大学士，阁辅政，累升少师、华盖殿大学士。他在内阁多年，刘瑾搅天下，变更成法，荼毒缙绅之士，都是他所引导。他每次拜访刘瑾，言必称千岁，而自称为门下。批阅奏章，全都迎合刘瑾的心意。四方来贿赂刘瑾的，都先贿赂焦芳。

他的儿黄中，也傲慢凶狠，不学无术，但廷试时却一定要得第一名。李东、王鏊将他列在二甲第一名，焦芳很不兴。他告诉了刘瑾，径自给儿授为翰林检讨，不久升编修。焦芳因黄中的缘故，时时骂李东。刘瑾听到后说：“黄中昨天在我家试石榴诗，很拙劣，你还能恨李东吗？”

刘瑾恨翰林官对他太傲慢，想把他们全赶去，被张彩劝阻。到《孝宗实录》修成时，刘瑾又重提先前的打算，张彩又极力劝阻。而焦芳父和检讨段炅等人，教刘瑾以扩充政事为名，将编修顾清等二十余人全赶到了各衙门。有关官员响应诏令荐举才德兼备之士，将余姚人周礼、徐元、许龙和上虞人徐文彪四人推荐了上去。刘瑾以周礼等人都是谢迁的同乡，而诏令又是刘健所起草，因而将这四人投诏狱，还想将刘健、谢迁一并逮捕。李东极力调解。焦芳厉声说“：纵然赦免他们的罪行，难不应该将他们除名吗？”于是将刘健、谢迁废为平民，而张榜驱逐担任京官的余姚人。

满剌加的使臣亚刘，本是江西万安人，名叫萧明举，因犯罪叛逃到满剌加，与其国人端亚智来朝见。后来他又图谋氵孛泥国索宝，并杀死了亚智等人。事情报到朝廷后，正要让所在官员调查上报，焦芳却在后面补充写：江西的土俗，人民多散漫不认真，像彭华、尹直、徐琼、李孜省、黄景等人，多被人们所议论。应当裁减江西乡试名额五十名，初官的人也不要选为京职，并将这一条颁布为法令。”他还说：“王安石贻祸于宋朝，吴澄为元朝官，应张榜公布他们的罪行，使以后不要滥用江西人。”杨廷和劝解说“：因一人为盗，而祸及一方，甚至还裁减乡试名额。宋元时期的人，难也要拉来一同判罪吗？”焦芳这才罢了。

焦芳非常厌恶南方人，每斥退一个南方人，他便很兴。即使是谈论古人，他也一定诋毁南方人而赞誉北方人。他还曾一幅《南人不可为相图》，献给刘瑾。他担任《孝宗实录》一书的总裁官时，对何乔新、彭韶、谢迁肆意行诬陷和诽谤，还得意地说：“当今朝廷之上，有谁像我这样正直！”

当初张彩任郎官时，焦芳极力推荐他以取悦于刘瑾，希图获得利。到张彩当尚书时，焦芳父没有一天不推荐人，张彩与他的看法有时相同而有时相反，两人遂有了矛盾。而段炅见刘瑾亲近张彩，焦芳势力稍衰，便转而依附张彩，将焦芳的私全告诉了刘瑾。刘瑾大怒，多次当众斥骂焦芳父。焦芳不得已，便请求辞官归乡。

黄中请求阁臣庇荫，以侍读职衔随父还乡。刘瑾败后，给事中、御史纷纷弹劾焦芳父，削夺了他的官衔，将黄中废为平民。后来，焦芳派黄中用金钱宝贿赂权贵，上书请求洗刷先前的罪名，恢复官衔，但被吏科驳斥。于是吏又奏请将黄中逮捕，押送法司，以昭示上天对他的惩罚。黄中狼狈逃走。

焦芳府第很宏丽，建造时劳动了几个郡。大盗赵钅遂，火烧了他的府第，挖开了地窖，获得不少藏金，于是赵钅遂将焦芳先人的坟墓全掘开，将挖的骨与骨一起烧掉。他遍寻焦芳父不得，便将焦芳的衣冠挂在院里的树上，剑砍掉他的，让群盗将其剁碎。他说“：我为天诛杀此贼。”赵钅遂后来在临刑时叹：“我不能亲手杀死焦芳父以谢天下，死有余恨！”刘瑾的侄孙二汉应被死，他也说：“我死固然应当，但我家的所作所为，都是焦芳和张彩所指使。现在张彩和我被以极刑，而焦芳却唯独安然无事，岂不是冤枉！”焦芳父竟得良死。