时驻军衡州，听说这些后非常吃惊。六年正月，传令让忠从益军长沙，约定各位将领前往会合，然后亲自到忠贞营去，邀请赤心驻衡州。腾蛟下六千名士兵，因为害怕忠贞营合力袭击，不敢让他们为自己护行，只携带了三十名属吏和士兵一同前往，看快到了，听说赤心率兵东去，就跟着他到了湘潭。湘潭是一座空城，赤心未加防守就离开了，腾蛟于是去暂停。大清兵得知腾蛟这座空城，就派遣将领李勇引兵城。李勇过去是腾蛟下的将领，他城后就率领他的士兵围住腾蛟行礼，劝腾蛟投降。腾蛟破大骂，李勇于是把他劫持走了。腾蛟绝七天，大清兵只好杀了他。永明王得知这个消息后痛加哀悼，多次予以祭奠，追赠给他中湘王，谥文烈，让他的儿文瑞了佥都御史。

瞿式耜，字起田，常熟人。是礼侍郎瞿景淳的孙，湖广参议瞿汝说的儿。他考中万历四十四年(1616)榜士。授吉安永丰知县，任职期间实施利民政策。天启元年(1621)朝廷要调他到江陵。永丰县百姓请求让他留下来，朝廷任命他继续担任永丰知县。后来因为守丧回家去了。

崇祯元年(1628)他提升为给事中，上书说李国木普应该留在内阁，王永光应该主选官吏，曹于汴应该掌宪令，郑三俊、毕懋良应掌事务，李华应主军事。崇祯皇帝多半采纳了他的建议。不久他上书叙说朝政不公正，为王之肕请求抚恤，为孙慎行诉冤，请求立即杀掉杨镐、王化贞，澄清杨涟、左光斗勾结害人的不白之冤，追论原任辅臣魏广微、顾秉谦、冯铨、黄立极的罪过，而又说到放弃守丧任并为自己建祠的朱童蒙不可宽恕，罪恶累累长期免职的汤宾严不可使用。崇祯皇帝也采纳了他的建议。又极力论述来宗、杨景辰曾追随逆党不能让他们在政府任职。他们俩不久也被罢免离去。御史袁弘弹劾大学士刘鸿川，实际上是逆党徐大化在主使他。川贵总督张鹤鸣以先曾被罢免，他重新得到起用是由于魏忠贤的帮助。式耜一并上书诉说。后来，他又赞扬杨莲、魏大中、周顺昌是清官中的清官，忠臣中的忠臣，这三个人因而得到追赠和加谥。没多久，上书对时事提了七建议：“起用废除官吏不能不审，官吏提升不能不循序行，选举官吏不能不谨慎。谥典应该严格把关，法纪应当整顿，评价人应该仔细，对依附宦官的人应当加以区分。”又极力论述了馆阁用人中存在的奔走请告的弊端，要求崇祯皇帝亲临现场加以考试。最后说：“古代帝王边设有左、右史记录天的言行举止。现在陛下经常召集大臣问话，应该让史官在边加以记录，向朝野公布。”他所说的事经过讨论大多得以实施。当时朝廷即将议论逆党一案，他请求把红本下发给大臣，以便确定这些罪行的轻重，又说宣府巡抚徐良彦没有追随谋逆的阉党，被崔呈秀诬陷弹劾贬到边疆充军，应当立即加以提任用。良彦于是得到起用。

式耜胆大直地建功立名。所提的建议大多符合皇上的心意，但是他敢于攻击豪门权臣，大臣们都害怕他的一张嘴。十月崇祯皇帝下诏让朝廷推选内阁大臣，礼侍郎钱谦益因为同事周延儒正因为论事受到皇上的，担心和自己一起推荐上去自己就会落选，于是打算阻止他被推荐的可能。式耜是谦益的门人，就为谦益向当权者游说，要大家把延儒排斥不予推选。而把谦益排在第二位。温仁于是首先告发了他们，延儒也帮着他说话。谦益被免除官职，式耜因此被贬了官。式耜曾经颂扬过贵宁参政胡平表杀贼的功绩，请求提升他。后来平表贵州布政便，因办事不谨慎被罢官。式耜因此又被贬官二级，也就是罢官在家了。很久以后，常熟的一个民张汉儒迎合温仁心思，攻击谦益、式耜贪婪、放肆、不守法。仁在朝中主，下令法司逮捕他们治罪。巡抚张国维、巡路振飞先后上书为他申冤，崇祯皇帝没有听取他们的意见。等到他们两人下狱后，仁已经罢官，案件稍稍缓解。谦益因此削去了官籍。式耜用钱赎罪狱。谏官上书推荐式耜，崇祯皇帝没有采纳。

十七年(1644)，福王在南京即位。八月起用式耜应天府的府丞。后来，提升为右佥都御史，代替方震孺巡抚广西。第二年夏天，他刚抵达梧州，就听到南京城被打下。靖江王亨嘉打算僭取皇位，召式耜见他，式耜拒绝了他没有去，而且传檄文给思恩的参将陈传要他帮助把守，阻止了狼兵过去，不要听从亨嘉的调遣。亨嘉到梧州，劫持了式耜，把他囚禁在桂林，并派人去取回他的敕印。开始，式耜主张立桂端王的儿安仁王。等到唐王监国后，式耜认为照辈份、排行他不应该立为皇帝，就没有奉表劝，到现在被亨嘉囚禁在这里了，就派遣使者前去为唐王祝贺，并请求帮助。唐王兴起来，而这时亨嘉遭受丁魁楚的攻击，形势难堪，就只好释放了式耜。式耜与中军官焦琏召传一同捉拿了亨嘉，叛才平定下来。唐王提升式耜为兵右侍郎，协助理军事，暂时由晏日曙代理着。式耜没有朝，而是退居广东去了。

顺治三年(1646)九月，大清兵打下了汀州。式耜与丁魁楚等人决定立永明王由榔为皇帝，于是到梧州迎接永明王，于十月十日在肇庆监国。永明王晋升式耜为吏右侍郎、东阁大学士，兼吏事务。不多久，赣州失败的消息传来，司礼王坤迫永明王前去梧州。式耜竭力阻止，没有成功。十一月初一，苏观生在广州拥立唐王聿钅粤。式耜于是同丁魁楚等约定迎接永明王回肇庆，派遣总督林佳鼎抵御苏观生的队，林佳鼎战败死了。式耜到峡检阅队去了。十二月十五日，大清兵打下了广州。王坤促永明王西逃。式耜前往追赶永明王，永明王已越过梧州向西去了。