权。九月，文灿驻军襄，贼兵分别盘踞在郧、襄一带的各险要位置上。诸将请求战，文灿主张兵分几路，卢九德说“：兵力分散后力量薄弱，一失利，全军就会动摇，不如联合各分力量一起攻打。”大家都说好，于是文灿让佥事张大任监督大将左良玉、陈洪范的军队，让通判孔贞会监督副将龙在田的军队，在双沟跟贼兵开战，大败贼兵，斩获两千多首级。罗汝才、惠登相率领的九营贼兵逃往均州，李万庆率领的三营逃往光山、固始去了。

十一月，京师戒严，朝廷召洪承畴、孙传卫京师。汝才等以为要讨伐自己，非常害怕，就去求见太和山提督中官，请求接受文灿的招安，文灿同意了。他把汝才及一丈青、小秦王、一条龙四营安置在郧县，把惠登相及王国宁、常德安、杨龙贤、王光恩五营安置在均州。然后上书说“：我对李万庆、贺一龙、光玉及临天王等主张剿灭，其他的都主张招安。我请求朝廷赦免汝才等人的罪过，授给他们一个官职。”朝廷批准了。

当时京军、良玉的军队都因卫京师离开了，士秀、杜应金就在许州反叛。早先，士秀等人投降后，良玉把他们的兵力安置在许州郊外。许州是个大州，良玉等将领都把自己的妻、儿女和财寄存在那里，良玉长久征不回。士秀、应金在文灿的军队里，一天假装请假，借用了良玉的旗号混许州城。夜半时分，贼兵从府中冲，烧毁了城南的碉楼，抢劫了仓库，杀死官吏，带着财宝投奔了李万庆。万庆即贼首塌天。

十二年(1639)三月，良玉班师回来，打败并收降了忠，又派刘国能攻并招降了李万庆，士秀、应金也再次投降了。顺天王在此之前已经死去，他的同伙顺义王被下杀死了。文灿于是上书说“：我的队威震贼胆，投降过来的接连不断。十三家贼兵中只有革里、左金王及光玉三尚未得到应有的讨伐，不过一年半载也就可以平定了。”庄烈帝以赞许的吻下诏书回答了他。

当初，张献忠投降后拥兵万人，盘踞在谷城，却向朝廷要十万人的粮饷。文灿及朝廷内外的要人都说给他。在他们替献忠向皇上请求官职，请求地盘，请得关防大印以后，献忠写下状说愿意听候调遣。后来朝廷多次传檄召他的队，他都不理，朝廷内外都知献忠一定会反叛的。以后，汝才投降了，也不肯武。等到忠、万庆等也都投降时，文灿更自以为得法，以为天下从今往后将没有贼寇了。五月，献忠在谷城反叛，在房县劫持汝才后，九营贼兵都反了起来。最初，均州五营担心受到讨伐，犹豫不决，一起歃血结盟抵抗献忠，不久也反叛而去了。庄烈帝得知事变发生，大吃一惊，削去了文灿的官职，让他罪理事。七月，良玉在罗犭英山攻献忠，被打败了。庄烈帝十分恼火，命令嗣昌来取代文灿。嗣昌来到军队中，就派遣使者把文灿逮捕狱，判为死刑。文灿的亲戚姚明恭掌着大权也无法救他一命。十三年(1640)十月，文灿终于被死于街市之上。

郑崇俭，字大章，乡宁人。万历四十四年(1616)榜士。初任河南府推官，又过济南兵备副使。崇祯初年升为陕西右参政，后多次升转担任了右佥都御史，巡抚宁夏。在此期间，他几次打败河的敌人，朝廷赐给他银币，荫封他的孙为世袭锦衣副千。

十二年(1639)正月，崇俭升任兵右侍郎，接替洪承畴总督陕西三边军务。五月，张献忠在谷城反叛，罗汝才等九营也都反起来，兴安发战警。总理熊文灿请求皇上命令湖北巡抚方孔昭防守荆门、当，郧巡抚王鳌永防守江陵、远安，陕西巡抚丁启睿、四川巡抚邵捷分别在他们的地区内严兵防守，崇俭主持提兵联合攻击。这时固原、临洮、宁夏三个总兵左光先、曹变蛟、科跟随承畴卫京师去了，只有柴时华中途返回甘肃，崇俭调用他而他不响应。崇俭于是传檄要副将贺人龙、李国奇等从西安兵。国奇的队伍到略时士兵起哄，抢劫了瑞王的田租。国奇当时已提升为陕西总兵官，因此事被免除了新的职务，崇俭也被贬官一级。

献忠反叛后，在房县的罗犭英山大败左良玉的队，策划陕西。崇俭率领人龙、国奇的队把他遏制在兴安。贼兵回奔到兴山、太平，位于湖北、四川的界地带。这时，杨嗣昌已经兵，到文灿的军中取代了他的位置。在此之前，尚书傅宗龙建议让崇俭兼四川的军队，而嗣昌已经发布檄文要求陕西的军队四川。崇俭于是在十三年二月率领人龙、国奇会同左良玉在玛瑙山大败贼军，斩获首级一千三百三十三个，收降贼将二十五人，得到不计其数的骡和兵。这次战役，崇俭在行伍之间，嗣昌远在襄，等评定功绩时，封赏的一半归嗣昌得了，崇俭只升官一级，不过是恢复以前所降的那一级罢了。

献忠失败后逃窜到柯家坪，四川将领张令追击他时被包围。崇俭派兵打跑贼兵，人龙、国奇等又一路追击，在寒溪寺、盐井打败了他们，先后斩获一千五百首级。献忠的同伙顺天王、一条龙、一双龙都投降了。崇俭的队五天内打了三次胜仗，威名大震。他因为年老衰请求辞官回家，朝廷不同意，命令他率领郑家栋回关中，留下人龙、国奇讨伐贼寇。

这个时候，献忠逃到兴山、归州一带的山中潜伏下来，陕西、湖北的军队都聚集在夔州，只要将领们齐心协力在山老林中搜捕，一千多残寇就可以全歼灭。可是崇俭离开后不久，人龙的队伍也从开县哗变西归，湖北的队在土地岭战败，四川从此大起来。嗣昌于是说崇俭撤兵太早，导致贼兵猖獗起来。庄烈帝起初因为崇俭没能住自己的军队就已经不兴了，到这时就下令把他剥夺官籍，让启睿到军中接替了他；又怀疑他借病推托，让巡官实情况。第二年天，献忠打下襄，嗣昌死掉了，庄烈帝更加痛恨崇俭没有给嗣昌充当犄角，支持他平定贼寇，就把他逮捕下狱，责备他唆使士兵擅自返回，无视军规，不等到秋后就在五月里把他斩首街了。

庄烈帝从即位以来杀过七位总督，分别是郑崇俭、袁崇焕、刘策、杨一鹏、熊文灿、范志完、赵光扌卞。庄烈帝因为盗贼的势力日益壮大而气愤，运用法律更加苛刻，功罪不能互相抵销，封疆大事也随着一天天坏完了，直到最后亡国为止。福王在位时，给事中李清说：“崇俭没有丧失过一座城池或一支队，因为他人巧言卸责被判了死刑。群臣背地里都知他的冤屈，却没有人敢来诉说，对此我很是痛心。”崇俭的冤屈才得到昭雪。