，关中一带又大为震动。

奇瑜后悔自己失策，就把罪名推到别人上以求卸责。贼兵刚刚反叛时来到凤翔，哄骗驻军打开城门，守城的士兵知他们是在诈骗，就骗说用绳索拉他们上去，杀死了先上去的三十六个人，其余的贼寇一哄而走了。他们犯宝，也被知县李嘉彦挫败。奇瑜就弹劾嘉彦及凤翔乡官孙鹏等破坏了招安的事局，抚官也对招安怀有二心。庄烈帝恼了，严厉批评了抚官，逮捕了嘉彦、孙鹏及士绅、百姓五十多人。奇瑜又请求朝廷传令陕西、郧、湖广、河南、山西的五位巡抚各自把守要害地带，有失守的就治他们的罪，试图以此来为自己分担过失。后来他又委罪于练国事，国事也被逮捕狱。给事中顾国宝弹劾奇瑜贻误封疆大事，庄烈帝下诏让奇瑜解除官职，等候调查。御史傅永淳又弹劾奇瑜解陇州之围时虚报了斩敌人数，庄烈帝就下诏把奇瑜除了名，让锦衣官把他逮捕，加以审讯。九年六月，奇瑜被贬，充军边疆去了。

当初奇瑜在南官时，唐王杀了他的长，并且想一同废除其长的儿聿键。靠了奇瑜的帮助，长孙的地位才得以保住，后来聿键在福建自立为帝，想召奇瑜去东阁大学士，因为路遥远，奇瑜没有收到任命令，死在了家里。

熊文灿，贵州永宁卫人。万历三十五年(1067)中士。初任黄州推官，后来升为礼主事，又过郎中。使琉球举行加封典礼后回来，先后升为山东左参政、山西察使、山东右布政使。因守丧弃官回乡，从此把家迁往蕲去了。

崇祯元年(1628)，文灿起任福建布政使，未上任就在三月里改官任右佥都御史，巡抚福建。福建沿海原本有许多大盗，从袁、李忠投降后，杨六、杨七及郑芝龙又相继起来。总兵官俞咨皋招降了杨六、杨七，芝龙还像原来一样猖獗。不过芝龙常打败都司洪先，却放着不追；抓获官军一名游击，但不杀他；咨皋被打败后也放他逃离不追。当权者知芝龙可以招安，就派使者过去劝降了他。文灿到来后，对芝龙很好，使他能够为自己所用。芝龙的同伙李魁奇两次投降又两次反叛，芝龙追击并活捉了他。海边的战事刚慢慢平息下来，而钟斌又起来作了。钟斌当初也曾接受过招安，后来又反叛，攻打福州。文灿引诱他到泉州，命令芝龙打败了他。不久把他到大洋里，钟斌投海死了。福建多次平息大盗都是芝龙的力，文灿也得到记功，提升了官级。

五年(1632)二月，朝廷提升文灿为兵右侍郎兼右佥都御史，总督两广军务，兼巡抚广东。在此之前，海盗钟凌秀投降后又反叛，被芝龙抓获，他的同伙战败后长汀，转移到江西所属的城镇去行掳掠，文灿传令芝龙多次打败了他们。福建因为有红夷作，海盗刘香趁这个机会接连犯福建、广东的沿海城市，庄烈帝为此批评了文灿。文灿不能讨平贼兵，就打算招降它，贼兵也假装同意他的招安。参政洪云蒸，是长沙人，起初在广西参政，曾经搜捕过凌秀的余党，斩获过三十多首级，把贼窝全给捣毁了。文灿竟命令云蒸与副使康承祖，参将夏之本、张一杰贼船中宣布指示，结果他们都给扣作人质。文灿怕自己获罪，上书说是这几位大臣相信贼兵的话，自投罗网。给事中朱国栋上书弹劾文灿，庄烈帝下诏贬了文灿的官，让他罪办贼，立功自赎。八年，芝龙联合广东队在田尾岛附近的远洋中攻刘香。刘香胁持着云蒸要求官兵停止攻，云蒸大声喊叫说：“我誓死报国，你们上打，勿失良机！”于是遇害了。刘香走投无路，引火自焚，溺死在大洋中。承祖等人逃脱回来了。刘香的余党一千多人后来到浙江归降，海盗才全削平了。

文灿在福建、广东官多年，积聚的钱财不计其数，他用大量的珍宝结朝廷内外的权要人，打算长期镇守岭南。恰好这时庄烈帝怀疑刘香没死，并且不了解文灿的为人，派了一名宦官借到广西采办的名义来侦察他。这位宦官来后，文灿很送了他一些礼，留他喝了十天酒。宦官兴之际谈到了中原地区盗贼作的事，文灿正值酒酣耳，就拍案骂“：全是那帮大臣耽误国事。如果是我文灿去，怎么会让这班盗贼猖狂成这样！”宦官站起来说“：我事实上不是去广西采办，而是奉皇上的命令来侦察你的。先生的确有盖世之才，除了你没人能惩治中原的贼寇啊。”文灿当时说话于无意，这时后悔失言，便说办理这事有五大难、四不可。宦官说：“回去见到皇上我自己替你请求，如果皇上舍得派用先生时，先生就推辞不得啦！”文灿无言以对，只好说好吧。宦官回到中果然向庄烈帝讲了。早先文灿迁往蕲后，与同乡人姚明恭结为亲家，明恭后来了詹事，又跟杨嗣昌相好。嗣昌当时掌握着军事大权，受到庄烈帝的用。因为庄烈帝平贼心急，所以嗣昌希望能得到一个人帮助自己。明恭于是向他推荐了文灿，并且讲“：这个人在廷中可是有关系好用的。”嗣昌很兴，于是推荐了文灿。

十年(1637)四月，庄烈帝任命文灿为兵尚书兼右副都御史，让他接替王家桢总理南畿、河南、山西、陕西、湖广、四川军务。文灿接受任命后就请把左良玉下的六千人作为自己的队，又大力招募了广东及乌蛮中通火的一两千人，调来自己的护卫，军事装备很是齐全。

军队驻扎在庐山时，文灿去拜访一位要好的和尚空隐。和尚一迎来就说“：先生犯了大错呀！”文灿喝退左右，问他是什么原因这么讲。和尚说“：你认为你带领的兵能制贼兵于死地吗？”文灿说“：不能。”和尚又说“：你手下的将领中间有可以托以大事，让他独当一面，不烦你指挥就能办成事的吗？”文灿说“：没有把握。”和尚说：“二者都架不住贼寇，皇上只是看你的名声用了你，把无限希望寄托在你上，万一你不能成功，可就要掉脑袋了！”文灿退后几步，思索良久才问“：招安他们怎么样？”和尚说“：我料你一定招安，但是寇跟海盗不同，你要慎重啊！”文灿离开庐山后驻安庆。这时庄烈帝派领勇卫营的宦官刘元斌、卢九德也到来了。良玉这员老将桀骜不驯，不愿接受文官的节制。恰好这时他的下与广东军不和，大肆吵闹，文灿迫不得已，遣回了南方的军队。但是良玉的队事实上不能为他所用。嗣昌对庄烈帝讲了这事，庄烈帝就让边防将领冯举、苗有才的五千人隶属文灿下。有才在真战败，只有京营的将领黄得功连连打败贼兵，威名大振。

当时嗣昌提了“四正六隅”的策略，增补了一大半官兵和军饷，试图一举消灭贼寇，贼兵相当害怕。等文灿来后，京军多次告捷，贼兵更加害怕了。只是文灿决心已定，要招降贼兵。才驻安庆那阵，文灿就派人招降张献忠、刘国能，献忠与国能听从了招安。文灿于是大量张贴招降的檄文，又奏请把居民和粮全都迁城市里关闭起来，认为贼兵没有什么东西可以掠夺就会自行让步了。庄烈帝恼了，把文灿训斥了一番。嗣昌心里也不赞成文灿的办法，但既然已经任用了他，就只好设法替他辩解。据文灿的申请，朝廷把畿辅、山西的队各三千人拨给了他。