，我也不会离开。”第无语反驳，于是撤退锦州，右屯，大、小凌河以及松山、杏山、塔山的全守，把屯田的士兵也一同驱赶山海关来，放弃粮十多万担。而且途中人员死亡，哭声响彻四野，百姓不满，军队的士气更加不振。崇焕于是请求回家服丧，没有得到允许。十二月，晋升为察使，和过去一样理军事。

我们大清得知经略撤退，六年(1662)正月，就大举用兵，西渡辽河。二十三日抵达宁远。崇焕听说，上同大将满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可刚等聚集将士在一起，誓死守城。崇焕又写下血书，激励士兵忠义报国，并为之向官兵下拜，所以将士都愿意死力。于是烧毁城外的全民房，把守备械运城中，等候大清军。命令同知程维木英拷问细，通判官金启亻宗理士兵饮，并隐蔽路上的行人，传檄前屯守将赵率教、山海守将杨麒，如有将士逃到那里去全斩首，由此，人心才稳定下来。第二天，大清军开始攻城，着盾牌掘城，弓箭和石不能打退大清军。崇焕命福建士兵罗立，发放西洋大炮，击伤城外的大清军。第二天，再次攻，又被击退，于是宁远之围解除了。通判金启亻宗也因为大炮而战死。

启亻宗起初是一个小官吏，官名叫经历，掌赏功的事情，勤奋聪明而又有志向。承宗重他，让他通判官，查兵粮的数量，监督修城工程，办理军民的诉讼案件，得民心。死后，追赠为光禄少卿，后代享受世袭锦衣百的待遇。

起初，朝廷听到边境的警报，兵尚书王永光召集朝中大臣讨论战守问题，没有什么好策略。经略第、总兵杨麒在山海关上有大量的队，却不肯援救，朝廷官员认为宁远必定把守不住。等崇焕奏上捷报，满朝喜气洋洋，上提升他为右佥都御史，熹宗用加盖玉玺的诏书奖励他，满桂等人也各有晋升。

大清兵刚解围，分兵数万攻觉华岛，杀死参将金冠等以及军民数万。崇焕刚防卫宁远城，兵力已尽不能救援。第镇守关门，一反承宗的政策，屈辱将领，使得将领们都离心离德。对待杨麒就如同他的偏裨军官一样，一次杨麒到来，发现第侮辱他的士兵。到这个时候因为没有发兵援助宁远，第、杨麒一齐被罢官去职，用王之臣取代第，赵率教取代了杨麒。

我大清发兵，所到之没有攻不破的，明朝将领不敢议论战守。讨论战守的事是从袁崇焕开始的。三月朝廷重设辽东巡抚，让崇焕来担任。魏忠贤派遣他的党羽刘应坤、纪用等前往坐镇。崇焕大胆地上疏反对，意见不被采纳。后来给评定功绩，晋升为兵右侍郎，赏赐他不少银钱，并给他世代享有锦衣千的封赏。

袁崇焕解围以后，渐渐骄傲起来，同满桂开始不和，请把他调往别驻兵，朝廷就召满桂回去了。因为王之臣上书挽留满桂，又与王之臣不和，朝廷担心因此坏事，就命令之臣等专关内的事，关外让崇焕分兵把守。崇焕担心朝中大臣忌妒自己，上书说：“陛下把关内外，分责给两个大臣把守，用辽人防守辽地，又要作战又要防守，又要建城又要屯田。屯田的收，可以减少海运的需要。关外战略的大要在于以清野为主，趁机袭击敌人为功用。这样战虽不足，守则有余；守既有余，战无不足，但是勇猛地攻打敌军，敌军一定仇视我；奋迅立功就有很多人会妒忌。不辞辛劳地事就必定要蒙受怨恨，被罪名的人才可能建立功勋。蒙受的怨恨不，功劳就不显著，罪过不大，那么功勋就不能成就。诽谤我的奏书满箱都是，诋毁我的话语陛下天天可以听到，自古以来就是这样了，我希望圣明的陛下您和朝廷大臣能有始有终地信任我。”熹宗皇帝用温和的诏书回答并赞扬了他。

这年冬天，崇焕同应坤、纪用、率教巡视锦州，大、小凌河，讨论大规模屯田，慢慢收复了第以前放弃的领土。忠贤与应坤等一并因此得到世袭锦衣的封赏，崇焕将他们受到荫封的孙任命为指挥佥事。然后上书说：“辽左的失败，固然是因为人心不稳，但也是因为失了有利的险要地势，不能稳定人心。士兵不利于野战，只有凭借固的城墙用大炮这个办法来守卫，现在山海的四城已经修建完毕，应当再修松山等城市，班军四万人，缺一不可。”熹宗皇帝回答说同意。

这以前，八月中旬，清太祖皇帝逝世，崇焕派遣使节前往吊唁，并且利用这个机会窥测清朝内的虚实。我清太宗文皇帝派遣使者回访了他，崇焕想议和，就写了一封信让使者带回来，我们大清队将要讨伐朝鲜，打算用议和阻止他们的军队，以便能专心南下。七年(1627)正月，又派使者回答了他，于是，派兵渡过鸭绿江向南方攻。朝中认为崇焕与之臣不和，召之臣回来，免除经略不再设置，关内外都由崇焕监，同监军的宦官应坤、纪用一起见机行事。崇焕决想要收复失地，于是趁大清军外作战之机，调遣将士修缮锦州、中左、大凌三城，同时又派使者持书前去议和，恰巧朝鲜与文龙同时告急，朝廷命崇焕前去救援。崇焕派军援救文龙，又派遣左辅、赵率教、朱梅等九位将领率九千兵先后三岔河，来牵制大清势力，而朝鲜已经被征服，各位将领于是返回。

崇焕当初开始议和时，朝廷里不知。等到奏章送上，熹宗皇帝以赞赏的态度颁发诏书表示同意，后来认为不是好计策，又几次传旨告诫他。崇焕打算借此机会来修整旧疆域，所以持要议和。朝鲜及文龙受到大清军攻，朝中的谏官于是说是因为崇焕议和而造成的。四月，崇焕上书说：“关外的四城虽绵延二百里，北面靠山南面临海，东西宽只四十里罢了。现在屯兵六万，商民数十万之多，可谓地狭人多，从哪里取得粮呢？锦州、中左、大凌三城的修建一定不能停止。现在我已经迁移了分商人和农民在那里大规模屯田。如果城墙不固而敌军到来，就必须撤回，这样等于放弃了将要成功的事业。所以趁敌人在江东作战之际，姑且以议和来延缓时间。等敌人知时，三城已修建完毕。或守或战都在关门以外四百里的地方，我朝的边防也就可以固如金汤了。”熹宗以赞赏的气回答说知了。

当时率教驻军锦州，监护修筑城墙，朝廷任命尤世禄来取代他，又让左辅担任前锋总兵官，驻守大凌河。世禄没有到，左辅也没有守大凌，五月十一日，大清军兵直抵锦州，四面围城。率教同宦官纪用环城防守，同时派使者议和，想赢得时间等来援兵，使者往返三次没有效果，大清兵的围困更加了。崇焕因为宁远的兵力不可以调动，就选骑兵四千人，命令世禄、大寿带领，绕到大清军的后面开始决战。另外又派兵在大清军东面作战，牵制清朝兵力。并且请求发动蓟镇、宣、大的兵力，在东面护守关门。朝廷已经命令驻守山海的满桂移驻前屯，驻守三屯的孙祖寿移驻山海，驻守宣府的黑云龙移驻一片石，蓟辽总督阎鸣泰移驻关城；又派昌平、天津、保定的军队奔赴上关；发书给山西、河南、山东等地的守臣整顿队伍随时听候调遣。世禄等将要发时，大清已在二十八日分兵开往宁远。崇焕与宦官应坤、副史毕自肃督兵登城拒敌，派兵躲在壕沟内，用大炮击敌。而满桂、世禄、大寿在城外作战，伤亡累累，满桂中数箭。大清军不久也就引退，派更多兵力攻打锦州，因为天无法攻下，士兵损伤众多，六月五日也率兵归还，顺势摧毁大、小凌河两座城池。这次战役当时被称为宁锦大捷，满桂、率教立功最多。忠贤于是让他的党羽说崇焕不救锦州是暮年衰弱气象，崇焕于是请求辞职。朝廷内外正争着颂扬忠贤，崇焕没办法，也请求为他建立生祠，最终还是得不到忠贤的心。七月朝廷允许他离职，让王之臣接替他督师兼辽东巡抚，驻兵宁远。等到论功时，文臣武将被晋级荫封者有几百人，忠贤的孙也封了伯，而崇焕只是升了一级。尚书霍维华不平，上疏请求辞让给自己的荫封，忠贤不允许。