喧闹，其余的十三个营起来响应他们，把巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳绑了去，囚禁在城墙上的碉楼里。自肃受重伤，兵备副使郭广刚到，亲自保护自肃，收集抚赏金和不动金二万两用以平息事态，数目不足，又从商人百姓那里借贷五万两给他们，事情才得以解决。自肃上书自行请罪，逃往中左所，自杀而死。崇焕在八月初抵达关防所，听说兵变就骑前去同郭广密谋，宽恕了带起事的杨正朝、张思顺，命令逮捕了十五人在街市上杀掉；斩知情不报的中军吴国琦，责问参将彭簪古，罢黜都司左良玉等四人。派正朝、思顺到前线立功赎罪，世荣、涵淳因贪污待下属导致事变，也被罢免。只有都司程大乐一营没有跟从兵变，特别为此给予奖励。由此当地才稳定下来。

关外大将四、五人，办起事情往往互相牵制，后来又规定只设二人，由朱梅镇守宁远，大寿仍然驻军锦州。到这个时候朱梅就要卸任了，崇焕请求合宁远、锦州为一镇，大寿仍然驻军锦州，提升中军副将何可刚都督佥事，接替朱梅驻守宁远，改派蓟镇的赵率教驻军关门，关内外只设两员大将。就此事在上疏中极力称赞他们三人的才，说：“我自许五年内收复，就专靠这三个人了，应当让他们从到尾辅助我。到时候没有成效，我就亲手杀了他们三个，我自己的命由司法门理吧。”庄烈帝同意了他的意见。崇焕于是留下来镇守宁远。自肃已经死了，崇焕请求停止设巡抚一职。等到登莱巡抚孙国桢免职，崇焕又请求虚其位不再派人。庄烈帝也都回答可以。哈剌慎三十六家过去接受了明朝的安抚和封赏，后来被汉所迫，又因收成不好，有叛改的意向。崇焕召他们在边境上相见，亲自安抚问他们，他们都顺服了。二年闰四月评叙秋两防的战功，崇焕被加封太太保，赐给蟒衣、银币，并得到荫封孙锦衣千的封赏。

崇焕上任一开始，就想杀掉文龙，文龙，仁和人。以都司之职率兵援助朝鲜，逗留在辽东一带，辽东失陷后，从海路逃回，乘守备空虚杀死大清镇江的守将，向巡抚王化贞了报告，没有告诉经略熊廷弼，由此两人开始有了怨恨。当时朝廷里掌权的人正赏识化贞，于是授职文龙为总兵官，逐渐加升到左都督，挂起将军印，赐尚方宝剑，像内地一样在岛上设立军镇。岛又叫东江，在登、莱沿岸的大海中，全长八十里，不生长草木，远离海岸，靠近北岸，北岸与大清界只相隔八十里的海面，他的东北海就属于朝鲜了。

不过，文龙占居的东江，形势虽然足以牵制大清兵，但他本人没有大的谋略，每次征战都失算，每年浪费的军饷无法计算，并且只顾征招商贾，贩卖禁，名义上在援助朝鲜，实际上是妄边，没有军事的时候就以变卖人参、布匹为职事，有战争，也很少得到过他的功用。工科给事中潘士闻弹劾文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行，尚宝卿董茂忠请求撤了文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队。兵讨论认为不行。崇焕心里对文龙不兴，曾上书请求派臣到文龙清理粮饷。文龙讨厌有文臣在边牵制，上书反驳，崇焕很不兴。等到文龙来拜访时，崇焕宾客之礼迎接他，文龙又不谦让，崇焕除掉文龙的主意更加决了。

到了这个时候，崇焕就以阅兵为名，乘船到达双岛，文龙前来会面。崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，文龙没有觉察崇焕的意思。崇焕同他商量更改营制，设立监司，文龙很不兴。崇焕用离职返乡劝说他，文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东战事，等东战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”崇焕更加不兴，就在六月五日这天邀请文龙来观看将士们箭，先在山上设了帷帐，命令参将谢尚政等安排穿铠甲的士兵埋伏在帐外。文龙来后，他手下的士兵不能帐里来。崇焕说：“我明天发，海外的事情全寄托在您上了，请受我一拜。”互相拜见之后，一起登上山来。崇焕问起他随从军官的姓名，多是姓的。文龙说：“这些人都是我的孙。”崇焕笑了，说：“你们在海外劳苦多日，每月禄米也只有那么一斛，说起来痛心呢，也请受我一拜，大家都为国家尽力。”这些人都叩谢。

崇焕就此诘问文龙几桩违令的事情，文龙了对抗的辩解。崇焕声喝斥他，让人扒下他的帽和袍带，把他捆了起来，文龙仍很倔。崇焕说：“你有十二条该斩的大罪，知吗？我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军钱粮都不接受查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在岛开设市，私自和外国人来往，五该杀。将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己了盗贼，七该杀。娶民间女，不知法纪，下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，文龙丧魂失魄，说不话来，只是叩请免他一死。崇焕召他的将来说：“文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称文龙数年劳苦的，崇焕训斥说：“文龙本是一个平民百姓罢了，官得最，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖违逆呢！”接着就磕请求皇帝的旨意说：“我今天杀文龙以整顿军纪。将领中间有和文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀文龙一样杀了我。”于是取下尚方宝剑在帐前把文龙的砍了下来。来告诉他的将士们说：“只杀文龙一个人，其他人都没有罪。”

这时候，文龙麾下凶猛悍的官兵有数万人，都怕崇焕的威风，没有一个敢动的。崇焕命人用棺材埋了文龙。第二天，用酒等祭品祭奠他说：“昨天杀你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是于同僚、友人的情。”并为他落下了泪。接着分拨文龙的士兵二万八千人为四协，任用文龙的儿承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌。又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全废除了文龙的苛政。回到镇上以后，把文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年(1624)五月。庄烈帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到文龙既已死去，当时又靠着崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。不久又传旨公开文龙的罪行，用以稳定崇焕的心；文龙埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。崇焕又上书说：“文龙一介匹夫，不守法竟至于这程度，是因为海外便于作。他的队连老带幼一起算有四万七千人，假称十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，擅自设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，这样算来是方便的。”庄烈帝回答可以。

崇焕虽然杀了文龙，怕他的下发动兵变，所以增加饷钱至十八万两银。然而岛上的兵失去主帅后，渐渐地散了心，越发不可征用了。以后直至有背叛投敌的。崇焕上书说：“东江一镇，想牵制敌人还必须借助它。今定为两协，军十营，步军五营，每年需饷银四十二万两，米十三万六千石。”庄烈帝因为兵减少粮饷增加很有情绪，因为崇焕，就特别地他的请求办了。

崇焕在辽东，和率教、大寿、可刚等确定兵制，渐渐推行到登、莱、天津，等到确定东江兵制以后，合计四镇兵共十五万三千有余，匹八万一千有余，每年耗费饷银四百八十余万两，比过去减少了一百二十万。庄烈帝很赞赏他。

文龙死后才三个月，大清兵数十万分路龙井关、大安。崇焕听说了，就督领大寿、可刚等去守卫。于十一月十日抵达蓟州，经过抚宁、永平、迁安、丰、玉田等城市，都留下队伍防守，庄烈帝听说他到了，很兴，用温和的诏书赞扬、鼓励他，颁发公款犒赏将士，并命令他统帅各路援军。不久听说率教战死，遵化、三屯营都被攻下，巡抚王元雅、总兵朱国彦自杀，大清兵越过蓟州向西去了。崇焕怕了，火速领兵关保护北京，在广渠门外扎营。庄烈帝立刻召见他，劳了他一番，向他讯问战守策略，赐他御用的品和貂裘。崇焕由于兵疲惫，请允许城中来休息，庄烈帝不同意，崇焕去与清兵大战，互有杀伤。