当时太仆寺缺少购的钱款，朝廷发布诏书表示有愿意捐款的收下，仁及成国公朱纯臣往下很多人都有所捐助。朝廷又决定停办明年元旦的朝觐仪式。宗周认为大臣捐款、停办朝觐是国家的大耻辱，庄烈帝虽然不兴，心里称赞他的忠诚，更加想重用他。仁担心他受到重用，就收买山人许瑚上书评论宗周，说他学有余，才不足。庄烈帝认为许瑚是宗周的同乡，对他的了解应该是真实的，就停止了重用宗周的想法。

这年秋天，宗周三次上书才得以请假回乡。走到天津时听说京师受到攻打，就停下来养病，十月里战事稍微平息一些，宗周就上书说：

“己巳年(1629)的事变，误国者只是袁崇焕一个人。小人借此争着发门之间的怨恨，把异己者都当成崇焕的同党来办罪，天天造言蜚语，逐渐把这些人都排挤掉了。从此以后小人用而君退了，宦官掌了权而朝臣越来越被疏远了，对文臣的惩罚一天天增多，欺君罔上的行径越来越厉害，朝政一天天败坏，边防的情况越来越恶劣。今日之祸，实际上是己巳年以来逐步酿成的。

“像张凤翼那样失职于兵的人，朝廷却让他专职负责征战，怎么能让王洽死而心服？像丁魁楚等人那样失事于边境的人，朝廷却责成他罪立功，怎么能让刘策死而心服？各兵镇过来的勤王队，争先卫的有几个人，却没听说哪个因为逗留不前受到指责，怎么能让耿如杞死而心服？现在用二州八县人民的生命换来了敌人饱而去的结局，廷臣们却一个个像无可治罪的样，又怎么能对得起韩火广、张凤翔、李华等等被贬被罢的大臣呢？我因此方知小人祸人祸国是没有止境的。

“过去唐德宗对群臣说：‘别人总讲卢杞邪，我倒很不觉得他邪。’群臣答：‘这正是卢杞所以是邪的原因。’我经常反复地思考这句话，觉得它是一切时代辨别邪的要领。所以说：‘大类似忠诚，大佞仿佛真诚。’陛下不加明察使用这样的人，就会把天下的小人都聚集起来呆在朝中，而自己还不觉得。

“至于现在刑政方面最荒谬的事，如成德只是一个傲慢的小吏，朝廷却用赃罪把他充了军，怎么能严肃惩治贪污的政令呢？申绍芳了十多年监司，朝廷却用莫须有的借把他给刺充军了，怎么能显示抑制钻营的法典呢？郑曼阝的案是因为有人诬告而受到的制裁，怎么能发扬劝人守常的教化呢？这几件事，都是因原任辅臣文震孟而引发，也还是过去驱除异己的那老一，可是廷臣没人敢来说话，陛下也无从得知这一切。唉！八年之间是谁在掌握国家政权，把事情成了这样！我无法替首辅温仁解释了。古人说：‘是谁栽下的祸，至今仍作梗害人？’我看说的就是仁。”

奏疏递上后，庄烈帝大为恼怒，仁又上书猛烈诋毁，于是宗周被罢官为民。

十四年(1641)九月，吏缺左侍郎，朝廷推荐的人不能让皇上称心如意，庄烈帝上朝后叹着气，对大臣说：“刘宗周清正敢言，可以充任。”就这样任命了他。宗周两次辞谢推不掉，才上路赴朝，路上呈了三篇答刂：一是《明圣学以端治本》，二是《躬圣学以建治要》，三是《重圣学以需教化》，共几千字。庄烈帝以气婉转的诏书回答了他。第二年八月宗周还没来，庄烈帝就提他为左都御史。宗周极力辞谢，庄烈帝传圣旨促他朝。一个月后，宗周到文华殿里参见，庄烈帝问他都察院的职掌何在，宗周回答说：“在于端正自己而端正百官。都察院长官务必使自己心中所存的一切念往上可以对得住君父，往下可以经得住天下士大夫的质问，然后百官才会取法、模仿他。使大臣守法，小臣廉洁，朝廷的规矩严肃，都是都察院长官的职责，不过严格要求巡方是其首要的事务。巡方得人，吏治就会清明，民生也就顺遂了。”庄烈帝说：“卿努力，不要让我失望。”于是宗周上书分别讲了树立德规范，端正职守法规，化典章制度，清除暗藏人，惩治官吏邪行，整顿吏治六件事，庄烈帝兴地采纳了。不久宗周弹劾御史喻上猷、严云京并且推荐袁恺、成勇，庄烈帝都听从了他。后来上猷接受李自成的重要职务，最终受到世人的唾骂。

冬季十月里，京师受到攻打。宗周请表彰为国死难的卢象升，并追究、诛杀误国臣杨嗣昌，逮捕骄横不法的大将左良玉；防守山海关以准备反攻，防守潞安府以提防敌兵偷渡，防守通州、津门、临清、德州以准备南下。庄烈帝没能完全听取他的意见。

闰十二月三十日，庄烈帝在中左门召见廷臣。当时姜土采、熊开元因为谈论国事被打皇家监狱，宗周约请九卿一同营救他们两个。朝后听说皇上下了密旨要把他们两个置于死地，宗周大吃一惊地对大家说：“今天要全动，空署争取，一定要把他们改送到刑方能罢休！”等去回答提问时，御史杨若桥推荐说西洋人汤若望通火，请求皇上加以召试。宗周说：“边臣不讲求战守、屯防的办法，专门想依靠火。近来城邑沦亡，难是没有火造成的吗？我们用火制服别人时，别人得到了也可以制服我们，没看到河间是被别人用火给打下了吗？国家大计，应当以法纪为主，大帅骄横不法，援兵逗留不前，怎么对这些反倒姑息迁就，在这里纷纷扬扬毫无益的事呢？”接着讨论督师、巡抚的去留问题，宗周请先拿掉督师范志完，并且说：“十五年来，陛下理事务不得当，导致了现在的败局，不追查祸害的起因，改弦更张，想运用一些得过且过的政治手段来弥补目前的漏，并不是长治久安的办法。”庄烈帝变了脸，问：“过去的无法追悔了，善后措施又该怎样呢？”宗周答：“在于陛下开诚布公，同天下人的好恶一致，听取国人的意见决定取舍，用贤才，开通言路，逐步与天下一再造乾坤。”庄烈帝问：“目前烽火在京郊燃烧，敌兵未退，况且国家败坏已极，应当怎么办才好？”宗周说：“加武备一定先要求练兵，练兵一定要首先选将，选将一定要首先选择贤能的督师、巡抚，选择贤能的督师、巡抚一定要首先吏、兵二用人得当。宋代大臣说过：‘文官不钱，武官不惜死，天下就会太平了。’这句话可说是对现在的讥刺。现在议论人才只看才、名望，不问守如何，没有守不检而遇事敢前、军士惧怕他的权威的理。如果只把议论畅、举动豁达当作才，那么这人为自己博取爵位、才是有余的，要求他为国家成事立功就不行了，用这人对于成败有什么裨益呢？”庄烈帝说：“国家在解救危难之际，用人不能不先看才后看守。”宗周说：“前人国家破灭，都是因为将官贪婪、放肆才造成的，所以从解救危难的目的发，用人更应该先看守后看才。”庄烈帝说：“大将别有才，不是仅仅有守就能指望他成就战功。”宗周说：“别的且不一一说，就比如说范志完守不检，手下的大将偏裨无不是因为贿赂用的，所以一经战，三军解。由此看来，看人还是要以守为主。”庄烈帝态度缓和了，说：“朕已经知了。”接着让宗周站起来。