父为纲，君臣的关系本当摆在父之前。况且古时候是各国都有君臣，大臣可以去此而适彼；现在是一统天下一君臣，大臣对自己君父的义务不可能逃天地之间。再说仁人不能抛弃父母，义士不能先己后君，这两者不能偏重其一。我四次上书极力推辞，还想着词臣中能有刘定之、罗那样的人替我抗言上书申请，让我能满足自己的心愿呢。后来等我来到京师时，听说周的人品、学术都是一代宗师呢，竟然自称不如郑曼阝。”庄烈帝说：“不错，我正打算问他呢。”接着问周说：“古人心里无所图，现在的人却各有私虑，所以孟想纠正人心，消灭邪说。古时候的邪说是另外自成一派的，现在的邪说却脆依附在圣贤的经传中，对世人心的危害更大了。我且问你，你自称不如郑曼阝，是什么歪理？”周回答说：“匡章受到举国上下的遗弃，但孟对他不失礼貌，因为他自有长。我说不如郑曼阝，也只是说我在文章上不如郑曼阝。”庄烈帝说：“章得不到父亲的心，这跟郑曼阝打母亲怎么相比。你自称比不上他，难不是和他勾结又是什么？”周说：“大家都讨厌一个人时，皇上务必要自己明察，不要随便附和。”庄烈帝又问：“新甲是怎么走邪，寻求关系踏上仕途的？另外你所说的柔媚取悦，哈腰的又是哪一个？”周回答不上来，只是说：“一个人思想不端正，那么他的一切行为都不会正确的。”庄烈帝又问：“丧当然是凶礼，难碰上凶丧的人就是凶人，都是不祥之人？”周说：“古时候大夫守丧三年，君王的命令本就不会传到他家门。他自称凶与不祥，所以举行军礼时凿开凶门走来。克制孝心来官，在疆外还是可以的，在朝中就不行。”庄烈帝问：“人既然可用，为什么要区分内外？”周说：“我们明朝自从罗议论克制孝心以来，前后有五十多人来官，多在边疆。所以嗣昌在边疆是可以的，在中央就不行了；在中央还算可以，在政府就不行了；只嗣昌一个人还可以，他又呼朋引类，简直要把朝廷搞成一个有丧不守的夺情世界了，这就更加不行了。”庄烈帝又把他盘问了好久，最后说：“少正卯当时也被称为名人，思想反动而且邪恶，行为不正而且固执，言论错误却说得是，赞同错误还要予以，记诵一些乌七八糟的知识但是十分广博，所以难以逃脱圣人的诛戮。现在很多名人也差不多是这样了。”周说：“少正卯心术不正，我心正，没有丝毫的私。”庄烈帝恼了，过了片刻，命令他去听候圣旨。周说：“我今天话不讲完，是我对不起陛下；陛下如果今天杀我，就是陛下对不起我了。”庄烈帝说：“你一生的学问，就只学会了油嘴。”喝令他退去，周叩后后退几步，又跪着说：“我敢把忠诚直言和油嘴剖析一下看。一个人在君父面前独立不阿、大胆说话如果叫作油嘴，难在君父面前谗谄面谀叫作忠诚？忠诚直言与油嘴不能分辨，正直与邪妄混不清，怎么能实现太平？”庄烈帝说：“是呀，但也不是朕随便用油嘴来批评你。我提的是这个问题，你回答的是另外的事情，这还不是油嘴是什么？”又一次喝令他退去，然后回看着嗣昌，叹：“现在人心轻薄是多么严重啊！周肆无忌惮，他能不自认为正直吗？”于是把文武群臣都召来聆听了一番教导，然后退朝了。

这个时候，庄烈帝忧心军事，认为可以托大事的只有嗣昌这么一个人，所以破格选用了他。周泥守经典，违背了庄烈帝的意思，等召见他问话时，他又不退让，庄烈帝十分恼火，想对他实行严惩，害怕他名声太大，影响不好，所以没敢决定下来。这个时候刘同升、赵士也因为弹劾嗣昌，朝廷决定给予严惩，但吏给予周的贬却很轻。嗣昌担心给周的分轻了，弹劾自己的人就会没完没了，所以急收买人弹劾周。刑主事张若麒打算调兵，就迎合嗣昌的意思上书说：“我听说人主的尊贵，尊贵到独一无二的地步；人臣不应自居尊大，自居尊大就该杀。现在黄周和他的同伙造谣言，贬损皇上的德行，把古往今来不曾有过的好话都加在周上，那么一切不好的就都可以归过于君父了。朝廷如果不颁布前些时召大臣问话的整个经过，让天下人知，那么背公死党的家伙们就会传去，迷惑各地吏民，私自写来让后代人犯疑，掩没圣天纠正人心，消灭异端邪说的真实意图。这样影响就很不好。”庄烈帝于是就给廷臣们传了一篇指示，要大家不要接受周的挟持，与他相互勾结，共有几百字。把周贬官六级，让他去当江西察司的照磨。若麒果然如愿，调到了兵。

很长时间以后，江西巡抚解学龙推荐自己手下的官吏，对周称颂备至。惯例，这奏疏只有关门看取，庄烈帝也不再批阅。可是大学士魏照乘极其讨厌周，就起草诏令批评学龙胡推荐。庄烈帝于是发了火，立即把他俩剥夺官籍，逮刑的监狱里，批评他们勾结成，破坏政治，都打了八十大杖，追究他们的党羽。狱词中牵连到编修黄文焕、吏主事陈天定、工司务董养河、中书舍人文震亨，这四个人也被关监狱。主事叶廷秀、监生涂仲吉营救他们，也被关了监狱。尚书李觉斯量刑很轻，庄烈帝严厉批评了他，又改判为到烟瘴地面充军，庄烈帝还是认为量刑太宽，把觉斯给除了名，把周移镇抚司加以拷问，然后才送回刑狱。过了年后，尚书刘泽等说：“学龙、周两个人的罪判他们永久充军也就够了，再往上只有死刑。死刑的大臣不是因为丢失领土就是贪婪、凶狠，没有哪个人因为提意见被死的。周没有丢失领土或贪婪、凶狠的罪名，而有提意见被杀掉的名誉，如果死刑让周碰上就不是我们的圣主所有的载天覆地的肚量了。陛下所怀疑的只不过是帮派。但拉帮结派，表现在行动上。周抗言上书，只借文字讲空话，有那么一两个要好的朋友也都跟着罢免了，所谓的帮派在哪里，用得着动用朝廷的刑法？况且陛下怎么会积恨于周呢？万一日后您回心转意了，可是我的死刑判决已成事实，那时后悔也没用了。”所以仍旧请照原判结案。周于是被判为永久充军广西。

十五年(1642)八月，周充军已有一个年了。一天，庄烈帝召五位辅臣文华后殿，手拿一册书随便问：“张溥、张采是怎么样的人？”大家都回答说：“是读书好学的人。”庄烈帝说：“张溥已经死了，张采只是一个小官，科官为什么心称赞他？”大家回答说：“他中装有不少书，科官因为对他的使用不到，所以惋惜他。”庄烈帝说：“他为人也不免有些偏激。”当时延儒在嗣昌死后又一次了内阁，要参考大家的意见为周活动，就回答说：“张溥、黄周都不免有些偏激，只是因为他们擅长学问，所以人人都惋惜他们。”庄烈帝没有声。蒋德瞡说：“周过去被判充军，皇上的恩德已很宽大了，只是他家里穷，孩还小，实际情况让人怜悯。”庄烈帝再微笑。陈演说：“周这个人对父母也极孝顺。”吴生生说：“周学无不通，并且为人很清苦。”庄烈帝不答话，只是微笑而已。第二天就传圣旨恢复周原来的官职。周在路途上上书谢恩，称赞了学龙、廷秀的贤德。回到京师后，庄烈帝召见了他，周见到庄烈帝就下了泪，说：“我想不到现在还能再见到陛下，只是我本来就在生病。”向庄烈帝请假，得到了批准。

过了很久，福王监国，用周为吏左侍郎。周不想任，士英劝说：“人望在你上，你不来，想跟着史可法拥立潞王吗？”周于是迫不得已朝中，上了九篇取北方的策论，朝廷册封他为礼尚书，让他协理詹事府的事务。只是当时朝政一天天坏了下去，大臣相继离开南都，有见识的人都知福王即将灭亡了。第二年三月，福王派周去祭告大禹陵，发前，周又递上一篇取策，当时没有被采纳。周刚办完事，南都亡失了，他到衢州去拜见唐王朱聿键，上表劝，唐王让周当武英殿大学士。周的学问、品行都很，唐王特别尊敬他，曾经赐宴给他。郑芝龙封为侯爵，位置在周之上，大家主张压一压芝龙，文武大臣由此不和睦了。有个学生上书攻击周迂腐，不能担任辅臣，唐王知是自芝龙的意思，故意把这个学生督学御史打了一顿。

在这个时候，国势已衰，朝廷大权掌握在郑氏手中，这位大帅仗着唐王的恩赐，观望不前，不愿意关召募士兵。周于是自请到江西去谋划收复失地。当年七月他发，所到之得到周围地区的响应，募到义旅九千多人，从广信开衢州。十二月抵婺源，遇到大清队，战败后被俘，被带到江宁，单独关在一个房间里，穿着囚服写书。将要死他时，周行经东华门，坐在地上不起来，说：“这里离皇帝的陵墓比较近，可死在这里。”监刑的同意了他。周幕下的谋士中书赖雍、蔡绍谨，兵主事赵士超等都死了。