率曹变蛟等关协助攻击。要求在三个月之内平各大盗。巡抚不听命令，立即解除他的兵权，选择一名监司代替他。总兵不听调遣，立即剥夺他的帅印，选择一名副将代替他。监司、副将以下，全用尚方宝剑自行置。那么人人都会尽力，有什么盗贼不能平定的。”于是限定今年十二月到明年二月为消灭盗贼的期限，皇帝同意他的报告。

这时，农民军大批四川，朝臣们指责洪承畴放纵盗贼。杨嗣昌于是对皇帝说：“熊文灿上任只有三个月，洪承畴有七年还不见成效。议论的人对熊文灿的过失急于纠正，可是对于洪承畴放纵敌人却没有人说话。”皇帝知杨嗣昌有意袒护他，发脾气说：“总督、总理二臣只能责备他们及时平定盗贼，怎么能拿时间的长短作为借！”杨嗣昌于是不敢说话。熊文灿既然主张招抚，追加的粮饷由皇帝派一名侍郎监督，本来是用来剿抚农民军的，熊文灿全将它用于招抚，皇帝既然不再斥责他，廷臣也就没有人提这件事。

到第二年二月，杨嗣昌因为消灭农民军的期限已过，上疏承担过错，推荐别人代替自己。皇帝不答应，命令检查行动，以查明功罪。于是上疏说：“洪承畴专门对付陕西盗贼。盗贼在陕西、四川之间往来自如，剿灭、招抚都没有功劳，不能免除他的罪责。熊文灿同时对付江北、河南、湖广的盗，招抚刘国能、张献忠，在舞、光山打仗，剿灭、招抚都有功绩，应该免于分。各巡抚之中，河南常立、湖广余应桂有功绩，陕西孙传、山西宋贤、山东颜继祖、保定张其平、江南张国维、江西解学龙、浙江喻思恂有功劳，郧东。。无功也无过，凤朱大典、安庆史可法应该鞭策鼓励他们立功。总兵里面，河南左良玉有功，陕西曹变蛟、左光先没有功，山西虎大威、山东倪、江北牟文绶、保定钱中选有劳无功，河南张任学、宁夏祖大弼没有功也没有过。洪承畴应该逮捕，因为军民他，请求削去他保、尚书的官职，以侍郎的份执行任务。曹变蛟、左光先降五级官，跟祖大弼一起以五个月为期，限定他们平定盗贼，超过期限连同洪承畴一起逮捕法办。朱大典降三级官，史可法罪立功。”建议提上去后，皇帝全都同意了。

杨嗣昌既然自始至终袒护熊文灿。而熊文灿实际上并不懂军事。招降刘国能、张献忠之后，认为招抚一定可行。杨嗣昌也私下里持这样，凡是有所请求没有不曲意顺从的，从此以后不再说“十面张网”的计策了。这个月，皇帝听完讲经后，杨嗣昌的奏对有“善战服上刑”的话。皇帝很不兴，责问他说：“当今天下统一，不是战国时各国战的局势所能相比，对于这些梁小丑，不能运用大司制裁诸侯违犯王命行为的九办法，你怎么说这样的话来？”杨嗣昌很惭愧。

正在这个时候，农民军的势力已经日益昌盛，朝廷又有东顾之忧，杨嗣昌又暗中主张互相易的计策。恰好月亮遮住了火星，皇帝减少饮修反省，杨嗣昌就一一援引汉代永平年间、唐代元和年间、宋代太平兴国年间的事例，作为互相易的例证。给事中何楷上疏反驳他，给事中钱增、御史林兰友相继列举事例辩论，皇帝不过问。

六月改任礼尚书兼东阁大学士，参予机要事务，仍然掌兵的事情。杨嗣昌已在没服完丧期情况下政府，又将正在服丧的陈新甲起用为总督。于是何楷、林兰友及少詹事黄周上疏诋毁驳斥他，修撰刘同升、编修赵士跟着上疏。皇帝发怒，将他们降职三级，留任翰林。刑主事张若麒上疏羞辱诋毁黄周，于是降黄周六级官，连同刘同升、赵士一起都发到外地。不久南京御史成勇、兵尚书范景文等人说他的坏话，也都被谴责。杨嗣昌从此更加有恃无恐，不再理会别人对他的指责。

我大清兵墙岭、青山，蓟、辽、保定总督吴阿衡正好喝醉了，不能指挥作战，失败阵亡。北京城戒严，召卢象升率领队回来保卫京城。卢象升主张作战，杨嗣昌和监督宦官起潜主张和议，意见不合，关系十分张。编修杨廷麟弹劾杨嗣昌误国。杨嗣昌很恼怒，改派杨廷麟为职方主事以监督卢象升的军队，而告诫各将领不要轻易战。各将本来就胆怯，都以此为借拥兵观望，驻守的列城都被攻破。杨嗣昌据军中的报告，请求传旨授给方法谋略。等到圣旨传到军中，形势已发生了变化，仍计划行事，一切都与实际不符，边疆的形势更加危急了。卢象升阵亡后，杨嗣昌也被降了三级官，让他罪主持战事。

崇祯十二年(1639)正月，济南失陷，德王被活捉，骑兵先队直抵兖州。二月，大清兵胜利返回北方，给事中李希沆说：“皇上登位以来，北方军队三次京城。己巳的罪过没有得到纠正，所以有丙的罪过。丙的罪过没有纠正，以致有今日。”言语涉及到杨嗣昌。御史王志举也揭发杨嗣昌误国的四大罪状，请求照丁汝夔、袁崇焕的先例办理。皇帝发怒，李希沆贬职，王志举被剥夺官职。当初，皇帝认为杨嗣昌有才就任用他，不是廷臣的意思。知廷臣必然有话说，议论他的人都被排斥。杨嗣昌既然有罪，而皇帝又多次驱逐言官，朝廷内外更加愤愤不平。杨嗣昌自己也到不安，多次上疏承担罪责，于是撤销职务冠带，理事情。没有多久，因为追叙功绩又官复原职。