刘应坤等人携带十万两国库银犒赏官兵，而赐给孙承宗坐蟒、膝。。，另佐以金币。

这个时候，魏忠贤更加擅权，因为孙承宗功劳，想拉拢他，叫刘应坤等人表明自己的意图。孙承宗不跟他说一句话，魏忠贤因此极恨他。正好魏忠贤驱逐杨涟、赵南星、攀龙等人，孙承宗刚巡视蓟镇、昌平，想到上疏皇帝未必亲自过目，过去在讲席时，每次当面上奏都有效果，孙承宗于是请求以祝贺皇帝寿辰为由，朝廷当面向皇帝报告机务事宜，想利用这个机会陈述魏忠贤的罪行。魏广微听到这消息，飞快报告魏忠贤：“孙承宗拥兵数万人将要清除皇帝边的人。兵侍郎李华作为内应，您立刻就有粉碎骨的危险了。”魏忠贤非常害怕，围绕着皇帝的床哭，皇帝被动了，命令内阁草拟圣旨，次辅顾秉谦举笔写：“没有皇帝的圣旨离开驻防之地，不是祖宗的法令，违抗的人绝不宽恕。”连夜打开禁大门召见兵尚书，下三命令派快骑兵制止他。又假传圣旨告示防守九门的宦官，孙承宗如果到齐化门，将他捆绑送。孙承宗到达通州，听到命令就返回了。魏忠贤派人侦察，发现车中放着一床用包裹包着的被，后面只有鹿继善一辆车而已，这才稍微减少了怀疑。而魏忠贤的党徒李蕃、崔呈秀、徐大化接连上疏诋毁孙承宗，竟把他比作王敦、李怀光。孙承宗于是闭门谢客，请求辞职。

天启五年(1625)四月，给事中郭兴治请求朝廷讨论孙承宗的去留，议论冒领军饷的又接踵而至，于是给朝臣讨论。吏尚书崔景荣持留用他，于是下诏挽留勉励，而以简将官、淘汰士兵、清理粮饷三件事责令孙承宗的汇报，孙承宗正在派遣各将分别驻守锦州、大小凌河、松、杏、右屯各要害地区，开拓土地又有二百里，罢免大将王世钦、尤世禄，副将李秉诚、孙谏，裁军一万七千多人，节省开支六十八万两。而言官仍在不停地议论世龙。到了九月，才有柳河战役的失败，死亡四百多人，详情参见《世龙传》。于是台省弹劾世龙，并提到孙承宗。送上的有数十奏疏。孙承宗请求辞职更加决，十月才得到批准。先前已多次加封为左国、少师、太太师、中极殿大学士，于是又特别加封光禄大夫，荫庇他的儿为中书舍人，赐给他蟒服、银币，在行人的保护下回家。而用兵尚书第代替他经略。不久，喻安也被罢免，于是废除巡抚不再设立。

当初，第极力压制孙承宗，请求撤除关外兵来防守关内。孙承宗反驳他，第很不满意。第二年，宁远被包围，于是上疏说山海关关门只有五万士兵，谈论这事的人更加以为是孙承宗的罪过。孙承宗向报告说：“第刚到山海关时，曾发给十一万七千人的粮饷，现在只发给五万人粮饷就足够了。”第果真因为说话荒谬而被定罪。后来魏忠贤派他的党羽梁梦环巡视山海关，想罗织孙承宗的罪名，没有得到什么就停止了。孙承宗在山海关四年，前后修复九座大城、四十五个城堡、练兵十一万，建立战车营十一个、兵营五个、大炮营二个、前锋后劲营八个，制造甲胄、械、弓箭、炮石、渠答、卤盾等械一共有数百万之多，开拓土地四百里，开辟屯田五千顷，每年收十五万两银。后追叙宁远战役的功绩，荫封儿锦衣世袭千。

庄烈帝即位，王在晋朝廷担任兵尚书，对孙承宗痛恨不已，持说世龙和茅元仪迷惑中枢机构，败坏了边关事，又唆使谏官等诋毁孙承宗，来阻止他来官。崇祯二年(1629)十月，大清兵大安，攻取遵化，将迫近北京城。朝臣争相请求召回孙承宗。下诏以原官职兼兵尚书防守通州，仍旧朝廷朝见皇帝。孙承宗到任，皇帝在平台召见他。劳完毕后，皇帝问他方法谋略。孙承宗报告说：“臣听说袁崇焕驻守蓟州，满桂驻守顺义，侯世禄驻守三河，这是很正确的。又听说尤世威回到昌平，尤世禄驻守通州，似乎不大好。”皇帝问：“卿想防守三河，是什么意图？”孙承宗回答说：“守住三河可以阻止敌人向西逃跑，遏止敌人南下。”皇帝认为很好，说：“你打算怎样为朕保卫京师？”孙承宗说：“当此危难之际，守城的人苦于饥饿和寒冷，不是万全之策，请求皇上整顿守城械，加倍犒劳士兵，以安定人心。”他所的计谋都很合皇帝的心意。皇帝说：“卿不必前往通州，就为朕总督京城内外的军事事务，仍旧参与军事策划。”促首辅韩火广草拟诏书下发给有关门铸造边防。孙承宗来时，记时的漏刻已经二十下了，立即检阅环卫都城队，五更时才结束，又都城检阅外城。第二天半夜，忽然传旨孙承宗防守通州。这时战争的烽火已传遍京师近郊，孙承宗率二十七名骑兵从东便门发，中途逃亡了三人，快加鞭直抵通州，守城门的人几乎不让他们城。城之后，跟保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋一起登上城墙加防守。而大清兵已迫近都城，于是急忙派遣游击尤岱率步骑三千人前往增援。片刻之后又派副将刘国统帅二千士兵与尤岱汇合，而派遣密云兵三千人驻守东直门，保定兵五千人驻守广宁门。这期间派遣将领收复兰、三屯二座城邑。