坐蟒，内阁大臣一直把他送到崇文门外。到达山海关后，孙承宗命令总兵江应诏制定规章制度，佥事袁崇焕建造兵营房舍，旧将李秉诚练火，赞画鹿继善、王则古治理军备，沈翭、杜应芳修理兵，司务孙元化兴筑炮台，中书舍人宋献、羽林经历程主持购买匹，广宁佥事万有孚主持采购木材。而派游击祖大寿在觉华岛辅助金冠，副将孙谏在前屯帮助赵率教，游击鲁之甲拯救难民，副将李承先练骑兵，参将杨应乾招募辽人当兵。

这个时候，山海关的士兵名义有七万人，但是没有纪律，冒领军饷的很多。孙承宗大规模清查，淘汰逃将几百人，遣返河南、真定疲乏的士兵一万多人，将鲁之甲拯救的七千名难民派往前屯当兵。杨应乾召募的辽兵派去戍守宁远，和朝鲜商议派兵声援。在东江犒劳文龙，命令他收复四卫。发布檄文让登州统帅沈有容前往占领广鹿岛。想以防的名义亲自前往登、莱商量军收复失地，而朝中的意思是先用兵辽东，所以不允许。江应诏被弹劾，孙承宗请求任用世龙代替他，以尤世禄、王世钦为南、北统帅，听从世龙的指挥，还为世龙请求尚方宝剑，皇帝都同意了。世龙接受任命后，孙承宗为他筑台，恭敬地实行授权礼仪。赵率教已在前屯驻守，将哈喇慎各全赶走，办公的大本营还在八里铺。王象乾建议设立关，在关内镇守，孙承宗不同意，于是将大本营定在台堡。

这时，大清兵放弃广宁离去，辽东的民城居住。汉的队把这消息报告了万有孚，万有孚计划挟持西人乘机歼灭他们，假充收复失地的功劳。孙承宗发布檄文说：“西杀死我军的，照盟约所说的讨伐他。”这一仗，保全活一千多人。皇帝喜好考察边防情况，这时命令东厂派人到门前，报告这事情的全情况，称为“澄清事实”等到魏忠贤专权，派他的党羽刘朝、胡良辅、纪用等四十五人携带内库的神炮、甲仗、弓箭之类武数万件到达山海关前，资助军队使用，又拿白金十万两，蟒、麒麟、狮、虎、豹等各图案的钱币赏赐给官兵，赐给孙承宗蟒服、白金劳他，实际上是来侦察军队的情况。孙承宗正好关巡视宁远，半路上听说了，立即上疏说：“宦官观察队，自古以来都是被戒除的。”皇帝下旨答复他。使者到来后，聊一杯清茶而已。

阎鸣泰任巡抚，是孙承宗举荐的，后来知他没有实际才，有关军事事情经常不跟他商量。阎鸣泰很不兴，请求辞职，孙承宗也称病。言官们都挽留孙承宗，诋毁阎鸣泰，巡关御史潘云翼再上疏弹劾他，皇帝于是罢免阎鸣泰，而用张凤翼代替他。张凤翼胆小，又主张防守山海关。孙承宗不兴，于是再次关巡视。抵达宁远，召集将官讨论防守情况，很多人都赞同张凤翼的意见，唯独只有世龙请求守卫中后所，而袁崇焕、鹿继善及副将茅元仪极力请求防守宁远，孙承宗认为应该如此，意见才确定下来。命令祖大寿兴修工事，袁崇焕、满桂防守。在这之前，虎偷偷跑来抢劫，赵率教逮捕杀死四人。王象乾想杀赵率教报答虎，孙承宗不同意。而孙承宗派遣的王楹驻守中右，保护士兵外采集木材，被西朗素杀害了。孙承宗愤怒了，派世龙去围剿。王象乾担心破坏安抚的局面，命令朗素捆绑逃亡的平民充当杀死王楹的人献来，又增加赏金一千两。孙承宗正准备上疏争论，而王象乾因为父母的丧礼离职了。

孙承宗担心掌钱款的人阻挠自己的权力，说督师、总督可以不兼设，请求罢免自己，如果不行，就不推举总督。并且请求把辽东巡抚移到宁远驻扎。皇帝命令停止总督推荐。而张凤翼认为是把自己放到死亡地带，因而十分怀恨孙承宗。跟他的同乡潘云翼、万有孚等人极力诽谤世龙，来动摇孙承宗。不久，万有孚被蓟州巡抚岳和声弹劾，更加怀疑是袁崇焕和世龙设下的陷阱。于是一起造谣，阻挠关的计划。给事中解学龙于是极力议论世龙的罪行。孙承宗很气愤，上疏陈述防守御敌的对策，说：“在国门之内抵抗敌人，跟在国门之外抵抗敌人，情况是有区别的。我军将敌人赶到二百里之外，跟敌人赶我军到二百里之内，情况又是有区别的。广宁，离我军远而距敌人近，宁远，离我军近而距敌人远。我军不向前敌人，敌人将会向前迫我军。现在既然不能收复辽东，而宁远、觉华岛终不能够放弃。请求皇帝下诏让朝臣讨论以下问题：军队是否能够长期驻守，粮饷是否能够长期输送，关外的土地人民是否可以抛弃，筑城屯田战争防守是否可以建立，再考察敌人的情况是否果真不击坐守等待就能够消灭，我不敢百年大计的长远考虑，只考虑到五年之内究竟会现什么情况。倘若我的话不恰当，立即罢免卑职以确定国家大计，不要老是犹豫不决，让那些贪生怕死、保全自己家人的臣附合众人之，用杀死我一人来耽误了国家大事。”又为世龙辩解，揭发万有孚等人相互勾结的情形。

万有孚，是原侍郎万世德的儿，担任广宁理饷同知。广宁失陷后逃回家，王象乾命名为广宁佥事，专门安抚汉，大量侵吞财。到这时因为孙承宗的言论被罢免。张凤翼也因为父母的丧事回家，喻安代替他。而朝臣认为总督不能裁并，命令吴用先总督蓟、辽，代替王象乾。孙承宗讨厌本兵赵彦多从朝中制约，称病请求辞职，推举赵彦代替他让赵彦下不了台，朝廷认为不可以。

这时宁远城工程竣工，关外一切防守工作都已齐备。孙承宗图谋大的军事行动，上奏说：“先队已抵达连山、大凌河，尽快给我二十四万两军饷，就可以立即取得军事胜利。”皇帝命令有关门满足他的要求。兵和工相互商量说：“军饷给足了，他就可以胡作非为，不如答应他但不给他，文件来回往来就把这事拖延迟缓了。”孙承宗再次上疏促，把实情报告给皇帝，皇帝为此整顿各官员，而队最终还是没有发。