关系已经确定，还有什么怀疑的？”叶向于是上疏歉，说：“皇父的时候，皇太的名位虽然还没有确立，但是讲读不停止，皇帝父之间的情意是相通的。现在东停止讲学已有八年了，况且长时间不能和皇上见面，而福王一天两次和皇上见面，所以不能没有怀疑，只有决遵守明年天返国的日期，不要拿庄田作为借，人民的怀疑就会得到澄清。”皇帝回答福王没有一天两次见面的事实。

叶向有裁决判断能力，善于理大事。锦衣百王曰乾是京师的人，跟孔学、赵宗舜、赵思圣等人相互攻击告发，刑官还没有来得及审判定罪，王曰乾就皇城放炮上疏。刑官大为震惊，将要拟定王曰乾的死罪。王曰乾于是上疏攻击郑贵妃的内侍姜严山跟孔学以及妖邪的王三诏用巫术诅咒皇太后、皇太死，拥立福王。皇帝到震惊和愤怒，绕着殿走了半天，说：“这大事变，宰相为什么不说话？”内侍立即跪着呈上叶向的奏疏。奏疏说：“这事跟往年的妖书有些类似，然而妖书是匿名的，难以查询，现在原告、被告都在，一经审讯就可以得实情。陛下应当以不变应万变，皇上若稍有惊慌，那么朝廷内外就会大。至于他的言词牵连到贵妃、福王，实在是叫人痛恨之极。我跟九卿的意见是一样的，冒昧地向皇上报告。”皇帝读完后叹息说：“我父兄弟的名誉能够保全了。”第二天，叶向又说：“王曰乾的奏疏不应该下发。如果发表去，对上会惊动圣母，对下会惊动太，贵妃、福王都会到不安。应该扣留在禁中，而另外传令司法门，追究各人的罪责，并且赶快确定明年天福王回国的日期，来平息众人的议论，如果这样，那么天下就会安然无事了。”皇帝完全采纳他的意见，太、福王得以相安无事。贵妃最终不想让福王回他的封国，说明年冬天太后七十大寿，福王应留在京城庆贺。皇帝命令内阁宣布诏书。叶向扣留皇上的诏书不宣读，请求今年冬天提前为太后举行寿礼，而让福王如期回封国。皇帝派太监到叶向的私人住，一定要他宣布诏书。叶向说：“外廷纷纷传言皇上想利用贺寿的名义挽留福王，邀请一千多人跪在门前请求。现在宣读这诏书，人心更加怀疑、吃惊，将要相信王曰乾的妖言，朝廷一定不会安宁。圣母听到了，也一定不会快乐的。况且潞王也是圣母的，也居在外地，为什么只对福王那么恋呢？”于是归还了皇帝那诏书。皇帝不得已听从了他，福王这才回到封国。

叶向曾上疏说：“当今天下酿成危害动的源，大概有几，但还不包括天灾人祸、寇匪盗、怪人妖。朝廷人才匮乏，是第一。君臣之间闭隔，是第二。官员们好胜喜争斗，是第三。多多的贮藏，大量的积累，必有狂悖的事端现，是第四。德风气一天比一天败坏，没有办法挽救，是第五。假若陛下不奋然振作，选用一些老成持重的大臣，充实朝廷官署，将多年来废弛的政事一举革新的话，我担心国家的危亡，不在于外敌的侵略，而就在于朝廷内啊。”言词十分痛切。皇帝心知他的忠诚却不能实行它。

当初，叶向内阁。不久，陈奏选用人才、治理财政的计策，极力请求填补空缺的官职，罢免矿税。发现皇帝不能依从他，于是陈奏君臣之间关系张的弊病。两次上疏乞求辞职，皇帝不答应。叶向自从成为唯一的宰相，就请求增加阁臣，皇帝不听。等到吏尚书孙丕扬因为举荐贤能不被任用而请求离职，叶向特地上疏请求留用他，皇帝也不答复，叶向于是称病不。皇帝多次下诏，于是来理事务。不久，又说：“我多次请求辞职，都承皇上恩典挽留。皇帝不应当只关心我一个人的去留，而应当更关心国家的治。当今国家到都是灾荒死亡，畿辅、中原、齐、鲁的民满了路，加上内外空虚，人才都没有任用。罪责不在别人上，我怎能不辞职。况且陛下任用我，就应当实行我的建议。现在奏章不下发，大官不补任，选举任免制度得不到实行，我微薄的忠诚不能报答皇上，即使留任又有什么益。皇上果真能采纳我的意见，而不只是让我徒占虚位，我的生命即使像朝那样消失得快，我也三生有幸。”皇帝还不觉醒。京师发大，全国很多地方报告旱灾害。叶向又说：“从阁臣到九卿台省，官府衙门都空无其人，南京九卿也只有二人。国家的方面大吏，从去年秋天到现在，还不曾任用一个人。陛下什么事情都不，国家长此下去，我担心一旦发生变故，将不可收拾啊。”皇帝还是不觉醒。

万历四十年(1612)天，叶向以为历代帝王中，在位达四十年以上，从三代以来直到当时只有十人，规劝皇帝大力推行新政。于是又请求皇帝选用人才。皇帝也不答复。叶向的意图得不到实行，没有一个月不要求辞职的。皇帝每次都降旨勉励挽留他。叶向又说：“我的去留可以置之不理，但百官一定不能都让位空着，台谏一定不能都废除了，各方的巡抚一定不能不让人代替。朝廷内外离心，城之内怨声载，祸害无法预测，而陛下一定要与臣属隔绝，幕僚不能尽忠效力，六的官员不能各负其责，整个国家没有一个可以信任的人，而自以为有神机妙算，我恐怕自古以来圣明的帝王没有用这方法治理国家的。”

在这之前，叶向得病了，内阁中没有人，在叶向家中草拟奏章诏书达一月之久。到了现在，叶向卧床的时间更长，仍像先前一样在家中拟旨。有人认为这不成统，叶向也自以为不妥当，决乞求辞职。皇帝最终不任命其他人为宰相，派遣鸿胪官去安挽留他。到皇帝万寿节时，才开始来事。在这之后，叶向主持癸丑的会试，奏章都被送到考场上，真是一件奇怪的事情。皇帝考选了科官员七十多人，任命长时间不下达。叶向几十次上疏恳切请求。过了两年才下达。言官增多之后，攻击也就纷纷现。皇上心里讨厌它，奏章全都被扣留而不下发。叶向请求把他们给有关门，确定他们的去留。于是说：“大臣是小臣的纲领。当今六卿只有赵焕一人，而都御史十年没有补充新人，没有人来弹劾监督，人心怎么能安定呢？”皇帝只是责备言官胡说，而大官却一直不去补充，叶向请求增加阁臣，奏章达一百多份。皇帝才任用了方从哲、吴南。叶向上疏称谢，于是请求辞职，皇帝下诏不答应。

万历四十二年(1614)二月，皇太后驾崩。三月，福王回封国。叶向乞求离职更加频繁，奏章写了十几。到了八月，皇帝同意他离职。叶向因为三年考绩，提升为太太保、文渊阁大学士；记录延绥的战功，加封少保兼太太保，改任尚书，武英殿；一品官三年期满，加封少傅兼太太傅，改任吏尚书，建极殿。到这时，皇帝下令加封少师兼太太师，赏赐白金百两，彩帛四件，表里大红坐蟒一件，派遣行人护送他回家。