为山西巡抚。

回到京城，恰好朝廷大臣正在争论立储君的事。陈登云认为朝议迟迟不能决定，是贵妃家人暗中捣鬼。万历十六年(1588)六月因发生灾害上疏弹劾贵妃父亲郑承宪，说：“郑承宪包藏祸心，觊觎储君。天天与宦官往来，商量对策，而且广泛结山人、术士、士、和尚之。当初陛下重惩科场冒名替之人，郑承宪的妻每每扬言事情是自己揭发的，用来恐吓勋贵，以巧言惑动朝廷人士。不但惠安遭到他们算计，即使中与太后家也谨慎避开他们的锋芒。陛下统治国家已很久了，这是惠政的结果，而郑承宪每次对人说，认为是不立太的结果。扰盛典，蓄谋已久，以后有什么事他不来呢？如果不振奋朝纲，以大义决断，否则即使日日不上朝不奏乐，穿白衣，停止刑罚，恐怕皇天也不答应，天变是不可抗拒的。”疏上，贵妃、郑承宪都发了脾气，同仁也以为陈登云危险，但皇上把奏疏留下了。

很久以后，他又上疏弹劾吏尚书陆光祖、四川提学副使冯时可、应天巡抚李涞、顺天巡抚王致祥、礼侍郎韩世能、尚书罗万化、南京太仆卿徐用检。朝廷的大官都很怕他。当时，正好考选科，陈登云因而上疏说：“近来御史官，壬午以前害怕威，刚正的变温柔了；壬午以后拘于情面，正直的变为谄媚。其间难没有刚正的人吗，但不胜被攻击倾轧，没有安的地方。二十年来，以正直提升为京官的只有一、二个人。背着皇上，培植党羽，摇尾乞怜，像所谓‘七豺’、‘八狗’，御史占了一半。台谏是为天下主持是非的，而使人践踏到这地步，怎能希望他不顾情面，正直地理事情，为国除掉人、消灭败类呢！与其因误用而贬退，不如谨慎地考察人选。”因而条陈数件事献给皇上。

任河南巡。那年发生大饥荒，人相互吞。副使崔应麟看见百姓吃湖中的雁屎，便包来给陈登云看，陈登云便送到朝廷。皇上立即派遣寺丞钟化民分发库银赈恤百姓。陈登云三次巡视地方，执政严厉，规定应当提升为京官，屡次被中扣住不下发，于是他称病归家。不久之后就死了。

罗大纮，字公廓，吉人。万历十四年(1586)士，授职行人。十九年八月升礼科给事中。刚上任，就奏上《定制书》数千言。不久，又劝皇上上朝应勤，言语恳切、正直。

先前皇上有诏书说万历二十年(1592)天册立太。这时，工主事张有德请求预备、仪式。皇上发怒，命令停发他的俸禄三个月，延缓册立太一事。尚书曾同亨请求前面的诏书行事，违反圣旨，遭到严厉指责。罗大 纮又重申张有德的意见，也被停发三个月的俸禄。大学士许国、王家屏接连署上阁臣的名字，请求皇上收回新的命令，接纳大臣的请求，皇上更不兴。首辅申时行正在休假，听到皇帝发了脾气，于是上密疏对皇上说：“我虽然名字列在奏疏上，但实在不知。”皇上很兴，下诏书赞扬了他，并且把奏疏与诏书都发给礼科。过去，阁臣的密奏没有发给礼科的。申时行既惭愧又害怕。与礼科都给事中胡汝宁商量，派人把密奏取回来。当时唯有罗大 纮守在礼科，派的那人用欺骗的手段把密奏拿走了。等到罗大纮去要的时候，申时行不给了。罗大纮上疏说：“臣奉守职责没有成绩，只是小心地待罪从事。独独顾念申时行受国家的重托，哪知他心存二心，包藏祸心，误了国家大事，卖朋友，其罪过非语言所能说够。申时行虽在休假，但凡是翰林升迁的奏章都把他的名字列在首位，为何独对储君一事这样避讳呢。纵使陛下震惊生气，对许国等施加不可测度的威严，申时行也应当与他分担过错。更何况陛下并未发怒，他就堵言路，动摇国家本，苟且献上他摇尾乞怜的权术，而阻击皇上悔悟的萌发。这是我特别恨他的地方。假使许国的请求得到同意，即将举行庆典、蒙受皇恩，申时行也会推辞吗？都是因为他于私心，怕有所牵连，所以表面上依附朝廷大臣提请立太的意见，暗中却推迟此事，作为自己结廷的计谋，假使请求得到批准，则可以居首功；不批准，则可另称为志趣各异。他耍这样的手段想愚一世，想不到今天却暴了。”奏疏上后，皇上震惊，命令将罗大 纮贬到边疆去任杂职。不久，因为六科钟羽正等上疏申救，将罗大纮贬为平民，钟羽正等人的俸禄被停发。中书舍人黄正宾又上疏极力诋毁申时行，皇帝发了脾气，将他下狱拷问，贬为平民。申时行也到不安，没有多久，竟然自动称病离去。