与廷和等人在北京坐镇。在此之前，王琼任用王守仁巡抚南、赣，放权让他见机行事，提督军务。等宸濠造起反来，地方上报朝廷知后，满朝大臣心里惴惴不安。王琼说“：大家不用担心，我任用王伯安到赣州去，正是为了现在这件事，反贼上就会拿下的。”没过多少天，事情果然像他所说的那样。

王琼很有才能，并善于结权贵。他恭敬地侍奉钱宁、江彬等人，由此得到施展才的机会，他递上去给皇上的建议、请求一经提就能得到批准，他能在兵多次立功，也是借了江彬等人的力量。陆完倒台后，他取代陆完了吏尚书。王琼忌妒彭泽平定贼，名望超过了自己，就勾结钱宁，用重罪中伤彭泽。又把云南巡抚范镛、甘肃巡抚李昆、副使陈九畴诬陷下狱，一时间朝廷内外官员大多害怕王琼。而大学士廷和也因为王琼所行赏罚大多得到武宗发自内的批复诏书，不经过内阁，所以无能为力。第二年，世宗继了位，谏官前后不停地揭发王琼，他被关了都察院的监狱。王琼于是竭力攻击廷和，世宗这下更认为他不正直，就由大臣们议论，结果以犯结皇上左右侍卫的律令应判死刑，改为让他充军庄狼。王琼又上诉说自己年纪大了，因而被改派到绥德充军。

张璁、桂萼、霍韬掌权后，因为王琼与廷和有仇，就推荐了他，世宗没有听从他们。到嘉靖六年(1527)边境上有战事，桂萼等人决请求任用王琼，没有得逞。但世宗也可怜王琼年老有病，就让他返回老家个平民。御史胡松因为弹劾桂萼被贬官外放，他的同事周在请求饶恕胡松，也被关了诏狱。桂萼又一次说到王琼以前批评过廷和，所以满朝大臣一齐起来排斥他。世宗于是命令让王琼官复尚书，等候任用。第二年就让他以兵尚书兼右都御史的名义接替王宪提督陕西三边军务。

吐鲁番占领了哈密，朝廷决定关闭关门，拒绝它的贡，已经有四年了。到这时，它的将领牙木兰因为受到速檀满速儿的猜疑，率领二千人来请求内附。沙州番人帖木哥、土等，一向受土鲁番役，以他们的征收为痛苦，也率领五千多人关来内附。土鲁番人来侵犯，接连被参将云昌等打败。他们勾引瓦剌人侵犯肃州，游击彭。。打退了他们。敌人既失去了援助，又在几次战争中失利，于是归还哈密，请求上贡，请归还被扣押在中国的使臣，只是话说得很不礼貌。王琼上书请求对他们予以安抚、结，世宗采纳兵尚书王时中的意见，像王琼奏请的那样了置。霍韬对此提责难，王琼又上书请求遣还土鲁番的使臣，像以前那样允许他们来上贡。从此西域又平定下来，只是北方的贼寇常常来扰边疆。首次来侵犯庄狼，王琼下的将领阻击他们，斩获几十个首级。不久由红城来，杀害了饷主簿张文明。第二年又用数万骑兵来犯宁夏，过后又侵犯灵州，王琼派济南梁震等拦截，斩敌七十多人。那年秋天，征召各路兵三万人，在下巡行。敌人听说了，卷起帐篷远逃而去。明朝官兵于是分路攻，放火在原野上焚烧，显示了军威，然后收兵而回。

在这之前，南京给事中丘九仞弹劾王琼，世宗却加以安、挽留。等张璁、桂萼被罢免后，那些弹劾张璁、桂萼等人的大臣都面攻击王琼，世宗于是命令他退休。不久又把先前的诏书搁下来，派人对王琼表示问。正好番人前来临洮大肆掳掠，王琼征调兵力讨伐若笼、板尔各，焚烧了他们的巢，斩杀了三百六十人，收附了七十多个族。评定战功，被加升为太太保。王琼在边疆上，战备都整顿得很好。贼寇曾经打到山西，占了便宜，过了一年又来边境上抢劫，假装着要向东打，王琼命令在西边好战斗准备。贼寇果然钻了来，官兵沉重地打击了它。各番人被扫、平息后，西边陲更加太平了。甘肃军民一向受吐鲁番人侵犯、欺凌，现在惟恐王琼离开，就一块请求当地守臣向朝廷上书，留下王琼别走。于是巡抚唐泽、巡胡明善都上书叙述他的功劳，请听从甘肃军民的请求。世宗为此颁发诏书，奖励了王琼一番。

当初，世宗厌恶杨廷和，怀疑朝中大臣都是他的同党，所以接连任用桂萼、方献夫主吏。等献夫离任后，世宗不想任用另外的人，所以久久不增补这个缺额。到十年(1531)冬季，才派行人拿着敕书前往召王琼回朝。当吏尚书、南京御史易攵等十个人上书痛骂王琼是先帝一朝遗留的大臣时，世宗大为恼怒，把易攵等人全都关了诏狱中，并且对王琼表示安。不过不久，易攵等也都官复原职了。池传来战报，兵尚书王宪请派队。王琼说池战备严整，敌人打不去，大队去了，敌人先撤了兵，只能空自耗费中国的人力、财力而已。王宪最终还是派六千人，走到彰德，敌人果然逃走了。第二年秋天，王琼死在任上。被追赠为太师，谥恭襄。同一年，彭泽已在王琼之前死掉了。

在正德、嘉靖年间，彭泽、王琼都有才，有胆略，他们不停地相互中伤，仕途中你我退，几番更迭。其中王琼险、忌妒，舆论尤其不赞成他。但是他在兵时立了很多功，外放提督陕西三边军务时，人们也曾把他比作杨一清呢。

彭泽，字济，兰州人。从小跟着外祖父段读书学习，为人很有志向和守。参加会试两场考完，听说母亲生了病，就立即回家去了，他母亲的病也就好了。他后来考中弘治三年(1490)士，初任工主事，后转任刑郎中。有豪杀了人，彭泽判他死刑，廷中有势力的宦官面替这个人请求减免，彭泽持原判，不听请托。后来外徽州知府。他将要嫁女儿，置办了几十件漆，让手下人送到家里。他的父亲大为恼火，上给他烧掉了，然后步行到徽州。彭泽惊奇地外迎接，示意手下人背上他父亲的行李。他的父亲怒气冲冲地说“：我自己背了它几千里，你难不能背几步路吗？”到府里，就在堂下把彭泽杖打了一顿。打完后，拿起自己的行李径自走了。经过这件事以后，彭泽痛下决心砥砺品行。政评中得了最好成绩，人们把他比作前任知府孙遇。孙遇的事迹见于《循吏传》中。后来因守父丧还乡去了。

正德初年，被重新任命为真定知府。有宦官几次三番犯禁令，彭泽在厅堂上为他准备了一个棺材，用死来吓唬他，那个宦官从此不敢再逞了。后来他升任浙江副使，又过河南察使，所到之都以有魄力著名。后来升为右佥都御史，巡抚辽东。升右副都御史后，改任保定巡抚。还没有赴任，刘惠、赵钅遂等在河南作，朝廷命令彭泽与咸宁伯仇钺提督军务，前往讨伐。他上书陈述了十一条意见，要求便宜行事，以便利用厚赏和重罚，激励官兵。彭泽格大，腰带有十二围长，声音响亮，和人说话就像在喊叫。才一上任，就大整军容，把各队将校召来，责告他们临阵畏缩，一律死。各队将校吓得大直发颤，赶快低认罪，过了好久，彭泽方肯罢休，于是传达军令，要求鼓声一响就靠近寇贼。这样经过大大小小几十次战斗，连连打败敌人。才四个月时间，河南的盗贼全被平定了。彭泽当时说过的话，详见于《仇钺传》中，登录战功，彭泽晋升为右都御史、太少保，荫封儿为世袭锦衣百。

不久他接替洪钟总督川、陕各路军队，前往讨伐四川的盗贼。当时鄢本恕、蓝廷瑞、廖惠、曹惠已经被平定，只有廖麻、喻思俸依然猖獗。彭泽和总兵官时源一起几次对敌作战，将阎勋在剑州追拿了麻。思俸逃窜到通、之间，势又抬了起来。彭泽指挥各路官兵包围，他终于被活捉了。彭泽于是移驻汉中，请求班兵回朝。尚未得到朝廷批复，而内江、荣昌的盗贼又急切活动起来。彭泽又移师讨伐，征服了它，并且镇压了成都那些捉拿了知州、指挥的造反士兵。此后他更决请求班师回朝，朝廷诏令他暂时留驻保宁，维护治安，把他提升为左都御史、太太保，还和当初一样荫封他的孙。