同。七年，因商量事情晋见皇帝，明英宗见他气宇不凡留下任兵右侍郎。

宪宗继位，韩雍受学士钱溥牵连，贬为浙江左参政。广西的瑶人和僮人窜到广东劫掠。沿途的郡县几乎全被捣毁坏，成化元年(1465)正月，采取大规模军事行动，拜都督赵辅为总兵官，派太监卢永、陈蠧担任监军，兵尚书王雄说“：韩雍才气无双，平定贼非韩雍莫属。”于是改任韩雍左佥都御史，协助治理军务。

韩雍骑奔驰到南京，召集诸将商议计谋策略。在此以前，编修丘浚写信给大学士李贤，说贼在广东适宜驱赶，贼在广西的应该采用围困的方法，要将军队驻扎在大藤峡，控制其，破坏贼的庄稼，一二年可望灭贼。李贤很赞赏这项作战的计划，把信献给宪宗，宪宗下诏抄写下来让诸将看。诸将都主张此计划实行，请求下令派游击将军和勇率领少数民族骑兵直奔广东，而大军一直赶到广西，分兵扑灭叛。韩雍说：“贼已经蔓延数千里，而所到就与贼战，这是使自己疲惫。应该全军直捣大藤峡，这样南可支援州、肇庆、雷州，廉州。东可以与南雄、韶州应合，西可以攻取柳州、庆远，北可以切断峒各条路。首尾相应，攻其腹心之地，巢已经倾覆，其余则可迎刃而解。舍弃这不去谋取，而分兵四，贼更加奔逃，郡县更加遭到破坏，这等于是救火时却鼓风一样。”众人说“：对。”赵辅也相信韩雍完全能够战胜贼，军中一切完全听从韩雍谋划。

韩雍等日夜兼程直奔全州，击破劫掠兴安的峒苗人，到达桂林，将错过战机的指挥李英等四人斩首示众，韩雍手着地图同诸将商议说：“贼以修仁、荔浦为羽翼，应该先攻取这二县来孤立贼的势力。”于是率领十六万兵士，分五路兵，先攻破修仁县的贼，穷追到力山，俘获一千二百余人，斩首七千三百个，荔浦也平定了。

十月到氵寻州，向当地父老询问，都说：“峡，是天险，不能攻，应用计围困。”韩雍说：“峡延绵六百余里，怎能围困？兵分则力弱，长期用兵则财缺乏，贼何时能够平定！我的计划已定。”就长驱到峡。有儒生、里老数十人伏在路左边，愿意担任向导，韩雍见了立刻骂“：贼胆敢欺骗我！”喝令左右绑起来斩首，左右都非常吃惊。捆绑时而发现袖中的利刀，一审问，果然是贼，斩杀后，全肢解，挖胃，分挂竹林中，成串相连。贼大为吃惊地说“：韩公是天神。”

韩雍下令总兵官欧信等为五哨，自象州、武宣攻其北面；自己与赵辅率领都指挥白全等为八哨，自桂平、平南攻其南面；参将孙震等为二哨，从路来；而且另外分兵守住各险要的地方。贼首侯大狗等大为恐惧，先把其家属资产转移到桂州横石塘，而在南山竖立栅栏，准备很多木、石块、标枪、涂毒的弓箭来抗拒官军。

十二月初一，韩雍等率领各军陆并，持圆盾登山，殊死作战，接连攻破石门、林峒、沙田、古营各巢，焚烧其房屋积聚，贼都奔跑溃败。伐木开路，直抵横石塘以及九层楼各山。贼又竖立栅栏好几层，凭借地势来抗拒。官军引诱贼发放箭石，估计快用尽了，韩雍亲自率领诸军借着树攀藤而上，另外派遣壮士从小路先上，占据山用火炮发石击贼。贼抵挡不住，被打得大败。先后摧毁栅寨三百二十四个，活捉侯大狗及其同党七百八十人，斩首三千二百余个，坠中淹死的不计其数。峡有大藤像虹，横着错在两山崖之间，韩雍用斧砍断大藤，改名断藤峡，刻石记功而返。分兵打击余党，郁林、江、洛容、博白接连都被平定。

明宪宗大喜，下诏书表彰功劳，召回赵辅等，调升韩雍为左副都御史，提督两广军务。韩雍就在各军中遣散人员，以此节约军饷，而贼人余侯郑昂等就乘虚攻破氵寻州以及洛容、北二县。韩雍被弹劾服罪，明宪宗宽容他。他更加奋力投发兵讨伐中。这时各地的叛蜂起，思恩、氵寻州、宾州、柳城全都被扰劫掠。贼窜抢劫到广东，钦、化二州均随即被攻陷。

成化四年(1468)，由于两广地大事繁，韩雍请求东西各设置巡抚，明宪宗表示同意，任命陈濂抚广东，张鹏抚广西，而韩雍专门治理军事。不久韩雍因家有丧事而归。第二年，两广盗贼又起，佥事陶鲁说：“两广地势错，应当像手臂与手指一齐使用，不能分开。最近贼侵犯广西，我与广东三司商议调兵，一个月还没结果，盗贼毫无畏惧之心。请求仍然任命大臣总督为好。”正好佥事林锦、巡御使龚晟也同样的向上请求，于是撤去两巡抚，而又起用韩雍为右都御史，同以往一样总督两广军务。又过了一年的正月，韩雍上疏要求辞去所新任官职，恳求服满三年之丧。宪宗没批准。韩雍到任，派遣参将张寿、游击冯升等分路讨伐贼，摧毁忻州八砦蛮以及抢劫州县诸山的瑶人、僮人。少数民族百姓向来害怕韩雍威力，寇盗逐渐平息。

成化九年(1473)，柳州、氵寻州各少数民族又发动叛，参将杨广等俘获、斩首共九百人，正准备继续击，而贼攻破怀集县，兵弹劾韩雍向朝廷奏报不实。广西镇守宦官黄沁向来恨韩雍压抑自己，借机攻击韩雍，并且说韩贪纵酒，滥加奖赏，胡开支费，宪宗派给事中张谦等去调查，而广西布政使何宜、副使张学攴怀恨韩雍一贯轻视自己，两人在一起酝酿韩雍的罪状。张谦返朝向宪宗上奏，半为造半为事实地报告了韩雍的情况，宪宗竟然命韩雍退职回家。