卫所，只有锦衣卫等亲军，上直卫不隶属五府，以及在外各都司、卫所，以中军都督府断事官为五军断事官。

十五年，设置五军十卫参军府，设左、右参军。

十七年，五军各设左、右断事二人，提控案牍一人，都是从九品。

二十三年，升五军断事官为正五品，总领掌五军刑罚诉讼。

分为五司，各司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信五人，都为正七品，各自负责其军中的刑罚诉讼。

二十九年，设置五军照磨所，专门掌文书信札。

建文年问，革除断事官及五司官。

丞乐元年，设北京留守行后军都督府，设置左、右都督，都督同知，都督事，没有固定人数，经历、都事各一人。

后来又分为五府，称行在五军都督府。

十八年，除去“行在”字样，留守应天的加“南京”字样。

洪熙元年，恢复称行在，接着设行后府。

宣德三年又革除。

正统六年又除去“行在”字样。

京营，永乐二十二年设三大营，为五军营、神机营、三千营。

五军、神机营各设中军、左右哨、左右掖；五军、三营各设五司。

每营都选两个功勋大臣提督。

各营哨、掖官，称坐营、坐司。

各哨、掖官也大多用功勋之臣担任。

又设把总、把司、把牌等官。

又有围手、幼官、舍人、弹忠、效义各营，都附属于五军营。

景泰元年，选三营锐成立十团营，用总兵掌，用总督统率，用内臣监督。

那些以前设有的，号称老营。

三个老营共六个提督，选择其中两个掌团营。

成化三年，分团营焉十二个，每营又各分五军、三千营统骑兵，神机营统火。

各营统领，都选择都督、都指挥或各爵爷担任，用总督统。

正德年问，又选团营的锐，设置束、西两个官厅，另设总兵、参将统领。

嘉靖二十九年，革隙团营官厅，仍然合为三大营，改三千营为神枢营，设副、参、游、佐、坐营、号、中军、千把总等官。

五军营：战兵一营，左副将一名；战兵二营，练勇参将一名；车兵三营，参将一名；车兵四营，游击将军一名；城守五营，佐擎将军一名；战兵六营，右副将一名；战兵七营，练勇参将一名；车兵八营，参将一名；车兵九营，游击将军一名；城守十营，佐击将军一名；备兵坐营官一名，大号官一名。

以上官员由兵推选。

监枪号官一名，中军官十一名，随征千总四名，随营千总二十名，选锋把总八名，把总一百三十八名。

以上都由营中推选。

神枢营：战兵一营，左副将一名；战兵二营，练勇参将一名；车兵三营，参将一名；车兵四营，游击将军一名；城守五营，佐擎将军一名；战兵六营，右副将一名；车兵七营，练勇参将一名；孰事八营，参将一名；城守九营，佐击将军一名；城守十营，佐擎将军一名；备兵坐营官一名，大号官一名。

以上由兵推选。

监枪号官一名，中军官十一名，千总二十名，选锋把总六名，把总一百五十七名。

以上都由营中推选。

神机营：战兵一营，左副将一名；战兵二营，练勇参将一名；车兵三营，游击将军一名；车兵四营，佐击将军一名，城守五营，佐擎将军一名；战兵六营，有副将一名；车兵七营，练勇参将一名；城守八营，佐擎将军一名；城守九营，佐擎将军一名；城守十营，佐击将军一名；备兵坐营官一名，大号官一名。

以上由兵推选。

监枪号官一名，中军官十一名，千总二十名，选锋把总六名，把总一百二十八名。

以上都由营中推选。

总计三大营，共五百八十六名武官。

以提督总兵官一名统。

后来，改提督为总督，铸造“总督京营戎政”印信，使仇鸾佩此信。

又设侍郎一人，协理京营军政。

规定巡枧科官每年换一次，完全革除内侍官。

增设巡视主事，不久也革除。

隆庆初年，仍以总督为提督，改协理为阅视，不久一并改阅视为提督。

四年二月，改革京营制度，三营各设提督，又各设右都御史一名监理。

九月，废除六名提督，仍旧恢复焉总督戎政一名。

天启初年，增设协理一人，后来，仍旧革除一人。

崇祯初年，又增设一人。

京卫指挥使司，指挥使一人，正三品，指挥同知二人，从三品，指挥定事四人，正四品。

镇抚司，镇抚二人，从五晶。