。二十五日，李自成、罗汝才攻陷叶县，守将刘国能战死。这一月，官军在英山望云寨打败张献忠。

十月初一日，有日。十一月四日，李自成攻陷南，唐王朱聿镆遇害，总兵官猛如虎等战死。十二月，李自成连续攻陷洧川、许州、长葛、鄢陵。二十三日，解学龙戍边，黄周戍边。李自成、罗汝才合力攻打开封，周王朱恭枵、巡抚都御史名衡誓死拒守。

崇祯十五年(1642)正月十三日，孙传任兵侍郎，统领京师军队救援开封。十五日，杨文岳救援开封，李自成领兵南陷西华。十八日，减免天下崇祯十二年以前欠赋税。这月，山东贼军攻陷张秋、东平，抢劫漕运船只。太监王裕民、刘元斌率兵会合兖东官军征讨平定。二月八日，赈救山东愿接受抚恤民。十三日，总督陕西都御史汪乔年暂住襄城，途中遇贼军，贺人龙等逃奔关，汪乔年被围困。十七日，襄城沦陷，汪乔年被捉拿死。十八日，大清兵攻克松山，洪承畴投降，巡抚都御史丘民仰，总兵官曹变蛟、王廷臣，副总兵江翥、饶勋等死于军火。这一月，由孙传总督三边军务。三月，李自成攻陷陈州。八日，魏照乘辞官退职。十日，祖大寿以锦州向大清兵投降。二十二日，李自成攻陷睢州、太康、宁陵、考城。二十三日。封皇朱慈火召为永王。二十七日，李自成攻陷归德。当年天，江北贼军攻陷山、和州，南京戒严。

四月二十四日，李自成又包围开封。二十六日，谢升革职。五月一日，孙传关，诛杀贺人龙。六日，张献忠攻陷庐州。十九日，王朴弃市示众。六月十日，贺逢圣辞官退职。十五日，张四知辞官退职。十六日，下诏天下停止用刑三年。二十一日，詹事蒋德瞡、黄景窻、戎政侍郎吴生生均为礼尚书兼任东阁大学士，参与军国大事。二十二日，诏孙传关。兵侍郎侯恂督领左良玉军队增援开封。二十四日，因一起推举阁臣之事，下吏尚书李日宣六人于狱，贬官戍边各有不同。二十六日，在京师北郊祭地。这月，筑祭坛亲自祭祀死去的文武大臣。山西总兵官许定国增援开封，在沁溃败，宁武兵在覃怀溃败。

七月一日，左良玉、虎大威、杨德政、方国安四镇兵在朱仙镇溃败。八月十三日，安庆发生兵变，杀都指挥徐良宪，后来官军平定兵变。二十八日，黄周从戍所释放来，恢复其原来官职。三十日，兵尚书陈新甲下狱，不久弃市。九月十五日，李自成决黄河堤于开封城。十六日，开封城垣倒塌，淹死城民数十万人。二十二日，孙传率军赶赴开封。二十四日，凤总兵官黄得功、刘良佐在潜山大败张献忠。

十月二十四日，孙传在郏县被张献忠打败。孙传引兵关。十一月一日，援汴总兵官刘超占据永城谋反。四日，发放钱币赈济开封受灾宗室兵民。六日，大清兵分路，京师戒严。命令勋臣分守九门，太监王承恩监督检查城防。下诏推举能率军守京大将。十二日，征调各镇兵京救援。十四日，大清兵攻克蓟州。二十一日，蓟镇总督赵光。。提调援军。二十二日，张献忠攻陷无为。二十三日，辽东督师侍郎范志完京救援。闰十一月七日，下诏责备自己，征求直言。十六日，大清兵南下，畿南郡邑大多没有守卫。二十一日，起用已废除将领。这月，李自成攻陷汝宁，前总督侍郎杨文岳、佥事王世琮宁死不屈英勇而死。十二月，大清兵直捣曹、濮，相继攻下山东州县，鲁王朱以派自杀。四日，李自成攻陷并占据襄。左良玉逃奔承天，不久到武昌。李自成分兵前，攻下德安、彝陵，相继攻克荆门、荆州。二十八日，焚烧献陵。

崇祯十六年(1643)正月二日，李自成攻陷承天，巡抚都御史宋一鹤、留守沈寿崇等死。二十五日，张献忠攻陷蕲州。二月初一日，有日。五日，范志完、赵光。。会师于平原。三月十七日，李自成杀害罗汝才，合并其众。十九日，命令大学士吴生生率师征剿李自成。二十四日，李自成攻克武冈，杀岷王朱企。。张献忠攻陷黄州。