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四月二十一日，程国祥辞官退职。这月，左良玉攻击降贼首领李万庆。五月八日，礼侍郎姚明恭、张四知、兵侍郎魏照乘均为礼尚书兼东阁大学士，参与机要事务。九日，张献忠在谷城起兵反明，罗汝才等相继起兵响应，一举攻克房县。十九日，孙传革职，不久被逮捕狱。六月，畿内、山东、河南、山西天旱，起蝗虫。二十三日，调各镇兵行训练，又增加练兵粮饷。

七月十七日，左良玉征讨张献忠，在罗猴山失败，总兵官罗岱被活捉死。熊文灿被革职，不久逮捕下狱。八月八日，下诏诛杀边境失事巡抚都御史颜继祖，总兵官倪、祖宽，内臣邓希诏、孙茂霖等三十三人，全弃市示众。十四日，减免唐县及其他四十州县去年田租的一半。二十七日，大学士杨嗣昌率军征讨贼军，总督以下全听其节制。

十月初一日，杨嗣昌在襄誓师。十一日，左良玉为平贼将军。十三日，《钦定保民四事全书》修成，颁布于天下。十一月二十八日，在京师南郊祭祀天。十二月，罗汝才侵犯四川。二十四日，下兵尚书傅宗龙于狱。

当年，琉球朝贡。

崇祯十三年(1640)闰正月三日，赈救真定饥荒。六日，赈救京师饥民。二十一日，赈济山东饥荒。二月初一日，在东郊祭日。七日，总督三边侍郎郑崇俭在太平县玛瑙山大败张献忠，张献忠败走归州。二十七日，因长时间旱，征求直言。三月三日，祈祷雨。五日，大风沙，下诏清理刑狱。七日，罢免各镇内臣。十七日，赐魏藻德等士及第、各有不同。十九日，赈救畿内饥荒。二十八日，减免河北三府欠赋税。

四月七日，逮捕江西巡抚佥都御史解学龙及他推举的黄周。二十八日，吏尚书谢升为礼尚书，礼侍郎陈演以原官兼东阁大学士，参与机要事务。五月，罗汝才攻打夔州，石石主女土官秦良玉连续战退罗汝才。四日，在北郊祭地。三十日，姚明恭辞官退职。六月初一日，总兵官贺人龙等分路追击罗汝才，罗汝才兵败，移师大宁。二十日，蔡国用死。二十一日，薛国观停职。

七月初一日，畿内捕捉蝗虫。十日，发放钱币赈救遭受蝗灾州县。十二日，左良玉及京师营兵总兵官孙应元等在兴山大败罗汝才。罗汝才败走巫山，与张献忠会合。八月二十五日，赈救江北饥荒。九月，陕西官军将李自成围困于西鱼腹山中，李自成因逃走幸免。十五日，张献忠攻陷大昌，总兵官张令战死。不久又攻克剑州、绵州。

十月六日，熊文灿被斩首示众。十一月，杨嗣昌军重庆，十日，在南郊祭天。十一日，南京发生地震。十二月初一日，严格抄传军事机密禁令。五日，张献忠攻陷泸州。九日，逮捕薛国观。这月，李自成从湖广到河南，饥饿农民争先恐后跟随李自成。连续攻陷宜、永宁，杀万安王采。。，攻陷偃师，声势大震。

当年，两畿、山东、河南、山西、陕西天旱，蝗虫大起，人相残。