秋七月二十日，朱翊钧告诫廷臣：因国事纷纭，使得大臣争相请求辞官还乡，以后有肆行诬蔑的人要从重治罪。八月初五，免除河南受灾地方的田租。九月初十，许国辞官。十二日，申时行辞官。十五日，吏侍郎赵志皋担任礼尚书，原礼侍郎张位担任吏侍郎，一同兼任东阁大学士，参与机要事务。

冬十月初一，京营军官在长安门哗变。十二月初二，下诏规定戚臣庄田数目。二十一日，河敌犯榆林、延绥，总兵官杜桐将其击败。这一年，京师发生蝗灾，南畿、浙江发生灾，朝廷分别予以赈济和减免赋税。同年，琉球前来朝贡。

万历二十年(1592)正月二十六日，给事中孟养浩建议立太，被施杖刑于阙下，并被削除官籍。三月初八，宁夏已辞官的副总兵孛拜杀害巡抚都御史党馨、副使石继芳，占据城池反叛。十一日，王家屏辞官。十二日，总督军务的兵尚书魏学曾领兵讨伐宁夏叛贼。十八日，朱翊钧赐予翁正等人以士及第及其他不同的。

夏四月十五日，总兵官李如松提督陕西讨贼军务。二十六日，甘肃巡抚都御史叶梦熊率兵会同魏学曾讨贼。扯力克擒住贼首，开关献俘，于是朝廷返还其两年互市赏赐。五月，倭寇犯朝鲜，攻陷王京，朝鲜王李日公逃往义州求救。六月十九日，各路兵军到宁夏，贼寇引诱河犯，被官军击退。

秋七月十六日，免除陕西拖欠赋税。十七日，副总兵祖成训率兵援救朝鲜，在平壤与倭寇战，战败。二十七日，罢免三边总督魏学曾，以叶梦熊取而代之，不久逮捕魏学曾，打监狱。八月十八日，兵右侍郎宋应昌经略防备倭寇之军务。二十二日，朝廷诏谕各地督抚举荐将材。九月十六日，平定宁夏贼寇。

冬十月十六日，李如松提督蓟、辽、保定、山东军务，并担任防海御倭总兵官，援救朝鲜。同月，赈济京畿、浙江、河南受灾各府，并分别对田租予以减免。十一月十二日，朱翊钧驾临午门，接受宁夏战俘。十二月八日，告示天下：宁夏贼寇已被平定。这一年，有暹罗、土鲁番前来朝贡。

万历二十一年(1593)正月十九日，李如松将平壤倭寇击败。十六日，王锡爵还朝。二十六日，朱翊钧下诏封三个皇为王，朝廷大臣据理力争，不久作罢。二十七日，李如松攻王京，在碧蹄馆与倭寇相遇，战败。二月二十九日，犒劳东征将士。

夏四月十九日，倭寇放弃王京而遁。六月十四日，朱翊钧诏令天下各地每年夏季审讯囚犯，对轻犯之类予以减刑和释放，以两京为例。二十日，倭使小西飞真诚请求投降。

秋七月初一，诏谕救援朝鲜的各边镇军队返回。初三，现彗星，命群臣修反省。八月初五，朱翊钧以灾异频繁为由，命内外诸臣修举实政。

冬十月十六日，中止行刑。十二月初七，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事务，召回宋应昌、李如松。当年，赈济江北、湖广、河南、浙江、山东饥荒。河南矿贼大起。乌斯藏前来朝贡。

万历二十二年(1594)正月二十日，朱翊钧诏示天下：各省灾害频繁，尤以山东、河南、徐、淮为甚，盗贼四起，官吏玩忽职守，朝廷诏令不行，自今以后，要以安民除盗之政绩来决定罢免和升迁抚官员。二月初四，皇长朱常洛阁讲学。十六日，派官员赈济河南，并免除其田租。三月二十五日，诏令修订国史。

夏四月初一，日。五月十四日，礼尚书陈于陛、南京礼尚书沈一贯同时兼任东阁大学士，参与机要事务。二十四日，王锡爵辞官。六月初二，雷雨加，西华门遭灾，诏令修反省。

秋七月二十日，河长卜失兔犯延绥。当月，延绥总兵官麻贵在下关击败河敌军。

冬十月十五日，南京兵右侍郎邢。。总督川、贵军务，讨伐播州宣使杨应龙。二十三日，诏谕倭使朝。当月，炒犯辽东，总兵官董一元将其击败。这一年，琉球、乌斯藏朝贡。

万历二十三年(1595)正月癸卯日，朝廷派遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。三月二十三日，赐朱之蕃等人为士及第以及其他不同。

夏五月二十六日，京师地震，朱翊钧命令群臣修反省。

秋九月初九，青海长永邵卜犯甘肃，参将达云将其击败。十六日，下诏恢复建文年号。