司少卿徐贞明督治京畿田。

夏四月初五，举行盛大祈雨祭祀。初七，由于久旱不雨，朱翊钧诏令各地审理、平反冤案，释放凤轻犯以及监禁长时间的罪犯。十七日，又步行至南郊祈祷，对大学士们说：“天大旱，是因为朕不德，也是因为各地有司贪婪，盘剥百姓，致使天怒，今后必须慎选官吏。”免除天下受灾地区一年田租。五月十六日，下雨。六月初二，慈宁建成。初三，建武所叛军被平定。同月，四川松、茂番人作。

秋八月十一日，京师地震。闰九月初一，赈济淮、凤灾害。初五，朱翊钧到天寿山观看寿。初十回。二十二日中止行刑。

冬十二月初一，淘汰惜薪司内官冗员。当月，顺义王乞庆哈死去。这一年有土鲁番、乌斯藏前来朝贡。

万历十四年(1586)二月十八日，严禁外官馈送礼。三月初三，由于久旱，要廷臣疏陈时政。初八，禁止曹言事，放弃整治京畿田。十八日，赐予唐文献等人为士及第以及其他不同的。二十三日，仍然久旱不雨，朱翊钧又命天下修反省。

夏四月初九，京师地震。六月二十日，松茂番被平定。这年夏天，赈济直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥荒。山西始闹盗贼。

秋七月初十，赈济江西灾害。十五日，朱翊钧诏令、兵二安抚灾民，严格保甲制度。当月，淇县贼人王安聚众打劫，被剿平。九月初一，王家屏因父丧去职。二十四日，中止行刑。二十八日，朝廷下发帑并派官吏赈济河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾害。

冬十月初五，礼主事卢洪上疏奏请谨慎对待弊端，被施杖刑后削去官籍。十一月十三日，在京城南郊祭祀上天。这一年，有土鲁番前来朝贡。

万历十五年(1587)正月初三，分发国库所藏的金帛以赈济山西、陕西、河南、山东各地宗室。三月二十六日，乞庆哈之扯力克世袭顺义王之封号。

夏四月，京师大旱，瘟疫行。六月初十，禁令廷臣奢侈。当月，京师连降大雨，朝廷赈济抚恤贫民百姓。

秋七月，江北发生蝗灾，江南发生灾，山西、陕西、河南、山东又发生旱灾，黄河也在开封决，朝廷分别给予减免赋税和赈济。八月初三，朱翊钧以频繁发生灾害为由，命各抚、官员力惩贪官，清理冤案，减免赋税，赈济抚恤百姓。九月初一，应有日，但因云遮掩而不能看见。初三，中止行刑。

冬十月初五，大学士申时行奏请皇帝批示转发留在禁中的各奏章。十一月初三，郧发生士卒喧，巡抚都御史李材被撤职。这一年，有哈密、琉球、乌斯藏前来朝贡。

万历十六年(1588)三月初十，朱翊钧下诏修改《景皇帝实录》，删去成阝戾王之封号，后来没有实行。山西、陕西、河南及南畿、浙江同时发生饥荒和瘟疫。

夏四月，赈济江北、大名、开封各府饥荒。五月，四川建昌番作，被讨伐平定。二十三日，朱翊钧以仓储军械被焚和各省灾伤为由，命内外官员修反省。六月初八，京师发生地震。十二日，因灾害而停止和减少苏、杭织造。

秋七月初四，免除山东受灾之地的夏粮赋税。十九日，制订考察边疆官员政绩的方法。八月十四日，朱翊钧诏令从太仓取银二十万两充作阅陵的犒赏费用。九月初九，中止行刑。初十，朱翊钧到天寿山视察寿。十四日，在石景山停留观看浑河。十五日回。二十日，甘肃发生兵变，巡抚都御史曹登被罢免。当月，青海长他不犯西宁，杀害其副将李魁。冬十一月十二日，禁止空泛、冗长之奏章。这一年有乌斯藏前来朝贡。

万历十七年(1589)正月初一，有日。初九，太湖、宿、松一带有刘汝国等贼寇作，安庆指挥陈越率兵讨伐，战死。二月十九日，吴松指挥陈懋功讨伐并平定贼。三月初九，被罢免和升迁的官员上朝面谢。从此以后皇帝临御逐渐减少。十六日，云南永昌发生兵变。十八日，赐焦。。等人以士及第和其他不同。

夏四月二十三日，王家屏重新阁。始兴妖僧李圆朗作，犯南雄，被有司率兵讨伐并斩死。六月初九，浙江发生风灾，海泛滥。十四日，永昌叛军被平定。三十日，南畿、浙江大旱，太湖涸，拨国库银四十万两予以赈济。

秋八月二十七日，严申匿名揭发禁令。

冬十月初九，中止行刑。二十九日，完成黄河决筑堤工程。十二月十六日，朱翊钧告诫各位官员遇事不要争好胜。这一年，安南、乌斯藏曾来贡。