六月十五日，中官郑和率舟师使西洋诸国。十六日，中官山寿等率军云南侦察敌情。二十日，夏原吉等救济苏、松、嘉、湖州饥荒。免天下农民盐钞。二十六日，胡大互谢罪，请求迎接陈天平回国。

九月五日，减免苏、松、嘉、湖等州遭灾田租，共三百三十八万石。二十五日，迁山西农民一万充实北京。

冬十月，盗贼杀害驸都尉梅殷。十月五日，齐王朱。。犯罪，三次赐书警告他。二十六日，颁布《祖训》给诸王。十二月六日，沐晟讨平八百。都督佥事黄中、吕毅用兵接纳陈天平于安南。

这一年，苏门答剌、满剌加、古里、氵孛泥朝贡，封其尊长为王。日本贡匹，还俘获在边境作的倭寇。爪哇东、西，占城，碟里，日罗夏治，合猫里，火州回回朝贡。暹罗，琉球山北、山南两次来贡。琉球中山三次朝贡。

永乐四年(1406)正月十六日，在南郊大祈天地鬼神。二十五日，初定中午上朝，命群臣奏事要从容认真。三月一日，祭奠先师孔。三日，设辽东开原、广宁市。四月三日，赐林环等士及第，各有差别。十五日，胡大互袭杀陈天平于芹站，前大理卿薛山品死，黄中等领兵而还。

四月十九日，派使臣重金收买遗佚之书。五月八日，救济常州、庐州、安庆饥荒。二十一日，齐王朱。。犯罪，削夺其官属护卫，仍留在京城。六月一日，应当现日，因有云雾看不见，礼官上书请求祝贺，皇帝不许。八日，南献吉祥之麦，召谕礼说：“各郡县经常上奏吉祥预兆，唯独此麦才是丰年之兆。”命令去宗庙敬献。

七月四日，朱能为征夷将军，沐晟、张辅为副将，率兵分攻安南，兵尚书刘鯭参与军务大事，行尚书黄福、大理卿陈洽督运粮饷。下诏说“：安南都是我的忠心赤，只有黎季睺父首恶必诛，他若收敛顺从可以轻释。罪人既已得到，册立陈氏孙中有贤能的。不要姑息叛，不要轻视敌人，不要毁坏房屋、损害庄稼，不准抢劫财、掠夺民女，不要杀害降兵。以上有一项犯，虽有功也不能饶恕。”十八日，重申诽谤禁令。闰七月五日，颁诏明年五月兴建北京殿，分别派大臣到四川、湖广、江西、浙江、山西采伐树木材料。八月十一日，召通政司，凡是上书奏告民间事务的，再小也要报告。二十七日，废齐王朱。。为庶人。九月十二日，赈济苏、松、常、杭、嘉、湖州十二万游民复业。

十月二日，成国公朱能死于军中，众由张辅带领。九日，攻克隘留关。十四日，沐晟率师会于白鹤。十一月十三日，甘降到孝陵松柏枝上，有甜泉于神乐观，献给太庙，赏赐百官。十二月六日大赦天下殊死以下罪行。张辅在嘉林江大败安南军。一月十一日，攻下多城。一月十二日，攻克其东都。十八日，又攻克西都，安南兵逃往海上。二十六日，瓯宁王朱允火熙住宅起火，朱允火熙被烧死。

这一年，暹罗、占城、于阗、氵孛泥、日本、琉球中山、山南、婆罗朝贡。爪哇东、西，真腊第二次来贡，别里八里第三次来贡。琉球献阉人，被退还。回回结牙曲献玉碗，也被打发回去。

永乐五年(1407)正月十二日，大祭鬼神于南郊。十四日，张辅大败安南军于木江。二月五日，翰林学士解缙任广西参议。三月三日，封尚师哈里麻为大宝法王。二十七日，张辅大败安南军于富良江。

四月二十五日，救济顺天、河间、保定饥荒。五月十一日张辅擒获黎季睺、黎苍献给皇帝，安南被讨平。河南发生饥荒，逮捕并惩治隐匿灾情的有关门负责人。告诫都察院，凡是灾伤不如实报告的都是犯罪。六月一日，因平安南，诏告天下。设趾布政司。七日，山平民丁珏揭发乡人诽谤罪，升其为刑科给事中。十二日，下诏从永乐二年六月以后犯罪夺官去职的都可以饶恕。十三日张辅调兵会同韩观一起征讨柳、浔州叛蛮夷。二十一日，命张辅访问趾人才，趾也派使者来京师。

秋七月四日，皇后死。十六日，黄河在河南一带涨。九月五日，左都督何福镇守甘肃。十八日，审查囚犯。其他犯罪、死刑都各减轻一级论戍边，放罪以下全释放。九月二日，郑和使西洋回国。五日，在奉天门接受安南俘虏，大赏将士。

冬十月，平定浔、柳州叛蛮夷。

这一年，琉球中山、山南、婆罗、日本、别失八里、阿鲁、撒儿罕、苏门答剌、满刺加、小葛兰朝贡。

永乐六年(1408)正月八日，岷王朱螰又犯罪，罢免其官及属官。十二日，大祭鬼神于南郊。二月二十八日免除北京永乐五年以前欠赋税，免诸课程三年。三月四日，宁伯陈懋镇守宁夏。六日，除河南、山东、山西永乐五年以前欠赋税。

四月十日，始命云南乡试。五月十四日夜，京师发生地震。六月三日，诏书停止北京各司不急办事务及买办，以免民困。民归附者免徭役三年。十日，张辅、沐晟还。