设启戎心，万里之内，首尾衔接。不可许者三。中国屏籓，全在内外蒙古，沙漠万里，天所以限夷狄。如蒙古全站供其役使，一旦有事，音信易通，必撤籓屏，为彼先导。不可许者四。条约所载，俄人准建卡三十六，延袤广大，无事而商往，则讥不胜讥；有事而兵来，则御不胜御。不可许者五。各国商贾，从无许带军之例。今无故声明人带一枪，其意何居？不可许者六。俄人商税，取巧，若各国希冀均霑，洋关税课必至岁绌数百万。不可许者七。同治三年新疆已经议定之界，又内侵，断我城之路。新疆形势，北路荒凉，南城富庶，争磽瘠，弃膏腴，务虚名，受实祸。不可许者八。伊犁、塔尔哈台、科布多、乌里雅苏台、喀什噶尔、乌鲁木齐、古城、哈密、嘉峪关等准设领事官，是西域全疆尽由。且各国通例，惟沿海岸准设外领事。若乌里雅苏台等，乃我边境，今日俄人作俑，设各国援例，又将何以之？不可许者九。名还伊犁，而三省山岭内卡以外盘踞如故，割霍尔果斯河以西、格尔海岛以北，金寺又为俄人市廛，约定俄人产业不更还，地利尽失。不可许者十。”又言：“改议之：一在治崇厚以违训越权之罪；一在请谕旨将俄人不公平，臣民公议不原之故，布告中外，行文各国，使评曲直；一在据理力争，使知使臣画押，未奉御批示覆，不足为据；一在设新疆、吉林、天津之防，以作战备。”疏，命与修撰王仁堪等及庶吉士盛昱所奏，并大学士等议，并治崇厚罪。

六年正月，命大理寺少卿曾纪泽为使俄大臣，续议各款。时廷臣多主废约，曾纪泽以为废约须权轻重，因上疏曰：“伊犁一案，大端有三：曰分界，曰通商，曰偿款。三端之中，偿款固其小焉者也。即通商一端，亦较分界为稍轻。查西洋定约之例有二，一则长守不渝，一可随时修改。长守不渝者，分界是也。分界不能两全，此有所益，则彼有所损，是以定约之际，其慎其难。随时修改者，通商是也。通商之损益，不可逆睹，或开办乃见端倪，或久办乃分利弊，是以定约之时，必商定年限修改，所以保其利而去其弊也。俄约经崇厚议定，中国诚为受损，然必一时全数更张，而不别予一途以为转圜之路，似亦难降心以相从也。臣以为分界既属永定，自宜持以定力，百折不回。至于通商各条，惟当即其太甚者，酌加更易，馀者宜从权应允。”

时俄人以中国治崇厚罪，增兵设防，为有意寻衅，拒纪泽不与议事。英、法二使各奉本国命，亦以因定约治使臣罪为不然，代请宽免。中国不得已，允减崇厚罪，诏仍监禁。已又与俄使凯德先议结边界各案。

六年七月，纪泽抵俄，侍郎郭嵩焘疏请准万国公法，宽免崇厚罪名，纪泽亦请释崇厚，许之。初纪泽至俄，俄吉尔斯、布策诸人咸以非等全权大臣，不与议，遣布策如北京议约。已成行，而朝旨以在俄定议为要，命纪泽向俄再请，始追回布策。纪泽与议主废约。俄人挟崇约成见，屡与忤。纪泽不得已，乃遵总署电，谓可缓索伊犁，全废旧约。寻接俄牒，允还帖克斯川，馀不容议。布策又俄商在通州租房存货，及天津运货用小船拖带。纪泽以非条约所有，拒之。而改约事仍相持不决。

十一月，俄牒中国，允改各条，其要有七：一，还伊犁；二，喀什噶尔界务；三，塔尔哈台界务；四，嘉峪关通商，允许俄商由西安、汉中行走，直达汉；五，松江行船至伯都讷；六，增设领事；七，天山南北路贸易纳税。曾纪泽得牒，以俄既许让，则缓索之说，自可不议。于是约辩论：于伊犁，得争回南境；喀什噶尔，得照两国现之地，派员再勘；塔尔哈台，得于崇厚、明谊所订两界之间，酌中勘定；嘉峪关通商，得仿照天津办理，西安、汉中两路及汉字均删去；松江行船，因珲条约误指混同江为松江，又无画押之汉文可据，致俄人历年藉，久之始允将专条废去，声明珲旧约如何办法，再行商定；增设领事，俄人请设乌鲁木齐一，总署命再商改，始将乌鲁木齐改为吐鲁番，馀俟商务兴盛时再议增设；天山南北路贸易纳税，将原约“均不纳税”字改为“暂不纳税，俟商务兴盛再订税章”此外，偿款，崇厚原约偿五百万卢布，俄人以伊犁南境既已让还，倍原数，久之始允减定为卢布九百万。纪泽又以此次改约并未用兵，兵费之名绝不能认。于是将历年边疆、腹地与俄人未结之案，有应赔应恤者一百九案，并其中，作为全结。又于崇厚原订俄章字句有所增减。如条约第三条删去伊犁已俄籍之民，华贸易游历许照俄民利益一段；第四条俄民在伊犁置有田地，照旧业，声明伊犁迁之民，不得援例，且声明俄民业既在贸易圈外，应照中国民人一完纳税饷；并于第七条伊犁西境安置迁民之，声明系安置因俄籍而弃田地之民；第六条写明所有前此各案，第十条吐鲁番非通商岸而设领事，暨第十三条张家无领事而设行栈，均声明他不得援以为例；第十五条修约期限，改五年为十年。章程第二条货包件下添讠主牲畜字样，其无执照商民，照例惩办，改为从严罚办；第八条车脚运夫，绕越捷径，以避关卡查验，货主不知情，分别罚办之下，声明海通商及内地不得援以为例。是为收回伊犁条约。又同时与俄订陆路通商章程。七年正月，与俄外尚书吉尔斯及前驻京使臣布策，在俄都画押钤印，旋批准换约。七月，贺俄君即位，递国书。索逆犯白彦虎等，俄以白彦虎等犯系属公罪，不在条约所载之列，不允还，允严禁。

寻命伊犁将军金顺、参赞大臣升泰接收伊犁。八年二月，接收讫。金顺驻绥定城。升泰会同俄官勘分地界，并以哈密帮办大臣长顺会办西北界务，里坤领队大臣沙克都林扎布会办西南界务。四月，俄人带兵潜科布多所属哈河，清安等以闻。因言图内奎峒山、黑伊尔特什河、萨乌尔岭等形势，与积年新旧图说不符。朝旨命就原图应勘之，力与指辩，酌定新界。

十一月，分界大臣长顺等与俄官佛哩德勘分伊犁中段边界。先是距那林东北百馀里之格登山有宗平准噶尔铭勋碑，同治三年已画归俄，至是争回，立界约三条。