串意料之外的机缘所促成。

1582年张居正逝世之后，继任者为张四维。但是不一年，第二位张阁老的父亲也不幸去世。当时自然不能再来一次“夺情”张四维只能离职丁忧。在此离职期间，申时行代理首轨但是张四维本人在居丧将要满朝的时候又突然患病，而且一病不起。以前较申时行资望重的大学士自和吕调也已病死，这样，命运就把资格最浅的大学士申时行推到了最前面。

1587年，申时行官居首辅已4年。他自称未老先衰，其实力正旺。他的父母去世多年，所以没有丁忧的顾虑。他为人温和谦让，没有几位前任那趾气扬的姿态。王世贞所作《内阁首辅传》称他“蕴藉不立崖异”就是说他中富有积蓄，但是不近悬崖，不树异帜。这一评价在恭维之中寓有轻视的意味。而申时行的温和谦让，却也始终投有能使他能在政治风狼之中置事外。他以后被卷争端，退维谷，直到提解呈11次之多，才能奉准退休。

申时行由张居正的推荐而阁，表面看来，这一对他关碍不，因为1582年前后，在中枢任要职的几乎全为张居正的私人。申时行和张四维不同，他以才取得张居正的信任，而不是以诌媚见用。在张居正死后，他承认张居正的过错，但并不借此夸大前任的过失，作为自己执政的资本。其间差异既为同僚所知，也为皇帝所了解。

申时行和其他绝大多数的大学士一样，于政府中执掌教育和文墨的门。1562年，他在299名殿试及第的土中名列第一，即得中状元，并例授翰林院修撰。此后他在翰林院任职达15年，官至待读，并升转兵及利侍郎，在职仅7个月，即被命为大学士。他和张居正、拱一样，未曾就任北京以外的官职。

难一个人熟读经史，文笔华，就备了在御前为皇帝作顾问的条件？难学术上造诣厚，就能成为大政治家？25年前，翰林院修撰徐时行（当时他尚未姓申，仍袭用外祖徐姓）也曾对这些问题发生疑惑。但是今天的大学士申时行对此早已涣然冰释，理解了其中的微奥妙。因为我们的帝国在制上实施中央集权，其神上的支为德，理的方法则依靠文陵。

多年的翰林生活更使申时行对这些问题的理解逐渐加。翰林院的官员替皇帝撰写浩敕，浩敕的接受者总是孝贤孙，同时也是光远大的父母或是能够周济邻里领导地方的正人君。执掌文墨与教育的官员也向皇帝反复说明，为人君的职责是在使人民在丰年得以温饱，凶年不致填于沟壑。他们也要阐明三代以来的王至今依然适用，即一个良好的政府务必选贤任能，同时在社会上提倡诚信与和谐。总而言之，德至无上，它不仅可以指导行政，而且可以代替行政。至于的技术问题，例如一个蛮夷酋长当抚当剿的得失，使黄河南移或北迁的利弊，边区条易折换率的调整，等等，自然也很重要，但这是属于各地总督巡抚的范围，他们理应提建议。本朝传统，所有的建议仍当奏请皇帝批准。然则用人适当，各地总督巡抚都是众望所归，他们的建议，也必为上策佳计，所有奏请，必然会得到批准。所以归结底，技术问题仍与德问题不可分离。