收到这个消息三桂没有什么特别的反应，这结局早在他的意料之中。没想到李自成到来还是这样一个死法，他叹了气，随后发布军令，将追杀李自成的几路骑兵大军召回京师候命。

接下来，三桂把全的力都用在了整顿军备上，为统一天下足了准备。而此时李自成遗留在北京城中的大量财宝及粮草资等倒起到了很大的作用。

又过了几个月，到了钟毓三年（1646年）三月，北方冰雪季节已过，正是开之时。而三桂经过几个月的时间也已经整兵砺完毕。于是他上奏钟毓帝，请求兵西南川中，清剿盘踞在那儿的张献忠所。顺便将各地活跃的小义军俱都剿灭，以还天下太平。

钟毓帝准奏，并封辽国公吴三桂为天下兵大元帅，全权负责清剿残留在各地的义军匪患。三桂领旨，随后将朝政暂时托付给重新朝任职的首辅大臣洪承畴、兵尚书祖大寿、吏尚书金星和尚书徐过等人。自己则亲率骑兵十万，步兵十五万，共计二十五万大军浩浩的征南下。

而此时张献忠已经在川中的成都称帝，建国号“大西”改元“大顺”并以成都为西京。拥兵数十万，实力盛一时。当三桂亲率大军四川后，张献忠依然没有将其放在内。并对手下众将夸要亲手替闯王复仇。随后他亲率大军直成都主动向三桂的军队击。双方激战于彭山的江，三桂先是利用各犀利的爆炸武打了张献忠一个措手不及，随后又使用新开发研制不久的地下石油围堵住张献忠的军队，最后趁其不备燃起一把大火。令张献忠数十万大军惨败于火攻之下，使其伤亡惨重，大败后退回成都。

三桂接着率军围攻成都，不给张献忠一丝息的机会。只用了短短两日，三桂大军便利用炸藥炸塌了城墙及城门，一举攻成都城。张献忠再次大败，只率数千残仓惶逃成都。而三桂则追不舍，终于在追到川西北充县与盐亭县界的凤凰山坡时将张献忠残拦截。而张献忠死到临兀自不肯归降，依然想困兽之斗。三桂一声令下，数十万大军手榴弹、火箭、弓弩齐发，只过了不过一刻钟这数千残兵便全数被炸亡。而张献忠自然也没能逃得脱劫难。

就此彻底平定了四川，三桂在大胜之后率军返回，途中又不断的派各路军队清剿各地的小义军、山贼及匪患，共计剿杀、收服了七八万人，这才安然返回京师。从此天下基本已经安定下来。

了北京城，三桂受到了全城百姓的情迎。而满朝文武更是被下旨亲自步行到北京城门迎接三桂大军凯旋。

接下来由钟毓帝亲自在皇内举行了盛大隆重的晚宴，所有的王公贵族、皇亲国戚、达官贵人以及各路的战将均有份参与席。气氛空前的烈。