令则负责南洋地区的理，由南洋舰队负责支援与合。西洋战区司令负责西洋地区的军事理，主要由西洋舰队合。大西洋战区司令则负责大西洋战区的理，由大西洋舰队合（后来也分成了南大西洋与北大西洋两大战区）。

可以看得来，这五大舰队与五大战区实际上是基本上重合的，都有所归属的舰队，以及所理的地区。而且，从整机构来说，战区司令，其实就已经备了一定的行政职能，其理权，在很多时候，其实现的是帝国中央政府的行政理，而不是军事理。虽然这理系稍微显得有复杂，不过对于当时的帝国海军所担任的角来讲，这却是非常有必要的，而且到了数百年之后，战区系，以及舰队系已经成为了明帝国对海外地区统治的标准方式，并且以此化了帝国海军在海外作战方面的大优势！

为了增帝国海军的这一优势，朱祁钰还在五大舰队司令下面，单独设置了五大陆战队司令兰从指挥权限上讲，陆战队司令是隶属于舰队司令的，一般的情况下，陆战队的司令官都将担任舰队副司令，并且负责全权指挥远洋地区的地面作战行动。而这一制，也极大地增了海军在远洋地区的作战能力，并且在很大的程度上摆脱了对陆军的依赖。除了大规模的全面战争之外，海军完全可以利用陆战队与舰队应付各规模的冲突，而让陆军没有手的机会！

除了陆战队司令之外，在各大舰队还分别设置了后勤保障司令，同时在海军司令下也设了相应的机构。这也是海军的另外一大特。陆军的后勤保障是集调的，往往要集中所有的后勤队来保障一个重要方向上的作战行动。相反，海军的后勤保障队是属于各个舰队单独调的，并且能够在该舰队的方向上为舰队作战提供足够的支持。当然，也因为各大舰队所行动的区域离帝国本土的距离，或者是离后勤资储备地的远近，而属了不同数量的运输船队。另外，海军司令下属的后勤保障司令则负责向各大战区运送作战资，以此形成了两级后勤保障系，以求尽量减少运输船只，尽量合理地使用运输船只！

朱祁钰为了建立起这一整的海军系，费了大的功夫。这也完全现了海军的侧重。与陆军不同，陆军往往是以卫戍为主的，特别是在大规模战争结束之后，陆军军团的卫戍任务是非常重要的。相反，海军因为其作战行动的特殊，所以其卫戍任务并不是最重要的，其本仍然是作战行动。也正是如此，所以海军在整编制方面都侧重于作战行动，一切都以发挥海军舰队，以及陆战队的战斗力为主！

当然，海军本的局限决定了，即使皇帝为海军制订好了这完善的，在当时甚至可以说是完的编制系，不过因为缺乏足够的优秀人员，所以帝国海军用了足足十多年的时间，才最终建立起了这完善的指挥与理系。可以说，在当时，帝国海军缺少的就是人才，只要有足够的人才，帝国海军就能在这完善的指挥与理系中发挥大的战斗力来！