骑将军，持节护突厥。

四月，颎命上国赵仲卿率兵3000为前锋，大破突厥，都兰可汗败逃，后被其下所杀。杨素军在灵州以北地区与达可汗遭遇，也大败突厥，达可汗带着重伤逃跑，其众死伤不可胜数。

十月，隋册封突利可汗为启民可汗，并赐于武安殿。隋文帝选善者十二人，分为两队。启民可汗说：“臣由长孙大使得见天，今日赐，愿其朋”(《隋书-长孙晟列传》)。隋文帝同意。启民可汗给长孙晟六支箭，发发皆中，结果启民可汗一队获胜。时有群鸟飞过，隋文帝对长孙晟说：“公善弹，为我取之”(《隋书-长孙晟列传》)。结果十发皆中，鸟应而落。是日，百官得赏，其中长孙晟居多。

随后长孙晟率5万人(此《隋书-长孙晟列传》记载为5千人，而《北史-长孙晟列传》和《资治通鉴-卷第一百七十八》记载为5万，这里以后者为准)在朔州西北筑大利城(今内蒙古和林格尔西北土城)给启民可汗驻守，令其招抚突厥其它落。从四月至此，前后归附者万余，其中包括都蓝可汗之弟都速等。长孙晟将归附之人全安置妥当，从此突厥归附。可以说长孙晟为分化瓦解突厥，促民族合起了重要作用。时安义公主已卒，隋文帝又派长孙晟持节送宗女义成公主嫁给启民可汗。

长孙晟又上奏说：“染落归者既众，虽在长城之内，犹被雍闾抄略，往来辛苦，不得宁居。请徙五原，以河为固，于夏、胜两州之间，东西至河，南北四百里，掘为横堑，令其内，任情放牧，免于抄略，人必自安”(《隋书-长孙晟列传》)。此举得到隋文帝的同意。

十二月，突厥都兰可汗被下所杀(都兰可汗被杀的时间《隋书-长孙晟列传》和《北史-长孙晟列传》均记载为开皇二十年，有误，这里以《隋书-祖纪》《北史-祖纪》及《资治通鉴-卷第一百七十八》中的记载为准)，其落大。为挽救突厥颓势，达可汗自立为步迦可汗。

长孙晟乘机上奏说：“今王师临境，战数有功，贼内携离，其主被杀，乘此招诱，必并来降，请遣染下分招”(《隋书-长孙晟列传》)。隋文帝许之，都兰果然尽来归附。

步迦可汗得此消息后，大为恐怖，遂于开皇二十年(600年)四月率兵犯隋边。隋文帝命晋王杨广、尚书右仆杨素灵州(治回乐，今宁夏灵武西南)，汉王杨谅、国史万岁朔州(治善，今山西朔县)，合击步迦可汗。文帝诏长孙晟为秦川行军总，率突厥归附各为前锋，随与晋王杨广征。时步迦可汗正与杨广对峙不下，长孙晟由于熟悉突厥民俗风情，知其人均需饮用泉，便献计说：“突厥饮泉，易可行毒”(《隋书-长孙晟列传》)。于是命人在泉上游撒放毒药。突厥人、畜饮后很多被毒死，人心惶惶，在惊：“天雨恶，其亡我乎”(《隋书-长孙晟列传》)？遂连夜遁逃。长孙晟率追击，斩杀突厥千余人，俘百余，六畜数千。杨广大喜，遂引长孙晟内帐，把酒言。时有突厥达官来降，坐在帐内，说“突厥之内，大畏长孙总，闻其弓声，谓为霹雳，见其走，称为闪电。”杨广笑着说：“将军震怒，威行域外，遂与雷霆为此，一何壮哉”(《隋书-长孙晟列传》)！凯旋回京后，授长孙晟上开府仪同三司，并再次还大利城，安抚新归附之众。

步迦可汗逃至大斤山(即今内蒙大青山)时，与史万岁一路隋军相遇，结果大败，慌忙引军回撤。不久，步迦可汗又派他的侄俟利伐从沙漠东面攻打启民可汗，隋文帝再次发兵协助启民可汗防守军事要，俟利伐只得退沙漠。启民可汗大为动，表示愿千世万代永为隋臣。