荷兰人意外地发现了两名西班牙传教士，于是如获至宝地献给德川幕府。幕府经过审讯后，将平山常陈和两名传教士全都以火刑，其余十二名船员也尽皆死。

从此宗教迫害扩大为贸易限制，牙人首先遭到驱逐，然后是英国人，最后在宽永元年严禁西班牙船只来航。日本船只除朱印状外，还必须得到“老中奉书”才许海，居住在外国地日本人也一律严禁归国，归即死。

日本就此基本断绝了与欧洲地贸易，唯一例外地是荷兰人，荷兰东印度公司在日本设置了分公司，向幕府保证绝不传播基督教，同时荷兰商船一到日本，商馆馆长立刻向幕府提《荷兰风说书》，报告海外情况。但即便是荷兰人也只准在长崎的岛建造商馆，而不得踏日本内地一步，就连中国船也只准停泊在长崎港，可以说，整个日本只有长崎一地是半对外开放地，幕府通过直接统治长崎而垄断了所有对外贸易。

后来因为大明主动提两国通商贸易，德川幕府迫于压力，因此陆续开放了大阪、川崎等数个港，荷兰也因此而得益，荷兰东印度公司日本分公司也因为大明与日本的贸易中飞速扩张，获得了空前大的利益。

尤其是大明转卖过去的玻璃镜、丝绸、茶叶等大明国内特有的品让荷兰商船赚了个大满贯，现在的欧洲行的大明服装、珠宝首饰、饮茶、白酒等等几乎都是由荷兰人在经营，所获得利然更多的荷兰人购买海船，招募手前来神秘的东方淘金。

可以说在某程度上，大明在改变着日本从天启四年实行的“闭关锁国”政策！

由于国内的气氛和条件，大明一开始与荷兰直接行面对面的贸易是不可能实现的，大明也不可能跟荷兰人主动示好，所以选择了日本这个板，荷兰人由因为幕府本的政策几乎垄断了日本对欧洲的贸易，而西班牙只能瞪着不能直接日本与大明经行贸易，看着荷兰人赚取大量的法郎、英镑！

对于荷兰人来说，大明一天不中断日本作为贸易板，他们享受一天独家生意，而一旦西班牙人与大明建立直接面对面的贸易关系，大明就没有必要需要通过日本这个板而直接获得更多的利，这对大明来说绝对是非常有利的，但对荷兰人来说，他们的有事将然无存，以前甚至可以恶意压价的行为将不会存在。

不过荷兰人也不笨，日本作为板的功能在很长一段时间内还是会存在，因为西班牙人与大明的关系也并非那么亲密，在大明的里，他们和自己都是南蛮，一群未开化的南蛮，而且生意也不应该把所有的放在一个篮里。

只是荷兰人没有想到的是西班牙人居然有那么大的魄力，直接把自己辛辛苦苦打下来的基业送给大明，以换取大明在贸易的更多的优惠，而这一才是让荷兰人利益受到重创的关键。

荷兰人要么持自己的政策，继续施行威大明妥协的政策，但这一条似乎本不可能了，大明在东亚的实力已经远远超过了荷兰，如果在算上西班牙的，他们这就是在自讨苦吃；剩下就只有一条路，那就是学西班牙，放弃荷兰在台湾南的领土利益，换取大明以同等对待西班牙的待遇对待大明。