之地，拥有左右形势的大实力才是第一位的。为此，林云决定双齐下。一方面，据已经取得的抗击八国联军的胜利。宣布义和团即日起改编为义和军，统一受西北大营指挥。另一方面，下令各勤王军队各自回师“以应局势之变而后动也。”对于革命党的暴动，林云采取了摸棱两可的模糊态度。这就使得南方保守势力难以力来对付自己。从而赢得一段宝贵的发展时期。

改编义和团，当然不是下一纸命令就能够办到的。林云清醒的意识到，要建立一支大的军队，必须发展一个由军官和军士组成的很有效率的心，能把一大批新兵和后备军组成一支优秀的战斗力量。等战争爆发时，就能使这些人结合在受过良好训练的职业士兵组成的心周围。而义和团的复杂背景，显然不适应这样的方式。所以对于义和团的改编，仅仅是名义上的改编，其目的不过是为了保留其华分，而让大批的农民去他们本应该的事情…地。

借助于赢得抗击八国联军胜利所取得的大声望，林云相信在改编义和团的事情上不会遭遇太大的阻力，而从康殷文给自己来的密信中，林云也加了对于改编的信心。

由八国联军侵所引发的动形势并不会随着战争的结束而立刻平息，但有一是肯定的，那就是大规模的冲突已经没有了，这就使得在战争中暴来的问题急需解决。这些问题时常冒来纠缠着林云，让他颇无奈，必须立刻再组建一个幕僚班，否则的话，自己将被这些事情淹没的。

很快，以杨度为首的幕僚班就建立了起来。其效率甚至比林云预想的还要好些。很快，义和团的几支大团被改编为义和军…他们得到的命令是到东北去担任运输后勤的任务。而其他的零散的小团脆解散了，没了外国人，您也就别闹腾了。

孙文组织的暴动又一次遭到了失败，这个消息对林云来说并不到意外，相对来说，李鸿章在上海病势的消息，才让他到非常突然。

闻讯之后，林云即刻请光绪下旨吊，语云：“奉懿旨，略谓历年国家之变，该大学士忠诚忍，力任其难，宗社复安，朝廷攸赖。近日因病，然经降旨问，该大学士力疾从公，忠靖之忱，老而弥笃。乃骤患咯血，遽尔不起，艰危之，失此石重臣，曷胜怆恸！前已加恩云云。着再赏银五千两治丧，立功省分建立专祠；政功战绩，宣付史馆…”

对于李鸿章，林云其实并不怀有私人情上的嫌恶，只是对于其“历史局限”抱着一些同情罢了。他个人并非卖国求荣之徒…以他当时的份地位，已经无须如此了，他只不过是个想让这个烂的朝廷能残求存的老人，对于富国兵，他又何尝不是在一直努力？虽然他的努力最终以失败而告终，但是也为近代中国的现代化，埋下了，也许，这也是他对未来最大的贡献吧。

少了李鸿章，南方督抚们并没有受到任何实力上的损失，对于提自己步军中的张之，林云此时的心中也充满了矛盾。

一方面，他知张之对于清王朝的忠心，并由此而对自己产生的敌意。另一方面，他也明白张之在某些方面，有着和自己想同的理想。从他的行为中，不难看，他亦对大中华报着相当的情，而他所的环境与现在的地位，又不能和自己走一条相同的路。