王化贞的大臣们立即上书要求严惩王化贞。天启皇帝当然十分恼怒，议后将王化贞捉拿下狱，熊廷弼被革职还乡，听候理。后来熊廷弼觉得自己一是理，若待在老家，恐遭朝中政敌陷害，便从老家返京城，怀着十二分的自信，请求惩自己。

也许他当时以为，广宁失守与自己毫无关系，并且恰好验证了自己当初主张的正确。令他无论如何没想到的是，反对他的一些大臣和阉党们的相互呼应，竟将他与王化贞同罪论，逮捕狱，御史梁梦环诬其贪污饷银十七万，御史刘徽告发说熊廷弼家资百万，但抄家后哪里有十七万，当然也就更谈不上百万了。

宦官魏忠贤却下令严追，负责此案的官吏们竟将其姻亲的家也抄了。江夏知县王尔玉说熊廷弼家中有貂裘珍玩，再搜家，仍是一无所获，便要将熊廷长熊兆圭捉拿拷问，熊兆圭不堪其辱，自刎而死。母亲为其喊冤，知县王尔玉竟将其两个丫环绑在县衙前，脱去衣服，鞭刑四十。

人们对王尔玉的逆行愤恨不已，对熊廷弼寄于无限的同情。而熊廷弼先于王化贞被叛死刑，颅被传首九边，下场十分悲惨。崇祯皇帝登基，有大臣为熊廷弼鸣冤，请求为其昭雪，但没有得到崇祯的同意，一直到了崇祯三年，崇祯才开恩准其儿收熊廷弼骨安葬，但却没有昭雪。

其实，认真说起来，熊廷弼的死，并不冤枉。广宁城失陷，他的确是有很大责任的。他是辽东经略，丧师失地，绝对是有领导责任的。而且，广宁失守时，鞑军当时仅仅取得了西平堡、平桥之战的胜利，他们距广宁还有二百多里。西平堡战役给鞑以重创，平桥之战开始时，明军将鞑杀得大败，鞑的士气不可能不受挫。

熊廷弼此时在什么地方呢？在闾驿。此距广宁一百余里。熊廷弼手中尚有五千兵，如果熊廷弼能像他第一次就任辽东经略时那样，收集亡，鼓舞民众，很快就会聚集起两三万人。广宁城虽然落到了孙得功手中，但如果熊廷弼率领众将，杀向广宁，以朝廷经略和巡抚的名义，向城内军民申明大义，完全可以将广宁夺回来。

当时，熊廷弼边的几位官员，也都建议他速速军广宁，但是他并没有采纳。显然，熊廷弼是有意思故意弃守广宁城的。退一步讲，他既使不去夺广宁，周围还有许令城堡可守嘛，熊廷弼驻扎的右屯卫（即大凌河城）就是其中一个。

如果他能如罗一贯那样激励将士，命他们各自死守，作殊死一博，每城都将重创敌兵，如此一来，也许战局会发生变化。令人不可思议的是熊廷弼竟下了尽弃关外诸城堡退向关内的荒唐决定。这是可耻的逃跑，质绝对是非常恶劣的。此令一下，至使大片领土落陷，百万生灵涂炭。

令人敬佩的是监军佐并有随熊廷弼逃跑，而是抗命前行，带着永、厚两个仆人了空的松山城。此时鞑兵正向松山杀来，他对两个仆人说：“我受国家厚恩，义不偷生，誓死以报，你们要收吾骨，归故里，以见我的母亲，要将我葬在我的父亲墓旁，要让父亲知他的儿是为国家危难而亡的。”说完就要上吊自尽，两个人跑在地上苦相劝，佐不听。他沐浴后穿上官服，向京城方向叩拜，自缢而死。

仆人永对厚说：“主人待我不薄，我不忍心见主人一个去死，我要侍奉主人于地下。”说完也跟着主人去了。厚跪泣：“我若再死，谁来安葬主人？”于是他将主人和永的尸火化后，背上他们的骨千里迢迢返回了广陵（今扬州）。