蒋遂于一九二八年八月八日借在南京召开国民党二届五中全会之便，抛“军事整理案”以冀同化异己队，声称应自“军政时期”迈向“训政时期”以党治国，并据此提议撤销各地政治分会。但是政治分会之设立，缘由蒋于二届四中全会上主动提，并有案保留至三大召开时再决定。蒋之猴急，自难以自圆其说，于是借二届五中撤销政治分会的企图，只好落空。“军事整理案”虽然列议程，前途未卜。蒋之中央与地方角力，顿成僵持之局。此时适胡汉民回国，亦倡言党权，主张取消政治分会，其动机或与蒋有异，然近程目标一致，令蒋颇有如虎添翼之喜。国民党中执会常务会议乃于十月三日通过“训政纲领”以及“中华民国国民政府组织法”并于十月八日产生新的南京政府。蒋介石任国府主席，谭延任行政院长，胡汉民任立法院长。冯玉祥以行政院副院长兼军政长，李济任参谋总长，阎锡山任内务长，李宗仁任军事参议院院长。各政治分会主席一网打尽，尽成中央大员，表面上呈现空前团结。蒋遂于十月十日国庆日率领五院院长在南京宣誓就职，敦促未京人员尽速上任，彼离窝尔后毁其巢，然离窝其难也。

蒋任主席后，第一件要事就是委任军事训练总监何应钦，积极筹划“全国编遣会议”的召开，亦即是“军事整理案”之实施。统一之后，军队需要编遣，无人置疑，亦得人心，但如何编遣却矛盾丛生。我们觉得蒋要开此会议，原无解决问题的诚意，因无论冯玉祥存良的建议，或阎锡山平均分的建议，皆非其所愿。他真正想要的是一家通吃，只是不便明言而已。是以开会仅仅是台面上的活动，台面下则另有动作。

全国编遣会议于一九二九年的一天举行开幕典礼，各集团军总司令与总指挥等六十余人，一起与会参议。蒋介石在会上了“关于国军编遣委员会之希望”的专题报告，他希望四个集团军，效法明治维新时代的长州、萨、土佐、前四雄藩，于大功告成之后“明大义，毅然决然奉还大政，归命中央”以及“化除藩兵，改编国军”统一与集中之后，才能建设现代化国家云云，其意图已甚鲜明。他一心一意要别人“明大义”归还大政，却忘了自己只不过是雄藩之一，自己不率先功成不居，奉还大政，如何教人仿效？反而以明治天皇自居，岂不让其他三雄藩窃笑？然而蒋到底成竹在，故讨论时让各藩争吵，而以仲裁自居，编定《国军编遣委员会行程序大纲》，以收军权于中央，如取消集团军司令，听候编等等。但阎、冯等并不满意，主张先休整尔后编遣。结果开了二十六天的会，并无定案，反而激化矛盾，也许正是蒋所预期的。

一如借编遣会议想独揽军权，蒋拟纵国民党第三次全国大会以独揽党权。他在胡汉民的支持下，决心蛮。只因国民党改组派分反对蛮，他竟以氓手法大打手，攻击改组派会场，砖石飞，抢夺文件，使许多人受伤，造成“三一四事件”事后蒋脆包办大会，其他三集团军总司令均不席，李济则被骗到南京后遭扣留，成为蒋、胡清一的国民党三大，决议十分右倾，同时表达了蒋介石集中党权与军权的决心，并预示将不择任何手段，达到目的。国民党内的决裂已不可避免，文争武斗接踵而至，以至于演成大规模的战争。

蒋介石想当明治天皇，必须各个击破，若其他三个集团军联手反击，则必败无疑。所以他暂时敷衍北方的阎、冯，首先向桂系第四集团军开刀，冯玉祥于一月中旬即对此表示忧虑，有谓：“此次北伐成功，乃各集团同心协力之结果，一集团不应企图消灭第四集团也。”(《冯玉祥日记》第二册，页五六四)蒋介石号称讨逆，指控桂系违抗中央，其实是中央有计划的削藩行动，所谓加之罪何患无辞。李宗仁自统一广西，促成北伐，率八桂弟兵北武汉，东下京沪，战功辉煌，造成声势浩大的桂系势力，及击败唐生智，更兼有两湖，兵力益增，至第二次北伐时，形成庞大的第四集团军。白崇禧以前敌总指挥，自武汉长驱京津，分享完成北伐之功。功既足以震主，而李、白虽以蒋为上司，并不事事迁就，羽既丰之后，更以方面自任，犹若雄藩。但是蒋自始至终视李、白等为异己，即于共患难时