行了拼死抵抗，然而由于兵力火力对比大悬殊，只好决定率青壮年退守山林，并命各社老弱密林避难。一些老弱和妇女为定亲人奋战到底的决心，依据本族风俗，纷纷在密林中自缢。

莫那率众退山中的岩窟中行守。这个岩窟凭借天险易守难攻。中有且存有粮。日军的大炮等重武无法施展，莫那还不断率勇士击，袭击不熟悉地形的小日军。

日军一时无法取得展，先派人前去招降，为莫那所拒绝；继之又挑动与赫坡等社结有宿怨的万大、陶珠亚等原住民落攻，也未能奏效。起义民众在中持了一个月，存储用光。

日军见屡攻不下，于是决定采取最野蛮的手段，利用飞机先后投了8oo多枚毒气弹，致使起义民众死亡惨重。

莫那认为最后时刻已经到来，走最隐蔽的密林之中自杀，尸几年后才被现。冈一郎先杀死妻，然后剖腹自杀。冈二郎令其妻逃往娘家，和其族中勇士也自杀而死。

“雾社起义”至此失败。“雾社起义”使日本统治者大为震惊。为了杀一儆百，日本民者使用了最残忍的手段行报复。不但将参加起义的诸社村落夷为平地，还对许多无辜的民众行屠杀，并将人砍下，以展示他们讨伐“凶蕃”的“赫赫战功”

赫坡等参加起义的六个社原有14oo多人，经过日军的屠杀，仅剩下5oo余人。尽如此，日本当局还要对他们斩尽杀绝。

日本当局先将六个社的目十余人以主谋的罪名加以拘押，然后秘密地全决。六个社余下的人，当局将他们集中迁往雾社的罗得夫、西岛西社严密看，并暗中唆使陶珠亚落行报复。

陶珠亚落携带日本当局借给的枪械，冲这六社残余众的栖息地。六社余众手无寸铁，面临突袭，只有束手待毙。结果又有25o余人被杀。经此屠杀后，六社仅剩第二次雾社事件”

日本当局对于他们还不放心，又迫他们迁离雾社到埔里北面的川中岛，继续行持续的压迫。1937年这六社残众只剩下23o人。

自日本占据台湾之后，民当局采取了所谓“威抚并用”的“理蕃政策”这个政策的中心是通过建立最为野蛮的警察制度，使用最残忍的屠杀手段来迫使原住民屈服。

即使是所谓“教化”，也同样是通过压手段来实现的。所以像雾社这样的所谓接受民当局“教化”的“模范蕃地”爆反抗也就是必然的了。

“雾社起义”是反抗日本民当局残酷统治和压榨政策的一次大爆。雾社参加起义的诸落只有千余人，却敢于起来反抗民当局。面对凶恶的民者，宁可战死也不投降。

这充分说明了包括原住民在内的台湾民众反抗日本民统治的不屈不挠神。日本当局为了尽快地镇压起义，不惜动用包括毒气弹在内的武对付只有非常简陋武的起义民众，更加显示日本在台湾统治的残暴。“雾社起义”对民当局的打击也是很大的。当局使用毒气的行径，遭到岛内岛外的同声谴责。