夹在北方的希克索斯王朝和它的努比亚盟友，南方的古什之间，100多年在沉闷和不作为中度过。到公元前1555年，底比斯的军队终于大到可以挑战希克索斯王朝。冲突持续了30多年，法老陶二世和卡斯最终打败了努比亚人。卡斯的继任，雅赫斯一世成功地在一系列战役中让希克索斯王朝永久地退埃及的历史舞台。之后的新王国时期，军队成了优先考虑的心问题，法老们籍此扩张埃及的疆界，维护他们在近东的优势。

新王国时期，新王国的法老们通过维护边境安全和加与邻国的外确立了一个空前繁荣的时代。图特斯一世和他的孙图特斯三世时的军事征服让埃及的势力扩张到叙利亚和努比亚，巩固了人民的忠诚，打通了急需的铜和木材的通。

新王国的法老们推崇太神阿蒙，开始大兴土木，对它的崇拜的基是卡纳克神庙。法老们还修建了一些纪念碑为自己的成就增。

两位法老之间上台的是女法老哈特谢普苏特，她通过宣传使自己的权力诉求合法化，她统治时期的特是停止对外战争，派遣商业探险队联络庞特，开展与邻国的贸易，以及修建了位于卡纳克的典雅的停灵庙，一对型方尖石塔，一个小礼拜堂。尽取得很大的成就，但在她死后，她的过继外甥图特斯三世大量毁掉刻有她名字和形象的塑像，希望抹去这位篡位的母后的统治痕迹。

约公元前1350年，阿蒙霍特普四世人意料地登上王位，开始了一系列激且无秩序的改革，危险到新王国的稳定。他改名埃赫那顿，将以前不起的太神阿吞捧为最的神，禁止对其他神的崇拜，打击了僧侣集团的权势，还将首都迁往新城埃赫塔顿。

他对外国事务置若罔闻，全神贯注于他的新型宗教和艺术风格。在他死后，对阿托恩的崇拜很快被禁止，首都迁回了底比斯。后来的法老图坦卡蒙，伊特努特？阿伊，哈海布迅速抹去了阿孟和四世的所有记载，这段短暂的时期被称为阿尔那时代。

第十八王朝结束于最后三位法老图坦卡蒙、伊特努特？阿伊、哈海布，他们死后都没有后裔。18岁的拉西斯二世，或称拉西斯大帝，于公元前1279年继承王位，他是埃及历史上修建神庙、树立方尖石塔、生育女最多的法老。

大胆的军事领袖，拉西斯二世率军抵抗赫梯的侵，双方在卡迭石战役中死伤惨重，最终在约公元前1258年缔结了有史以来第一份被记载的和约。埃及的财富让它成为侵略者，尤其是利比亚人和“海洋民族”垂涎的目标。起初军队还能抵御这些侵略，但埃及最终失去了叙利亚和勒斯坦。外患在**、盗墓贼、动等内问题辅助作用下急剧恶化。底比斯的阿蒙神殿大祭司们聚敛了大量土地和财富，他们势力的膨胀在第三中间期分裂了国家。

第三中间期，公元前1078年，拉西斯十一世去世，斯蒙迪斯一世取得埃及北方的统治权。南方则在底比斯阿蒙神庙的大祭司的有效统治下，后者仅在名义上承认斯蒙迪斯的权威。这一时期，利比亚人已经在三角洲西地区定居，移民的首领们开始逐步取得自治权。公元前945年，利比亚王舍顺克一世控制了三角洲地区，建立了所谓“利比亚王朝”或“布斯提斯王朝”，即第二十一王朝，持续200多年。舍顺克也通过将自己的家族成员安置在重要僧侣位置上控制了埃及南方。利比亚统治腐朽的同时，它在三角洲地区的对手开始在利安托波力斯兴起，库施危险于南。约公元前727年，库施国王耶侵北方，占领了底比斯，并最终占领了三角洲地区。