5月王芝祥到京之后，袁世凯因为唐绍仪的反对，加上不愿意在当时跟同盟会彻底闹僵了，而让其他人得了好，于是明面上委任他为直隶都督，暗地里却下令王占元等几驻扎直隶的将领不要与之合，同时大肆收买王芝祥的直隶军政府麾下官员。

随着几个月的恢复，又搬到了已经开始跟他不是一心的唐绍仪之后。14日，唐绍仪离职的第二日，袁世凯便示意下面有所动作。于是当天晚上，冯国璋、王占元等十余人联名上书袁世凯，声称直隶各路军队对都督王芝祥督直以来的无所作为十分不满，并表示治理位置十分特殊非有“声威兼著，在直隶有年，情甚孚，及军界素所仰望者，难资镇慑”

第二天，袁世凯便以军队反对为借，改委王芝祥为南方军队宣使，协助黄兴遣散南方军队。并针对直隶各团纷纷通电拥护王芝祥，令内阁致电署理都督张锡銮，不准各界“随意迎拒”

上海、南京、广州、南昌等南方各城市一片谴责声，更有人将唐绍仪辞职跟这件事情联系到一起，于是在报纸上公开揭袁世凯摧毁内阁，实行“拿破仑之目的”

王芝祥改委事件发生之前的‘唐绍仪辞职事件’便已经让同盟会籍的内阁成员觉到不满而打算辞职了。

7月18日，同盟会总再次召开会议，调“此次既系超然内阁，凡本会会员皆不得自由加，务使本会主张先后一致”同盟会这一行动，打了袁世凯企图利用同盟会为他继续装门面的如意算盘。因此，当蔡元培、宋教仁、王惠、王正廷等同盟会阁员，遵照党议到总统府向袁提辞职时，他并没有立即同意，甚至说“我代表四万万人民留君”蔡等当然辞，蔡并针锋相对回答说：“元培亦对于四万万人之代表而辞职。”7月19日，他们又联名致函陆，声明从即日起概不到院，从19日起概不到办事。袁无奈，只好批准蔡等四人辞职，但仍继续同盟会员阁。

袁世凯认为孙毓筠、胡瑛、沈秉堃三人有同盟会籍，打算拉他们分别担任教育、农林和工商总长。同盟会听说后极为愤慨。宋教仁发表谈话说：“袁世凯此举，系一政策。”同盟会本一面派魏宸组劝袁打消此念，一面于7月20日召开会议，作孙、胡、沈三人不得参加内阁的决定。然而，袁世凯除将胡瑛换成王人文外，仍执意拉孙毓筠、沈秉堃阁，而且不袁所料，还得到了共和党的支持。该党表示“以大总统信任之人组织内阁，各党不必涉”为保证参议院顺利通过袁世凯所信任的人选，共和党还极力拉拢统一共和党，许诺将支持位置该党的参议员为国务员。在共和党的引诱下，统一共和党为使殷汝骊、谷钟秀、吴景濂等人内阁，遂与共和党采取了完全一致的态度。这样就给同盟会限制袁世凯的正义斗争蒙上了一层党争的彩。

7月21日，袁世凯派陆到参议院要求通过所拟阁员补充人选。他们是财政周自齐，通胡惟德，司法章宗祥，农林王人文，工商沈秉堃，教育孙毓筠。同盟会本来不同意混合内阁，自然反对。统一共和党原抱阁希望，现竟无一人，自知受了共和党愚，同样愤愤不平。而共和党分议员也认为陆演说“言词猥琐”不总理。于是，陆演说后，同盟会、统一共和党当即于投票前“先提不信任总理问题”袁世凯闻讯，急忙致函参议院，提议暂缓投票。次日，参议院讨论投票与否，同盟会、统一共和党以袁函非正式咨文，不予承认，持投票。结果，袁所提六阁员，一律被否决，并演成全国的政治风。

在陆征祥组阁风中，同盟会抵制陆征祥的超然总理混合内阁，袁世凯指使军警威胁临时参议院，于7月24日行通过第二次阁员人选，同盟会抵制混合内阁的行动受挫。对于袁世凯北洋集团破坏民主政治的行径，南京军界主要将领在第一军军长柏文蔚主导下，以王芝祥领衔，联名致电袁世凯提严正抗议。同盟会领导人为了民国政局的稳定，尽量保持克制，没有发多少声音。