使署为吏。恽不谒，曰：“昔文王吕尚于渭滨，宗礼傅说于岩筑，桓公取仲于钩，故能立弘烈，就元勋。未闻师相仲父，而可为吏位也。非窥天者不可与图远。君不授骥以重任，骥亦俯首裹足而去耳。”遂不受署。

西至长安，乃上书王莽曰：

臣闻天地重其人，惜其，故运机衡，垂日月，元包一，甄陶品类，显表纪世，图录豫设。汉历久长，孔为赤制，不使愚惑，残人时。智者顺以成德，愚者逆以取害，神有命，不可虚获。上天垂戒，悟陛下，令就臣位，转祸为福。刘氏享天永命，陛下顺节盛衰，取之以天，还之以天，可谓知命矣。若不早图，是不免于窃位也。且尧、舜不以天显自与，故禅天下，陛下何贪非天显以自累也？天为陛下严父，臣为陛下孝。父教不可废，谏不可拒，惟陛下留神。

莽大怒，即收系诏狱，劾以大逆。犹以恽据经谶，难即害之，使黄门近臣胁恽，令自告狂病恍忽，不觉所言。恽乃瞋目詈曰：“所陈皆天文圣意，非狂人所能造。”遂系须冬，会赦得，乃与同郡郑敬南遁苍梧。

建武三年，又至庐江，因遇积弩将军傅俊东徇扬州。俊素闻恽名，乃礼请之，上为将兵长史，授以军政。恽乃誓众曰：“无掩人不备，穷人于厄，不得断人支，人形骸，放妇女。”俊军士犹发冢陈尸，掠夺百姓。恽谏俊曰：“昔文王不忍白骨，武王不以天下易一人之命，故能获天地之应，克商如林之旅。将军如何不师法文王，而犯逆天地之禁，多伤人害，及枯尸，取罪神明？今不谢天改政，无以全命。愿将军亲率士卒，收伤葬死，哭所残暴，以明非将军本意也。”从之，百姓悦服，所向皆下。

七年，俊还京师，而上论之。恽耻以军功取位，遂辞归乡里。县令卑崇礼，请以为门下掾。恽友人董张者，父先为乡人所害。及张病，将终，恽往候之。张垂殁，视恽，歔欷不能言。恽曰：“吾知不悲天命，而痛仇不复也。在，吾忧而不手；亡，吾手而不忧也。”张但目击而已。恽即起，将客遮仇人，取其以示张。张见而气绝。恽因而诣县，以状自首。令应之迟，恽曰：“为友报仇，吏之私也。奉法不阿，君之义也。亏君以生，非臣节也。”趋就狱。令跣而追恽，不及，遂自至狱，令刃自向以要恽曰：“不从我，敢以死明心。”恽得此乃，因病去。

久之，太守欧歙请为功曹。汝南旧俗，十月飨会，百里内县皆赍酒到府宴饮。时临飨礼讫，歙教曰：“西督邮繇延，天资忠贞，禀公方，摧破凶，不严而理。今与众儒共论延功，显之于朝。太守敬嘉厥休，酒养德。”主簿读教，曹引延受赐。恽于下坐愀然前曰：“司正举觥，以君之罪，告谢于天。案延资贪邪，外方内员，朋党构，罔上害人，所在荒，怨慝并作。明府以恶为善，肱以直从曲，此既无君，又复无臣，恽敢再拜奉觥。”歙惭动，不知所言。门下掾郑敬曰：“君明臣直，功曹言切，明府德也。可无受觥哉？”歙意少解，曰：“实歙罪也，敬奉觥。”恽乃免寇谢曰：“昔虞舜辅尧，四罪咸服，谗言弗庸，孔任不行，故能作肱，帝用有歌。恽不忠，孔任是昭，豺虎从政，既陷诽谤，又所言，罪莫重焉。请收恽、延，以明好恶。”歙曰：“是重吾过也。”遂不宴而罢。恽归府，称病，延亦自退。

郑敬素与恽厚，见其言许歙，乃相招去，曰：“廷争繇延，君犹不纳。延今虽去，其势必还。直心无讳，诚三代之。然不同者不相为谋，吾不能忍见有不容君之危，盍去之乎！”恽曰：“孟轲以其君之所不能为忠，量其君之所不能为贼。恽业已之矣。障君于朝，既有其直，而不死职，罪也。延退而恽又去，不可。”敬乃独隐于弋山中，居数月，歙果复召延，恽于是乃去，从敬止，渔钓自娱，留数十日。恽志在从政，既乃喟然而叹，谓敬曰：“天生俊士，以为人也。鸟兽不可与同群，从我为伊、吕乎？将为巢、许，而父老尧、舜乎？”敬曰：“吾足矣。初从生步重华于南野，谓来归为松，今幸得全躯树类，还奉坟墓，尽学问，虽不从政，施之有政，是亦为政也。吾年耄矣，安得从？勉正命，勿劳神以害生。”恽于是告别而去。敬字次都，清志世，光武连征不到。