们统帅军队的法度与别的将领不同，就要求自行结采纳，贡献匹及缣帛数百匹。世祖北上到中山，留耿纯在邯郸。恰逢王郎造**，世祖自蓟向东南奔驰，耿纯与从弟耿讠斤、耿宿、耿植共同率领宗族宾客二千余人，老者病者都载棺木相随，迎世祖于育县。拜耿纯为前将军，封耿乡侯，耿讠斤、耿宿、耿植都拜为偏将军，使他们与耿纯居前队，降下宋，又跟从攻下曲及中山。这时很多郡国都向邯郸投降，耿纯惟恐宗室心怀二心，就使耿讠斤、耿宿回去把宗室的庐舍都烧掉。世祖问耿纯为什么这样，耿纯说：“我看到明公单车来到河北，并无府藏之积蓄，可为重赏之甘饵，可以聚集众人的，只不过以恩德为怀，是以士众乐于归附。现在邯郸自立尊号，北州疑惑，我虽举族归命于明公，老弱同行，还害怕宗人宾客不同心的人，所以烧其庐舍，以绝其反顾的希望。”世祖叹息。到了阝，世祖止于旅舍，阝大姓苏公造**开城门放王郎将李恽内。耿纯先发觉，率兵与李恽激战，大破并斩了李恽。跟从平定邯郸，又破铜。这时赤眉、青犊、上江、大彤、铁胫、五幡十多万众都在犬，世祖引兵准备击。耿纯军在前，离众营数里，贼忽然乘夜攻耿纯，箭矢如雨营中，士卒多有死伤。耿纯勒令众，守不动。选敢死队二千人，都手持弩，各著三矢，令他们轻骑潜行，绕贼兵背后，齐声呼叫，弩并发，贼众惊走，耿纯追击，大破贼兵。

耿纯派遣快去禀报世祖。第二天一早世祖与诸将都到营，劳耿纯说“：昨夜很困吗？”耿纯说“：仰赖明公威德，幸而得到安全。”世祖说：“大兵不可夜间行动，所以没有相救。军营退没有常规，你的宗族不可全居军中哩。”就以耿纯同族人耿及为蒲吾长，令耿纯将亲属都住在蒲吾县。

世祖即位，封耿纯为侯。击刘永于济，攻下定陶。起初，耿纯跟从攻击王郎，坠肩折伤，时常肩伤病发，于是回到怀。帝问：“你兄弟谁可以使？”耿纯推举从弟耿植，于是使耿植率耿纯军，耿纯还是以前将军职务相从。这时真定王刘扬又造作谶记说“：赤九之后，瘿扬为主。”刘扬有瘿病，想惑群众，与绵曼贼相往来。

建武二年(26)，光武派遣骑都尉陈副、游击将军邓隆征召刘扬，刘扬关闭城门，不让陈副等城。于是再派遣耿纯持符节，颁行赦令于幽州、冀州，所过之并使其劳王侯。秘密命令耿纯说：“刘扬如果见你，你就把他收捕起来。”耿纯带领吏士百余骑与陈副、邓隆相会于元氏，同到真定，在旅舍住下。刘扬称有病不肯谒见，以耿纯是真定宗室姊妹之，就派遣使者送书信给耿纯，准备与他相见。耿纯回报说“：我奉使见王侯牧守，不得先去见你，你如要晤面，应到馆舍。”这时刘扬弟临邑侯刘让及从兄刘细各拥兵万余人，刘扬自恃兵多势而耿纯意在安静，就带着官属去见他，兄弟各带轻兵在门外。刘扬去见到耿纯，耿纯以礼相敬，因而请刘让、刘细都屋内，于是关门把刘扬兄弟全杀了，再带兵而。真定震惊恐怖，没有人敢异动。帝怜悯刘扬、刘让谋尚未发动，就封了他们的儿，恢复了他们的故国。耿纯回到京师，因而请求说：“臣本是官吏家孙，有幸逢大汉复兴，圣主即位，我备位列将，被爵为通侯。现在天下略已平定，臣无施展才志，愿意试治一个郡，尽力报效。”帝笑着说：“你既治武事，又想修文治吗？”就拜耿纯为东郡太守。当时东郡还没有平定，耿纯视事数月，盗贼都清静安宁了。

建武四年(28)，诏令耿纯率兵击更始东平太守范荆，范荆投降。又击太山济南及平原贼，都平定了。居东郡四年，这时发县长有罪，耿纯案奏，将县长围守，奏没有下来，发县长自杀了。耿纯被牵连免职，以列侯奉朝请。跟从攻击董宪，路过东郡，百姓老小数千人跟着世祖车驾泪哭泣，说“愿再得耿君。”帝对公卿们说“：耿纯从小披甲胄为军吏罢了，作为东郡太守竟然能这样为百姓所思念吗？”建武六年(30)，定封为东光侯。耿纯告辞就国，帝说：“文帝对周说过丞相是我所敬重的，你现在为我率诸侯到封国去’，现在也是这样啊。”耿纯接受诏命而去。到了邺，赐谷万斛。到了封国，耿纯吊唁死者问病人，民众很敬他。

建武八年(32)，东郡、济盗贼群起，帝派遣大司空李通、横野大将军王常去讨伐。帝以耿纯在卫地有很的威信，遣使拜耿纯为太中大夫，让他与大军会于东郡。东郡听说耿纯到了，盗贼九千余人都到耿纯投降，大军不战而回。玺书再以耿纯为东郡太守，官吏百姓都心悦诚服。