尉。九月，类彗星而后曲，象旗帜，黄上白下的蚩尤星现于二十八宿之角亢二宿。冬十月初一，董卓杀卫尉张温。十一月，青州黄巾军寇掠太山，太山太守应劭把他们打败。黄巾军转而寇掠海，公孙瓒与他们战于东光，又把他们打得大败。这年，长沙有人死了，经过一月复活。

三年(192)正月丁丑，大赦天下。袁术派将领孙在襄攻打刘表，孙战死。袁绍与公孙瓒在界桥战斗，公孙瓒军队大败。夏四月二十三日，董卓被诛，夷灭父、母、妻三族。司徒王允代理尚书事，总揽朝政，派使者张安抚问山东地区民众。青州黄巾军击杀兖州刺史刘岱于东平。东郡太守曹大破黄巾军于寿张，迫使他们投降。五月初十，大赦天下。五月二十日，任征西将军皇甫嵩为车骑将军。董卓属将领李莈、郭汜、樊稠、张济等反叛，攻击京师。六月初一，攻陷长安城，太常拂、太仆鲁旭、太鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀一并战死，官吏民众死者万余人。李莈等都自称将军。六月初二，大赦天下。李莈杀司隶校尉黄琬。六月初七日，杀司徒王允；黄琬、王允都被灭族。六月十九日，任前将军赵谦为司徒。秋七月十三日，任太尉日石单为太傅，代理尚书事。八月，派日石单及太仆赵岐持符节问安抚天下。任车骑将军皇甫嵩为太尉。司徒赵谦罢去。九月，李莈自任为车骑将军，郭汜为后将军，樊稠为右将军，张济为镇东将军。张济京驻扎于弘农。九月二十九日，任司空淳于嘉为司徒，任光禄大夫杨彪为司空，并代理尚书事。冬十二月，太尉皇甫嵩免职，任光禄大夫周忠为太尉，参与总领尚书事。

四年(193)正月初一，日蚀。正月十四日，大赦天下。三月，袁术杀扬州刺史陈温，占据淮南。长安宣平城门外屋自行坏圯。夏五月二十二日，无云而雷震。六月，扶风地区刮大风，落冰雹。华山崩裂。太尉周忠免职，任太仆朱亻。。为太尉，代理尚书事。下邳寇贼阙宣自称天。雨多。派侍御史裴茂讯问诏令所关押的犯人，宽宥轻罪在押的犯人。六月二十日，天狗星向西北运行。九月甲午，分科取士的项目儒生四十余人，上等名次赐位郎中，次等名次赐位太舍人，下等名次罢去不作安排。诏令说“：孔慨叹不讲习学术，不讲习那么晓得的知识也就一天天忘记了。现在年老的儒生已超过六十岁，离乡背井，营求糊生活，不能够从事专门的事业。童年结发学，到老年白发空手而归，长时间委弃于农村田野，永远地断绝了获得荣的希望，我很怜惜和悲悯他们。照考试落第的，接受为太舍人。”冬十月，太学举行典礼，献帝到永福城门，亲临观看其仪式，赏赐博士以下钱分别不等。十月二十二日，京师地震。彗星现于天市星。司空杨彪免职，任太常赵温为司空。公孙瓒杀大司刘虞。十二月二十三日，地震。司空赵温免职，十二月二十七日，任卫尉张喜为司空。这年，琅笽王刘容逝世。

兴平元年(194)正月十三日，大赦天下，改元兴平。十六日，帝加冠于首。二月初五，追尊谥皇妣王氏为灵怀皇后，初七，改葬于文昭陵。初十，帝耕于藉田。三月，韩遂、腾与郭汜、樊稠战于长平观，韩遂、腾失败，左中郎将刘范、前益州刺史劭战死。夏六月初一，分凉州河西四郡为颿州。初二，地震；初三，又地震。三十日，日蚀。帝不正殿，不动兵，不理朝政五天。大蝗灾。秋七月初七，大尉朱亻。。免职。十三日，任太常杨彪为太尉，代理尚书事。三辅地区大旱，自四月至七月。帝正殿祭天求雨，派使者清理审查囚徒，对在押的轻罪犯人，行宽恕。这时一斛谷要五十万钱，一斛豆麦要二十万钱，饿得人吃人，尸骨到丢积。帝派侍御史侯汶拿京城太仓的米豆，为饥民施舍糜粥，而饥民经日而死者仍然没有减少。帝怀疑赈济有虚假，于是亲自在自己的座位前量取米豆试作糜粥，结果知了侯汶糜粥质和量都不实在。

派侍中刘艾责问事人。于是，尚书令以下都到禁中官署省中内阁认错，奏请拘捕侯汶考查实。帝下诏说“：不忍使侯汶受狱官审理，杖刑五十就是。”从此以后，饥民大多得到全的救济。八月，冯翊羌叛，侵属县，郭汜、樊稠击败了他们。九月，桑树再长一次椹，人们得以采。司徒淳于嘉罢去。冬十月，长安市门自行坏圯。以卫尉赵温为司徒，代理尚书事。十二月，分安定、扶风为新平郡。这年，扬州刺史刘繇与袁术将领孙策在曲阿战，刘繇战败，孙策便占据江东。太傅日石单在寿去世。