之后，人民犯法更多。斩首的刑罚，本来是斩去右脚趾。汉文帝一错，沿袭而没有改变，所以前人到遗憾，研究它们而又没有得到解决。钟繇、陈群的看法小有不同，但都希望用斩去右脚趾代替砍。如果他们说的去，必然使很多人活下去。免除死亡，刑法确实是减轻了，但人们对于明显的罚总是谨慎的，对于看不清的东西总是忽视的，忽视远方的东西，注意前的现象，所以古人鼎盘之上刻有箴言，把用韦玉的弦佩带在上，用以警戒自己细微的地方。况且小人们尤其糊涂，中看不见的东西，便忽视而不戒备，每日呈现在前的，便心惊。由此看来，犯了重罪必须罚，犯了轻罪也不能逃避惩。这样就可以保全人们的命，使人增加，仁心救人，功效显著。另外今日所可忧虑的，逃犯首先需要考虑。多次反叛的没有消除，应该让那些逃亡的人无藏，用以警戒还未犯刑律的人，永远铲除罪恶的源。至于其他的法条，应该老刑罚来。这还谈不上适中，可贵的是窥一斑而知全豹，立一条而增全面地改革。”

桓玄喜别人依附顺从于他，但是孔琳之不能这样，所以不被其赏。孔琳之接着升任楚台员外散骑侍郎。遇到母亲去世，离官去职。守孝期满，被任为司徒左西掾。他又以父亲退休为名辞让了。当时司休之当会稽内史、后将军，仍以孔琳之为长史。孔琳之父亲去世，他又辞官了。守孝期满，补任太尉主簿、尚书左丞、扬州治中从事史，在任上都很称职，成绩显著。

当时要求朝中大臣谈论和陈述建议。一些人认为应该修治学校，减轻刑罚，明确职责和赏罚条例，举荐人才，重视农业，缓轻征役。孔琳之在众人建议之外又提议说：“玺书和官印，为的是明确官职真假，向人们表示它的权威。官员中没有比皇帝更大的，爵位没有比公侯更显贵的。而传国玺宝，历代连续使用。继封的文印，也是代代相传，它的可贵在于古老和沿袭，而不需要改换制造。今日只有尉官这一职务，只用一印绶。至于朝中内外各官职，每次升任便全改换印绶，研究它的本来意义，我还是不能明白为什么。如果认为每个官员姓氏不同，和继承的情况不同，那么还不像不同朝代的差异。如果谈官职的尊卑，虽然公卿的官职很贵，但没有帝王那么重要。如果因为某官曾遭受斩杀的惩罚，同时也忌讳那个官职，那么汉朝用秦朝的传国玺，保存了四百年，没有听说秦婴因为本被杀国破家亡，而汉帝王便没有用传国玺的。以帝王公侯如此尊贵的份在传国玺的使用上毫无怀疑，普通的卑小官职，又为什么嫌恶前人用的官印呢？在古籍上没听说这情况，事推理也不合理。反而一年到，不断地刻印铸印，浪费工夫，消耗质。金银铜铁的费，简直说不清有多少，这是不能继承优良传统使政治简明易行的。我认为各个官职都各用一印绶，不需反复改铸。如果有新设置的官，或者官员多印绶少，或者印文消失，然后才能铸造，那么上则有利于国家，不仅是小的好。”

又说：“丧事的办理，在古代的典籍中没有记载，完全是从后世兴起的。老习惯成为规矩，成为一般的风俗。上自天，下至百姓，这样确实有原因，突然改革必然惊骇耳目。然而这些习惯如果不和人情相关，反而害了百姓。保存它们未必有用。去掉它们未必有害。而且该严格遵守古人礼法，改革后来的弊端。况且又损害人们的财，成为人们的负担呢。凡是士人的丧事仪式，都从百姓的里巷中传，每次有这样的事，动不动便费几十万，损害人民的财产和气力，但是并没有好。至于寒族平民，则家家竭尽全力。虽然有的家徒四，无不倾家产。而所谓的葬礼，怎么到这步田地呢？我认为应该遵守古代的葬礼，罢除过分的礼仪，惩罚那些不遵法规的人，向其余的人示儆。”又说：“当年战频繁，饥荒不断，米谷布匹绸缎都很昂贵，之后米的价格平复了，而绸布在今日反而贵了一倍。布帛绸缎价格既然昂贵，养蚕的人就多了，人们虽然加倍的勤劳，但它的价总跌不下来。我认为导致这样的原因是有的。在大之前，军队衣服只用铠甲而已，至于军袍军袄和军衬衫必须打仗时才发，平时把它们放在仓库中，永远不会有损害。如今的仪仗队和游行的使者，或者警卫士兵参加和迎送仪式的军人，都用军袍军袄，